Τμήμα του αρχείου του Αθανάσιου Ψαλίδα:

1. Χειρόγραφα (σχολικά σχεδιάρια και άλλα μικρά τεύχη, κατάστιχα λογαριασμών, ιατροσόφια, συνταγές μαγειρικής. ζαχαροπλαστικής και χρωμάτων).
2. Αλληλογραφία του Αθανάσιου Ψαλίδα με διάφορους παραλήπτες.
3. Τμήμα του αρχείου του Σταματίου Κρίνου αναφερόμενο, κυρίως, στην Κρητική Επανάσταση (1866-1869).

Αρχείο Γεωργίου και Μιχαήλ Τσόντου Βάρδα:
Οθωμανικά έγγραφα.
Δίπλωμα Γενικού Αρχηγείου Σφακίων προς Σταύρο Καπριδάκη (1868).
Αντίγραφα συμβολαιογραφικών πράξεων (Χανιά, 1886, 1890).
Προκήρυξις των αντιπροσώπων των Μεγάλων Δυνάμεων προς τους Κρήτας βουλευτάς και Νέος Πολιτειακός Οργανισμός Κρήτης (Λιθογραφημένα χειρόγραφα. Χανιά, 1896).
Επιστολές Γεώργιου Τσόντου Βάρδα (1907).
Έγγραφο Νομαρχίας Σφακίων προς τους δημάρχους του Νομού Σφακίων (1913, υπογρ. Γ. Μοάτσος).
Έγγραφα Γ΄ Τάγματος Κορυτσάς (Κορυτσά, 1914).
Χειρόγραφο σημείωμα Γ. Τσόντου Βάρδα προς Μιχαήλ (Κορυτσά, 1914).
Αιτήσεις προς ταγματάρχη Γ. Τσόντο Βάρδα (Κορυτσά, 1914).
Φύλλο πορείας των Μιχαήλ Τσόντου, Γεώργιου Λεονταράκη, Ευστράτιου Τρουλάκη, Ανδρέα Κατσουλάκη, Μιχαήλ Τσινιαράκη (εκδ. αρχή Μοιραρχία Χανίων, 1915).
Αναμνηστικό δίπλωμα Κοινότητας Ελούντας προς Γενικό Διοικητή Κρήτης Παναγιώτη Ε. Σφακιανάκη (χ.χ.). Χειρόγραφο σημείωμα με υπογραφή Α.Κ. 20 και σφραγίδα του Ελληνομακεδονικού Κομιτάτου (χ.χ.).

Αρχείο του Μακεδονομάχου Καπετάν Τσόντου Βάρδα. Περιλαμβάνει ημερολόγια, υπομνήματα, επιστολές, έγγραφα, εφημερίδες, αποκόμματα εφημερίδων, πρακτικά, πρωτόκολλα, σημειωματάρια και πλήθος άλλων στοιχείων αναφερόμενα κυρίως στη δράση του Τσόντου Βάρδα κατά τον Μακεδονικό, τον Βορειοηπειρωτικό αγώνα και τον Εθνικό Διχασμό. Αναλυτικότερα:

1. Κρητικά (1867-1912).
2. Μακεδονικός Αγών (1903-1905).
   3-4. Μακεδονικός Αγών (1906-1913).
3. Μακεδονικός Αγών (1916-1917): Αλληλογραφία.
4. Μακεδονικός Αγών. Σημειώσεις – Επιστολές.
5. Ηπειρωτικός Αγών (1913-1914).
6. Ηπειρωτικός Αγών (1914).
7. Ηπειρωτικός Αγών (1914).
8. Ηπειρωτικός Αγών. Αλληλογραφία με διάφορους (Μητροπολίτες, Καπεταναίους, Αξιωματικούς), Νοσοκομείο, Τηλεγραφείο, Πυρομαχικά, Οικονομικά, Πρωτόκολλα Αλληλογραφίας, Ημερήσιες Διαταγές.
9. Ηπειρωτικός Αγών (1915-1916).
10. Προσωπικά στοιχεία.
    17-19. Αυτόγραφα Ημερολόγια.
    20-22. Ευρετήρια αγωνιστών, βιβλία πράξεων Μακεδονικού Κομιτάτου (1877-1878).
11. Διάφορα βιβλία.
12. Αποκόμματα Εφημερίδων.
13. Αποκόμματα Εφημερίδων.
    26-27. Αποκόμματα Εφημερίδων (1914-1917).
    28-30. Αποκόμματα εφημερίδων, Πολιτική δράση Τσόντου Βάρδα, αγώνες κατά Βενιζέλου.

