Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: πίνακες κρουαζιερόπλοιων, πίνακες προσεγγίσεως πλοίων υπό ξένη σημαία, άδειες, καταστάσεις και στατιστικά στοιχεία απόπλου και κατάπλου πλοίων και θαλαμηγών, καταστάσεις φορτώσεως σε πλοία, έγγραφα περί ονομασιών και σημαιών πλοίων και περί ελέγχων στελέχωσης πλοίων, στατιστικά στοιχεία θαλάσσιων συγκοινωνιών, δελτία συμβάντων, βιβλία διαιρέσεως φυλάκων πληρώματος, βιβλία ημερήσιας αναφοράς πληρώματος
Β. Οικονομικά στοιχεία: μπλοκ με αποδεικτικά εισπράξεως Λιμενικής Αρχής και Ειδικού Κλάδου Οικονομικής Ενίσχυσης Μερισματούχων Ναυτικών (Ε.Κ.Ο.Ε.Μ.Ν.), βιβλία αποθήκης και κατανάλωσης καυσίμων Λιμενικού Σταθμού Μονεμβασίας, έγγραφα περί τηλεπικοινωνιακών και φαρικών τελών
Γ. Αλληλογραφία: περί κανονισμού χερσαίας ζώνης και αδειών χρήσης αιγιαλού, έγγραφα περί κίνησης μοτοσυκλετών και περί λειτουργίας αιγιαλού και παραλίας
Δ. Στοιχεία Νομοθεσίας - Παραβάσεων - Προστίμων : έγγραφα περί οργανωμένου εγκλήματος
Ε. Στοιχεία Αλιείας: ατομικές, ερασιτεχνικές και επαγγελματικές άδειες αλιείας, άδειες αλιείας πελαγικών ψαριών, ημερολόγια αλιείας
ΣΤ. Στοιχεία Ναυτικών: απογραφές ναυτικών, έγγραφα Οίκου Ναύτου.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: διαβιβάσεις διαταγών προς το Α΄ Λιμενικό Τμήμα Μονεμβασίας και το Β΄ Λιμενικό Τμήμα Κυθήρων, έγγραφα περί του προγράμματος «Καταπολέμηση της Φοροδιαφυγής», περί προστασίας θαλάσσιου περιβάλλοντος, έντυπα σήματα περί στολών, αθλητικών δραστηριοτήτων και πολιτιστικών εκδηλώσεων, έγγραφα περί λειτουργίας φάρων και ασφάλειας εγκαταστάσεων Λιμενικού Σώματος, αντίγραφα ημερολογίων συμβάντων
Β. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί εκπαίδευσης, διαγωνισμών κατάταξης, τοποθετήσεων, μεταθέσεων, αποσπάσεων, ανάθεσης καθηκόντων, οργανικής σύνθεσης και ασφάλισης προσωπικού, έγγραφα Ενώσεων Προσωπικού Λιμενικού Σώματος
Γ. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: δελτία κίνησης πλοίων υπό ξένη σημαία, πίνακες στατιστικών στοιχείων θαλασσίων συγκοινωνιών, αγκυροβόλια πλοίων στον όρμο Βατίκων, βεβαιώσεις ελλιμενισμού, άδειες καταδυτικών εργασιών και άδειες χειριστών ταχύπλοων σκαφών, άδειες εκμίσθωσης θαλασσίων μέσων αναψυχής, υποβολές ναυτιλιακής κίνησης
Δ. Οικονομικά Στοιχεία: έγγραφα περί εκμισθώσεων χώρων αιγιαλού και παραλίας Δήμου Ελαφονήσου και Νήσου Κυθήρων.

Το αρχείο περιλαμβάνει:

Α. Αλληλογραφία: πρωτόκολλα αλληλογραφίας, αλληλογραφία Λιμεναρχείου με την Λιμενική Αστυνομία, την 5η Περιφερειακή Διοίκηση Λιμενικού Σώματος (5η ΠΕ.ΔΙ.Λ.Σ.), την Εισαγγελία Πρωτοδικών, τη Διεύθυνση Λιμενικής Πολιτικής, τη Διεύθυνση Λιμενικών Υποδομών, τη Διεύθυνση Προστασίας Θαλασσίου Περιβάλλοντος, τη Διεύθυνση Ασφάλειας Ναυσιπλοΐας, τη Διεύθυνση Πληροφορικής και Νέων Τεχνολογιών, το Τελωνείο Νεάπολης, το Λιμενικό Σώμα Μονεμβασίας και το Λιμενικό Σώμα Αγίας Πελαγίας, γενική αλληλογραφία περί της λειτουργίας των φάρων Μαλέα και Γυθείου, έγγραφα για την αντιμετώπιση της λαθρομετανάστευσης, τη μεταφορά σορών, την εφαρμογή του κεκτημένου Schengen, έγγραφα περί ελέγχου ελαιοτριβείων και τουριστικών εγκαταστάσεων
Β. Πρακτικά - Αξιολογήσεις: πρακτικά καιρικής κατάστασης, έγγραφα περί αξιολόγησης δραστηριότητας Λιμενικών Αρχών
