Ο Σταύρος Μπαλτογιάννης γεννήθηκε το 1929 στα Ιωάννινα. Σπούδασε ζωγραφική στην ΑΣΚΤ και στην Academia di Belle Arti της Φλωρεντίας και συντήρηση έργων τέχνης στο Istituto Centrale del Restauro της Ρώμης. Το 1963 προσελήφθη ως ζωγράφος αναστηλώσεων στην Αρχαιολογική Υπηρεσία, όπου από το 1975 έως το 1990 υπηρέτησε ως επιθεωρητής Συντήρησης και Αποκατάστασης Μνημείων. Το 1963 έλαβε μέρος στην οργάνωση του Κεντρικού Εργαστηρίου Συντήρησης στο Βυζαντινό Μουσείο, ενώ το 1969 δίδαξε στη «Σχολή Εκπαιδεύσεως Συντηρητών Αρχαίων» η οποία ιδρύθηκε στο Μουσείο (1969-1973). Το 1977 εκλέχθηκε στη θέση του Εφόρου του φροντιστηρίου συντηρήσεως και τεχνικής έργων τέχνης στην ΑΣΚΤ.