Το αρχείο είναι ταξινομημένο σε δύο γενικές κατηγορίες: δημόσια και ιδιωτικά έγγραφα.
Δημόσια έγγραφα
α) Έγγραφα ανωτάτων αρχών και δημοσίων υπηρεσιών.
Ανώτατος Άρχοντας (1911-1932), Πρόεδρος Κυβέρνησης (1910-1930), Υπουργείο Εξωτερικών (1898-1931), Υπουργείο Οικονομίας (1917-1934), Υπουργείο Στρατιωτικών (1897-1935), Υπουργείο Δικαιοσύνης (1904-1929), Υπουργείο Εσωτερικών (1914-1933), Υπουργείο Παιδείας (1891-1928), Υπουργείο Δημοσίων Έργων (1925-1931), Υπουργείο Γεωργίας (1932-1933), Υπουργείο Κοινωνικής Πρόνοιας και Υγιεινής (1918-1927), Βουλή - Γερουσία (1892-1933), Προσωρινή Κυβέρνηση Θεσσαλονίκης (1916-1917).
β) Έγγραφα και υπομνήματα Νομικών Προσώπων, προς τον πρωθυπουργό και προς τα επί μέρους υπουργεία (1907-1935).
γ) Αναφορές και επιστολές ιδιωτών προς την κυβέρνηση και προς τις δημόσιες αρχές (1911-1934).
δ) Έγγραφα Κρητικής Πολιτείας (1898-1906): αλληλογραφία Ελευθερίου Βενιζέλου με τον πρίγκιπα Γεώργιο και άλλους σχετικά με ζητήματα που αφορούν την Κρήτη.
Ιδιωτικά έγγραφα
α) Αλληλογραφία: επιστολές Ελευθερίου Βενιζέλου προς τους συνεργάτες του, προς έλληνες και ξένους πολιτικούς και προσωπικές σημειώσεις του ίδιου (1897-1935)ˑ επιστολές πολιτικών προσώπων και συνεργατών απευθυνόμενες στον ίδιο (1891, 1896-1935).
β) Επιστολές ιδιωτών προς τον Ελευθέριο Βενιζέλο (1910-1935).
γ) Αλληλογραφία ανάμεσα σε τρίτους (1897-1936).
Χάρτες πολιτικοί, στατιστικοί, εθνογραφικοί, της Ελλάδας, της Μικράς Ασίας, των Βαλκανίων και της Ευρώπης (π. 1877-1925).
Έντυπα, εφημερίδες, αποκόμματα τύπου, μονόφυλλα.

Έγγραφα της Κεντρικής Επιτροπής υπέρ των Κρητών στην Αθήνα που αφορούν το κίνημα των Κρητών, ημερολογιακές σημειώσεις σχετικές με το Βαλκανικό πόλεμο, κατάλογοι των συνδρομητών υπέρ της Κρήτης, ποιήματα, βιογραφικά στοιχεία της οικογένειας Ακάτου, βιβλία που αφορούν τις σχέσεις Ελλάδας – Τουρκίας, φύλλα εφημερίδων («Ακρόπολις», «Ελπίς», «Νέα Ημέρα», «Πατρίς»)

Έγγραφα σχετικά με τον Μακεδονικό αγώνα, τον πόλεμο 1912, την αυτόνομη Ήπειρο, τη μάχη Σκρα, το Γαλλικό μέτωπο. τον Βενιζέλο, την ελληνοτουρκική φιλία, τη Ρωσία, τα Νοεμβριανά 1916, το Γουδί, τη Σμύρνη, τον Σοφ. Βενιζέλο. Βιογραφίες, πιστοποιητικά, άρθρα, ποιήματα. Αρχείο Κυβέρνησης Τσουδερού στην Κρήτη. Εθνική Αντάρτικη Ταξιαρχία στην Κρήτη