Γ. Στοιχεία Νομοθεσίας – Παραβάσεων - Προστίμων: πίνακες προστίμων σε πλοία και εγκαταστάσεις ξηράς, έγγραφα περί κυρώσεων αναφορικά με την παράβαση της νομοθεσίας για την προστασία αιγιαλού και παραλίας, έλεγχοι εφαρμογής διατάξεων και νομοθεσίας της Ευρωπαϊκής Ένωσης, έγγραφα περί καταχωρίσεως λέμβων και μηχανών με ένοχες βεβαιώσεις, έγγραφα ελέγχων χρήσης αλκοόλ από χειριστές και κυβερνήτες σκαφών, μηνιαίες εκθέσεις για το οργανωμένο έγκλημα, έγγραφα περί αλιευτικών παραβάσεων
Δ. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: φάκελοι πλοίων «Αγιαννάκης», «Αρχάγγελος», «Βιτσέντζος Κορνάρος» «Ελαφόνησος», «Πορφυρούσα», «Παναγία Κοίμησις», «Μυρτιδιώτισσα», μηνιαία δελτία κίνησης θαλαμηγών, ημερολόγια σταθμού VHF, έγγραφα περί δρομολογίων πλοίων και προσεγγίσεων κρουαζιερόπλοιων, μπλοκ για άδειες ανέλκυσης και καθέλκυσης σκαφών και για άδειες εισόδου στην αποβάθρα, βιβλία ημερήσιας αναφοράς πληρώματος, έγγραφα περί εφοδιασμού φορτηγών δημοσίας χρήσεως με ηλεκτρονικό σήμα
Ε. Στοιχεία Αλιείας: δελτία αλιευτικής δραστηριότητας, ερασιτεχνικές άδειες αλιείας
ΣΤ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί διαγωνισμού κατάταξης δοκίμων, έγγραφα Πανελλήνιας Ομοσπονδίας Ενώσεων Προσωπικού Λιμενικού Σώματος, ατομικοί φάκελοι προσωπικού Λιμεναρχείου Νεάπολης Βοιών, έγγραφα περί βαρδιών του προσωπικού
Ζ. Οικονομικά Στοιχεία: μπλοκ είσπραξης υπέρ του ειδικού λογαριασμού κεφαλαίου Λιμενικής Αστυνομίας, αποδεικτικά είσπραξης Ειδικού Κλάδου Οικονομικής Ενίσχυσης Μερισματούχων Ναυτικού (ΕΚ.Ο.Ε.Μ.Ν.), αποδεικτικά είσπραξης Λιμενικής Αρχής υπέρ Μετοχικού Ταμείου Ναυτικού, δικαιολογητικά δαπανών προσωπικού, μισθολογικές καταστάσεις προσωπικού.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Οικονομικά Στοιχεία: βιβλιάρια ενσήμων, χρηματικοί κατάλογοι, έγγραφα περί φαρικών τελών, μισθολογίων - αποδοχών- οδοιπορικών εξόδων προσωπικού του Λιμεναρχείου
Β. Δικαστικά Στοιχεία: δικογραφίες, έγγραφα που αφορούν σε πρόστιμα και παραβάσεις αλιευτικού κώδικα
Γ. Στοιχεία Πλοίων: καταστάσεις πληρωμάτων, δελτία κατάπλου πλοίων, ναυτολόγια
Δ. Αλληλογραφία: έγγραφα που αφορούν στην έκδοση αδειών αλιείας, διαβιβάσεις στατιστικών Λιμεναρχείου, επιθεωρήσεις λιμενικών σταθμών.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: ημερολόγια μηχανής πλοίων Λιμενικού Σώματος, ημερολόγια πετρελαιοκίνητων και ιστιοφόρων πλοίων, φαροδείκτης γεωγραφημένων ακτών, έγγραφα κατάπλου πλοίων, καταστάσεις επιβατών οχημάτων και εισιτηρίων, έγγραφα περί διαλύσεως σκαφών άλλων λιμεναρχείων
Β. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με Οργανισμούς Τοπικής Αυτοδιοίκησης, έγγραφα περί θαλασσίων ερευνών, θαλάσσιου τουρισμού, μεταφοράς σορών, μεταφοράς εκρηκτικών υλικών, απογραφών υλικών και εορτασμού Ναυτικής Εβδομάδας
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί εγκρίσεων νυχτερινής απασχόλησης, μετακινήσεων αξιωματικών για επιθεωρήσεις, βιβλία ασθενών, βιβλία κίνησης και περιπολιών
Δ. Οικονομικά Στοιχεία: πινάκια δαπανών, έγγραφα επιχορηγήσεων καυσίμων
Ε. Στοιχεία Παραβάσεων: ενστάσεις – αναφορές επί παραβάσεως Κώδικα Οδικής Κυκλοφορίας (ΚΟΚ), κάρτες επιβατών πλοίων εμπλεκομένων σε αδικήματα, έγγραφα ανακρίσεων.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με τον Οίκο Ναύτου και το Ναυτικό Απομαχικό Ταμείο (Ν.Α.Τ.), έγγραφα περί αναζητήσεων και ανέγερσης Ηρώου Πεσόντων στον πόλεμο 1940-41.
Β. Στοιχεία Λιμανιών και Ακτών: πίνακες λιμένων, φαροδείκτης ελληνικών ακτών, έγγραφα περί κατάρτισης χαρτών λιμένων.