Το Φωτογραφικό Αρχείο του Ε.Μ.Ε. περιλαμβάνει μεγάλο αριθμό φωτογραφιών που καλύπτουν όλο το φάσμα του Εβραϊκού πολιτισμού στην Ελλάδα.

Το φωτογραφικό υλικό του Μουσείου απαρτίζεται από πρωτότυπες Α/Μ φωτογραφίες και τα τυπωμένα αντίγραφα τους, από έγχρωμες φωτογραφίες και διαφάνειες.

Το κύριο – όχι ως προς τον αριθμό αλλά την ποικιλία θεματολογίας – τμήμα του αρχείου (περίπου 2.200 φωτογραφίες) αποτελείται από αντίγραφα φωτογραφιών που αποκτήθηκαν μετά από δανεισμό του πρωτότυπου από τον κάτοχο του για το σκοπό αυτό. Ωστόσο ένας μεγάλος αριθμός φωτογραφιών που δωρίθηκαν στο Μουσείο από τους κατόχους τους είναι πρωτότυπες και φυλάσσονται σε ξεχωριστό αρχείο αποθήκευσης, ενώ έχουν αντικατασταθεί με αντίγραφα, κόντακτ και αρνητικά.

Η θεματολογία των φωτογραφιών είναι πλούσια και καλύπτει όλο το εύρος της ζωής του εβραϊσμού στην Ελλάδα από τα τέλη του 19oυ αιώνα μέχρι και σήμερα. Οι κατηγορίες που χωρίζονται για την εύκολη ταξινόμηση και πρόσβαση σ’ αυτές είναι περίπου 100. Η καθημερινή, κοινωνική και επαγγελματική ζωή των ελλήνων εβραίων καλύπτεται με ταξινόμηση που αφορά στις πόλεις όπου υπάρχει εβραϊκός πληθυσμός ενώ υπάρχουν πιο εξειδικευμένες κατηγορίες για άλλους τομείς (σχολεία, ιδρύματα, έντυπα και εφημερίδες, παραδοσιακές φορεσιές, εκδηλώσεις, αθλητισμός). Όσον αφορά στη θρησκευτική ζωή των Ελλήνων Εβραίων, οι κατηγορίες περιλαμβάνουν στα θρησκευτικά αντικείμενα, συναγωγές και νεκροταφεία της Ελλάδας και γιορτές. Άλλα θέματα είναι ο Ελληνοιταλικός πόλεμος του ’40, η κατοχή και η αντίσταση, το Ολοκαύτωμα και οι επιζήσαντες ως κρυμμένα παιδιά.

Τα έγχρωμα αρνητικά του Μουσείου που αριθμούν περί τις 3500 έχουν τη μορφή μεγενθυμένων κόντακτ ή τυπωμένων φωτογραφιών και η θεματολογία τους αφορά κυρίως φωτογραφίες της κοινωνικής ζωής των Ελλήνων Εβραίων των τελευταίων χρόνων, αντικειμένων της πρωτότυπης συλλογής του μουσείου και των αντικειμένων των περιοδικών εκθέσεων που φιλοξενούνται στη gallery του μουσείου, αποτύπωση όλης της πορείας της κατασκευής του σύγχρονου Ε.Μ.Ε. και των αλλαγών του μέχρι τη σημερινή του μορφή, και όλων των περιοδικών εκθέσεων του μουσείου και των πολιτιστικών εκδηλώσεων (εγκαινίων, ημερίδων, συνεντεύξεων και ξεναγήσεων).

Τέλος, οι διαφάνειες του μουσείου που αριθμούν περί τις 2000 έχουν αρκετά κοινά στη θεματολογία με τις Α/Μ φωτογραφίες. Επιπλέον καλύπτουν ό,τι έχει σχέση με αντικείμενα της συλλογής του μουσείου (θρησκευτικά αντικείμενα, αντικείμενα καθημερινής ζωής, κοστούμια) είτε αυτά εκτίθενται είτε είναι αποθηκευμένα, όλους τους χώρους και τις προθήκες του μουσείου και το σημαντικότερο ίσως, παρέχει μια λεπτομερή καταγραφή και έρευνα που αφορά στις εβραϊκές συναγωγές και τα νεκροταφεία στις πόλεις της Ελλάδας που υπήρχε εβραϊκός πληθυσμός με έντονη παρουσία όπως Θεσσαλονίκη, Γιάννενα, Χανιά, Διδυμότειχο, Βέροια, Λάρισα, κ.ά.