Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Οικονομικά Στοιχεία: βιβλιάρια ενσήμων, χρηματικοί κατάλογοι, έγγραφα περί φαρικών τελών, μισθολογίων - αποδοχών- οδοιπορικών εξόδων προσωπικού του Λιμεναρχείου
Β. Δικαστικά Στοιχεία: δικογραφίες, έγγραφα που αφορούν σε πρόστιμα και παραβάσεις αλιευτικού κώδικα
Γ. Στοιχεία Πλοίων: καταστάσεις πληρωμάτων, δελτία κατάπλου πλοίων, ναυτολόγια
Δ. Αλληλογραφία: έγγραφα που αφορούν στην έκδοση αδειών αλιείας, διαβιβάσεις στατιστικών Λιμεναρχείου, επιθεωρήσεις λιμενικών σταθμών.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Προσωπικού: ατομικοί φάκελοι προσωπικού του Λιμεναρχείου, βιβλία αναφοράς προσωπικού
Β. Στοιχεία Πλοίων και Πληρωμάτων: δελτία κινήσεως σκαφών, δηλώσεις σκαφών, φύλλα ελέγχου επαγγελματικών αλιευτικών σκαφών, έγγραφα μεταβιβάσεων, ανανεώσεων, μεταβολών, καταργήσεων αδειών σκαφών, έγγραφα μεταλεμβολόγησης, βιβλία ημερησίων αναφορών πληρωμάτων
Γ. Στοιχεία αλιείας: αιτήσεις και δικαιολογητικά για έκδοση ατομικών αδειών αλιείας, διαταγές και εγκύκλιοι για τρόπους ψαρέματος, έγγραφα περί αλιείας κοραλλιών, οστράκων και σπόγγων.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Υπουργείο Γεωργίας, τη Διεύθυνση Υγείας και Πρόνοιας Νομαρχίας Λακωνίας, τη Διεύθυνση Κτηνιατρικής Νομαρχίας Λακωνίας, τη Νομαρχία Χανίων, το Υπουργείο Εμπορικής Ναυτιλίας, το Υπουργείο Υγείας και Πρόνοιας, το Υπουργείο Κοινωνικών Υπηρεσιών και τη Διεύθυνση Θαλάσσιων Συγκοινωνιών, έγγραφα περί γνωμοδοτήσεων για χρήση αιγιαλού, εκδόσεως αδειών τοποθέτησης τραπεζοκαθισμάτων και ομπρελών στη χερσαία ζώνη του Λιμένος Γυθείου, μέτρησης θερμοκρασίας επιφάνειας θαλάσσης, μεταφοράς χαρουπιών
Β. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: έγγραφα περί δρομολογίων επιβατηγών, οχηματαγωγών, θαλαμηγών, κρουαζιερόπλοιων και πλοίου στη γραμμή Γυθείου – Κυθήρων – Αντικυθήρων – Κισάμου, μηχανογραφικές καταστάσεις εισιτηρίων, έγγραφα περί αναγγελιών – καθυστερήσεων - απαγορεύσεων απόπλου, καρτέλες καταπλεόντων πλοίων με ξένη σημαία, άδειες πετρέλευσης σκαφών, άδειες εξόδου πληρωμάτων καταπλεόντων πλοίων
Γ. Στοιχεία Ναυτικών: εγκύκλιοι απογραφής ναυτικών, έγγραφα Γραφείου Ευρέσεως Ναυτικής Εργασίας (ΓΕΝΕ), κατάλογοι και δικαιολογητικά προσφερομένων για ναυτολόγηση ανέργων ναυτικών, εγκύκλιοι προκηρύξεων για την εισαγωγή σπουδαστών στις Ακαδημίες Εμπορικού Ναυτικού (Α.Ε.Ν.)
Δ. Στοιχεία Παραβάσεων: έγγραφα περί διοικητικών παραβάσεων κανονισμού λιμένος
Ε. Στοιχεία Αλιείας: εκθέσεις αλιευτικής επιθεώρησης.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: έγγραφα περί εκθαλάσσωσης θαλασσίων χελωνών
Β. Στοιχεία αλιείας: αιτήσεις για έκδοση και ανανέωση αδειών αλιείας καθώς και απόπλου για αλιεία στα διεθνή ύδατα, έγγραφα επιτροπής ελέγχων ιχθυοπαγίδων, στατιστικά στοιχεία σπογγαλιείας, έγγραφα περί χορήγησης αδειών οστρακοκαλλιέργειας και αλιείας δολωμάτων, έγγραφα αλιευτικών ελέγχων εν όψει τριημέρου Καθαράς Δευτέρας και περιόδου Σαρακοστής
Γ. Στοιχεία Πλοίων: έγγραφα περί μετεγγραφών σκαφών, κατάπλου κρουαζιερόπλοιων και θαλαμηγών.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία αλιείας: έγγραφα περί αλιείας λαγοκέφαλου και οστρακοειδών, άδειες αλιείας, έγγραφα παραβάσεων κανονισμών αλιείας, μηνιαία δικαιολογητικά συστήματος αλιείας, εκθέσεις αλιευτικής επιθεώρησης, ημερολόγια αλιείας
Β. Αλληλογραφία: έγγραφα περί προστασίας μεσογειακής φώκιας, θαλάσσιας χελώνας και δορυφορικών συστημάτων παρακολούθησης.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: έγγραφα περί τηρήσεως κανονισμών Ευρωπαϊκής Ένωσης, προστασίας της θαλάσσιας χελώνας
Β. Στοιχεία αλιείας: ονομαστικές καταστάσεις αλιεργατών, καταστάσεις αλιευτικών σκαφών, έγγραφα περί αδειών αλιείας, ιχθυοκαλλιέργειας και Συλλόγων Αλιέων
Γ. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: στατιστικά στοιχεία μικρών σκαφών, έγγραφα περί απόπλου πλοίων.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Οικονομικά Στοιχεία: έγγραφα περί μισθώσεως κατοικίας Λιμενάρχη
Β. Αλληλογραφία: έγγραφα Γραφείου Προστασίας Θαλάσσιου Περιβάλλοντος, έγγραφα περί ελέγχου ξενοδοχειακών και τουριστικών εγκαταστάσεων - ελαιοτριβείων - ελαιουργείων, παράδοσης και παραλαβής οπλισμού, προστασίας της θάλασσας και των ακτών από ρύπανση, εορτής Αγίου Νικολάου
Γ. Στοιχεία Παραβάσεων - Γραφείο Γενικής Αστυνομίας: έγγραφα διοικητικών παραβάσεων κανονισμού Λιμένος, παραβάσεων αλιείας, διοικητικών παραβάσεων.
Δ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα μηνιαίων συσκέψεων, ατομικοί φάκελοι προσωπικού του Λιμεναρχείου, έγγραφα περί επικαιροποίησης προσωπικού.
Ε. Γραφείο Πλωτών – Χερσαίων Μέσων: διαταγές απογραφικής τακτοποίησης περί πλωτών Λιμενικού Σώματος.