Αρχείο του Εμμανουήλ Αντωνιάδη από την Κρήτη, του γένους των Μελισσηνών, που περιλαμβάνει:
Κ29

1. Ιδιωτικά έγγραφα της οικογένειας Αντωνιάδη (1819-1872)
2. Εκδοτικά "Ηούς" & "Αθήνας" (1830-1882)
3. Κρητικά (1786-1840), 6 υ/φ.
   Κ30
   Α' Μέρος: Κρητικά (Ιανουάριος -Απρίλιος 1841)
   B' Μέρος: Κρητικά (Μάιος 1841)
   Γ' Μέρος: Κρητικά (Ιούνιος 1841)
   Κ31
   Α' Μέρος: Κρητικά (Ιούλιος 1841)
   Β' Μέρος: Κρητικά (Αύγουστος-Δεκέμβριος 1841).

• Κ3α-1: Αλληλογραφία στρατηγού Πάνου Κορωναίου (1835-1839).
• Κ3α-2: Αλληλογραφία στρατηγού Πάνου Κορωναίου (1860-1868).
• Κ3α-3: Αλληλογραφία στρατηγού Πάνου Κορωναίου (1871 - 1897).
• Κ3β: Βιβλίο αλληλογραφίας στρατηγού Πάνου Κορωναίου, με ανεξάρτητο σημείωμα περί της καταγωγής της οικογένειάς του.
• Κ3γ: Τετράδια σημειωμάτων, αναφερόμενα στην Επανάσταση της Κρήτης του έτους 1866, αυτόγραφα στρατηγού Πάνου Κορωναίου.

Κ11α: Πέντε (5) βιβλία αντιγραφής (copia) των εξερχόμενων της εν Ερμουπόλει Κεντρικής Επιτροπής των Κρητών κατά την Επανάσταση του 1866-1869:

1. Τετρακόσια ενενήντα επτά (497) φύλλα, από 26 Σεπτεμβρίου 1866-11 Ιουνίου 1867,
2. Τετρακόσια ενενήντα ένα (491) φύλλα, από 11 Ιουνίου 1867-26 Νοεμβρίου 1867,
3. Τετρακόσια ενενήντα δύο (492) φύλλα, από 26 Νοεμβρίου 1867-5 Ιουνίου 1868,
4. Πεντακόσια δύο (502) φύλλα, από 5 Ιουνίου 1868-29 Δεκεμβρίου 1868,
5. Εβδομήντα τρία (73) φύλλα, από 30 Δεκεμβρίου 1868-9 Αυγούστου 1869.

Κ12: Έγγραφα αλληλογραφίας (εισερχόμενα) της εν Ερμουπόλει Κεντρικής Επιτροπής των Κρητών από την Επανάσταση της Κρήτης του 1866-1869:

1. Τρία (3) έγγραφα του 1865,
2. Δεκατέσσερα (14) έγγραφα του 1866 (Ιανουάριος, Φεβρουάριος, Ιούνιος, Ιούλιος),
3. Πενήντα οκτώ (58) έγγραφα Αυγούστου 1866,
4. Εβδομήντα έξι (76) έγγραφα Σεπτεμβρίου 1866,
5. Πενήντα τέσσερα (54) έγγραφα Οκτωβρίου 1866,
6. Εβδομήντα τρία (73) έγγραφα Νοεμβρίου 1966,
7. Εξήντα έξι (66) έγγραφα Δεκεμβρίου 1866.

