Το αρχείο περιλαμβάνει:

Α. Αλληλογραφία: πρωτόκολλα αλληλογραφίας, αλληλογραφία Λιμεναρχείου με την Λιμενική Αστυνομία, την 5η Περιφερειακή Διοίκηση Λιμενικού Σώματος (5η ΠΕ.ΔΙ.Λ.Σ.), την Εισαγγελία Πρωτοδικών, τη Διεύθυνση Λιμενικής Πολιτικής, τη Διεύθυνση Λιμενικών Υποδομών, τη Διεύθυνση Προστασίας Θαλασσίου Περιβάλλοντος, τη Διεύθυνση Ασφάλειας Ναυσιπλοΐας, τη Διεύθυνση Πληροφορικής και Νέων Τεχνολογιών, το Τελωνείο Νεάπολης, το Λιμενικό Σώμα Μονεμβασίας και το Λιμενικό Σώμα Αγίας Πελαγίας, γενική αλληλογραφία περί της λειτουργίας των φάρων Μαλέα και Γυθείου, έγγραφα για την αντιμετώπιση της λαθρομετανάστευσης, τη μεταφορά σορών, την εφαρμογή του κεκτημένου Schengen, έγγραφα περί ελέγχου ελαιοτριβείων και τουριστικών εγκαταστάσεων
Β. Πρακτικά - Αξιολογήσεις: πρακτικά καιρικής κατάστασης, έγγραφα περί αξιολόγησης δραστηριότητας Λιμενικών Αρχών
Γ. Στοιχεία Νομοθεσίας – Παραβάσεων - Προστίμων: πίνακες προστίμων σε πλοία και εγκαταστάσεις ξηράς, έγγραφα περί κυρώσεων αναφορικά με την παράβαση της νομοθεσίας για την προστασία αιγιαλού και παραλίας, έλεγχοι εφαρμογής διατάξεων και νομοθεσίας της Ευρωπαϊκής Ένωσης, έγγραφα περί καταχωρίσεως λέμβων και μηχανών με ένοχες βεβαιώσεις, έγγραφα ελέγχων χρήσης αλκοόλ από χειριστές και κυβερνήτες σκαφών, μηνιαίες εκθέσεις για το οργανωμένο έγκλημα, έγγραφα περί αλιευτικών παραβάσεων
Δ. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: φάκελοι πλοίων «Αγιαννάκης», «Αρχάγγελος», «Βιτσέντζος Κορνάρος» «Ελαφόνησος», «Πορφυρούσα», «Παναγία Κοίμησις», «Μυρτιδιώτισσα», μηνιαία δελτία κίνησης θαλαμηγών, ημερολόγια σταθμού VHF, έγγραφα περί δρομολογίων πλοίων και προσεγγίσεων κρουαζιερόπλοιων, μπλοκ για άδειες ανέλκυσης και καθέλκυσης σκαφών και για άδειες εισόδου στην αποβάθρα, βιβλία ημερήσιας αναφοράς πληρώματος, έγγραφα περί εφοδιασμού φορτηγών δημοσίας χρήσεως με ηλεκτρονικό σήμα
Ε. Στοιχεία Αλιείας: δελτία αλιευτικής δραστηριότητας, ερασιτεχνικές άδειες αλιείας
ΣΤ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί διαγωνισμού κατάταξης δοκίμων, έγγραφα Πανελλήνιας Ομοσπονδίας Ενώσεων Προσωπικού Λιμενικού Σώματος, ατομικοί φάκελοι προσωπικού Λιμεναρχείου Νεάπολης Βοιών, έγγραφα περί βαρδιών του προσωπικού
Ζ. Οικονομικά Στοιχεία: μπλοκ είσπραξης υπέρ του ειδικού λογαριασμού κεφαλαίου Λιμενικής Αστυνομίας, αποδεικτικά είσπραξης Ειδικού Κλάδου Οικονομικής Ενίσχυσης Μερισματούχων Ναυτικού (ΕΚ.Ο.Ε.Μ.Ν.), αποδεικτικά είσπραξης Λιμενικής Αρχής υπέρ Μετοχικού Ταμείου Ναυτικού, δικαιολογητικά δαπανών προσωπικού, μισθολογικές καταστάσεις προσωπικού.