Αρμοδιότητα της Τελωνειακής Υπηρεσίας είναι η εφαρμογή της τελωνειακής και δασμολογικής νομοθεσίας, η βεβαίωση και είσπραξη δασμών και λοιπών φόρων και δικαιωμάτων, κατά την εισαγωγή, διαμετακόμιση, αποταμίευση, αποστολή, εξαγωγή και μεταφορά εμπορευμάτων και αποσκευών επιβατών, καθώς και η δίωξη του λαθρεμπορίου, και κάθε άλλη ανατιθέμενη υπηρεσία (ΒΔ 1/1961). Στις μέρες μας η αποστολή είναι πιο σύνθετη και περιλαμβάνει εκτός των άλλων και την καταπολέμηση των εσόδων από εγκληματικές ενέργειες.

Η Τελωνειακή Υπηρεσία χωρίζεται και διαρθρώνεται στην Κεντρική και στις Περιφερειακές υπηρεσίες μία από τις οποίες είναι και το Τελωνείο Ωρωπού.

Με την υπ’ αριθμ. Δ6Β 1168860 ΕΞ 2011/6/12/2011 απόφαση του Υπουργού Οικονομικών ανεστάλη η λειτουργία του Τοπικού Τελωνειακού Γραφείου Ωρωπού και η καθ’ ύλη και κατά τόπον αρμοδιότητά του περιήλθε στο Τελωνείο Αθηνών της Περιφερειακής Ενότητας Βόρειου Τομέα Αθηνών του Νομού Αττικής.