Κ13: Έγγραφα αλληλογραφίας (εισερχόμενα) της εν Ερμουπόλει Κεντρικής Επιτροπής των Κρητών από την Επανάσταση της Κρήτης του 1866-1869:

1. Εβδομήντα (70) έγγραφα Ιανουαρίου 1867,
2. Ογδόντα δύο (82) έγγραφα Φεβρουαρίου 1867,
3. Ενενήντα έξι (96) έγγραφα Μαρτίου 1867,
4. Εκατόν είκοσι τρία (123) έγγραφα Απριλίου 1867,
5. Εκατόν εβδομήντα ένα (171) έγγραφα Μαΐου 1867,
6. Επτά (7) έγγραφα Ιουνίου 1867.

Κ14: Έγγραφα αλληλογραφίας (εισερχόμενα) της εν Ερμουπόλει Κεντρικής Επιτροπής των Κρητών από την Επανάσταση της Κρήτης το 1866-1869:

1. Εκατόν τριάντα έξι (136) έγγραφα Ιουλίου 1867,
2. Εκατόν εξήντα έξι (166) Αυγούστου 1867,
3. Εκατόν πενήντα πέντε (155) έγγραφα Σεπτεμβρίου 1867,
4. Εκατόν δέκα (110) έγγραφα Οκτωβρίου 1867,
5. Ενενήντα επτά (97) έγγραφα Νοεμβρίου 1867,
6. Εκατόν είκοσι τέσσερα (124) έγγραφα Δεκεμβρίου 1867.

Κ15: Έγγραφα αλληλογραφίας (εισερχόμενα) της εν Ερμουπόλει Κεντρικής Επιτροπής των Κρητών από την Επανάσταση της Κρήτης του 1866-1869:

1. Εκατόν σαράντα δύο (142) έγγραφα Ιανουαρίου 1868 ,
2. Εκατόν τριάντα έξι (136) έγγραφα Φεβουαρίου 1868,
3. Εκατόν τριάντα ένα (131) έγγραφα Μαρτίου 1868,
4. Εκατόν είκοσι πέντε (125) έγγραφα Απριλίου 1868,
5. Εκατόν σαράντα τρία (143) έγγραφα Μαΐου 1868,
6. Εκατόν δεκαπέντε (115) έγγραφα Ιουνίου 1868.

Κ16: Έγγραφα αλληλογραφίας (εισερχόμενα) της εν Ερμουπόλει Κεντρικής Επιτροπής των Κρητών από την Επανάσταση της Κρήτης του 1866-1869:
Α.

1. Εκατόν είκοσι πέντε (125) έγγραφα Ιουλίου 1868,
2. Εκατόν τριάντα τρία (133) έγγραφα Αυγούστου 1868,
3. Εκατόν σαράντα ένα (141) έγγραφα Σεπτεμβρίου 1868,
4. Εκατόν τριάντα πέντε (135) έγγραφα Οκτωβρίου 1868,
5. Εκατόν τριάντα έξι (136) έγγραφα Νοεμβρίου 1868,
6. Εκατόν δύο (102) έγγραφα Δεκεμβρίου 1868.
   Β.
7. Εβδομήντα τρία (73) έγγραφα 1869,
8. Δύο (2) έγγραφα των ετών 1876-1877, ογδόντα επτά (87) έγγραφα 1878, είκοσι (20) έγγραφα 1879.

Αχρονολόγητος κατάλογος με ονομαστική καταγραφή 2.915 κρητικών οικογενειών, στις οποίες παραχωρείται γη και χρηματική αποζημίωση για τη συμμετοχή μέλους τους σε ένοπλη εξέγερση.

Φωτοαντίγραφο του λόγου του Πάνου Κορωναίου προς το Πανεπιστήμιο στο οποίο περιέχεται η περιγραφή του Ολοκαυτώματος της Ι. Μονής Αρκαδίου.