Το αρχείο διαρθρώνεται σε τρεις σειρές ως εξής: όπως: α) γνωματεύσεις της Επιτροπής του Εκκλησιαστικού Ταμείου για την εκκλησιαστική και μοναστηριακή περιουσία, β) πρακτικά συνεδριάσεων Επιτροπής Εκκλησιαστικού Ταμείου, γ) κτήριο και προσωπικό Επιτροπής Εκκλησιαστικού Ταμείου, δ) συντάξεις αμνηστευθέντων κληρικών (θυρίδα 100/3) καθώς επίσης και φάκελοι που αφορούν στην οικονομική λειτουργία του Ταμείου: μισθοί προσωπικού και Επιτρόπου, χρηματικά εντάλματα του Γενικού Ταμείου Εκκλησιαστικού, εγγυητές και χρέη προς το Ταμείο κά. (θυρίδα 100/4). Περιλαμβάνονται ακόμα φάκελοι "διοικητικών ταμείων" Μήλου, Σκιάθου, Σκοπέλου, και διάφορα ποικίλα του Υπουργείου Εκκλησιαστικών.
Στην Β΄ σειρά της Δημοσίου Εκπαιδεύσεως περιλαμβάνονται έγγραφα που αφορούν: Δημοτικά σχολεία αρρένων, Δημοτικά σχολεία κορασίων, Νηπιακά σχολεία, Δημοδασκάλους και δημοτικά σχολεία του κράτους γενικά, το Προσωπικό δημοτικών σχολείων και τα βοηθήματά τους, το Αρχιτεκτονικό Σχολείο, τα Ιδιωτικά Σχολεία, των Καθολικών Σχολεία, τα Ναυτικά Σχολεία, την Μουσική Εκκλησιαστική Σχολή, το Πανεπιστήμιο, το Πολυτεχνικόν Σχολείον, το Σχολείον Πυροβολιστών, τη Ριζάρειο Εκκλησιαστική Σχολή, τη Σχολή κορασίων Ρόμπερτσον, τα Σχολεία της Φιλεκπαιδευτικής Εταιρείας, το Χειρουργικόν Σχολείον, τη Σχολή Χίλλ, τη Μαιευτική Σχολή, την Αρχαιολογική Εταιρεία, τις Αρχαιότητες Αιγαίου, Πελοποννήσου και Στερεάς Ελλάδος, το Αστεροσκοπείο, τη Δημόσια Βιβλιοθήκη: Γενικά-Πώληση και διανομή βιβλίων, τις Ειδικές Βιβλιοθήκες των Ελληνικών Σχολείων, το Βιβλιοπωλείο της Βασιλικής Τυπογραφίας και Βιβλία διδακτικά, Βιβλιοπώλες και απαγόρευση βιβλίων, Εφημερίδες, την Εφημερίδα της Κυβερνήσεως, Κληροδοσίες, Προσφορές, τις Οικοδομές, τους Καθυστερούμενους μισθούς διδασκάλων του κράτους, τα Μουσεία, τη Νομισματική Συλλογή, τις Συνδρομές συγγραμμάτων, το Βασιλικόν Τυπογραφείον, τα Καταστήματα Κωφών, την Ιατρική Εταιρεία, τη Φαρμακευτική Εταιρεία, τη Φαρμακευτική Σχολή, τη Φιλεκπαιδευτική Εταιρεία, τη Φιλολογική Λέσχη, τη Φυσικοϊστορική Εταιρεία, την Εταιρεία Ωραίων Τεχνών και την Παιδεία γενικά. Η Γ΄ σειρά των Χρηματικών Ενταλμάτων δημιουργήθηκε για λόγους πρακτικούς και περιλαμβάνει στελέχη χρηματικών ενταλμάτων που σχετίζονται με τις δαπάνες της Γραμματείας/Υπουργείου Εκκλησιαστικών και Δημοσίου Εκπαιδεύσεως, επιμεριζόμενες σε δύο τμήματα που αντιστοιχούν στις σειρές Α΄ και Β΄.

Το αρχείο του φαρμακοποιού Σταματίου Κρίνου αποτελείται κυρίως από χειρόγραφα του ιδίου, μελέτες και σημειώσεις, μεταφράσεις για τη φαρμακευτική και ιατρική, το κείμενο για τη μελέτη του περί στύρακος και την αντίστοιχη αλληλογραφία (1859-1882). Περιλαμβάνει επίσης τεκμήρια που αναφέρονται στις δραστηριότητες της Ιατρικής Εταιρείας, της Φαρμακευτικής Εταιρείας και το Ιατροσυνέδριο, στα οποία ο Κρίνος ήταν μέλος, και επιστολές από τους Εμμανουήλ και Αριστείδη Παπαδάκη από το Ρέθυμνο (1841-1886). Περιλαμβάνονται επίσης προσωπικά έγγραφα (άδεια ασκήσεως επαγγέλματος, διορισμοί, περιουσιακά) του Σταματίου Κρίνου αλλά και των παιδιών του, Αθανασίου και Μαρίας, συζύγου Π. Διαμαντόπουλου (1834-1941). Τέλος υπάρχουν επιστολές του Σταματίου Δ. Κρίνου προς τον ανηψιό του Γεώργιο Α. Κρίνο την περίοδο των σπουδών του τελευταίου στη Γερμανία (1871-1873).

Φάκελος 1
1.1 Στ. Δ. Κρίνος Προσωπικά – οικογενειακά (1834-1886)
1.2 Στ. Δ. Κρίνος Ιατρική και Φαρμακευτική Εταιρεία, Ιατροσυνέδρια και περί επαγγελμάτων φαρμακεμπόρων και φαρμακοπωλών, ιστορικά περί φαρμακείων και φαρμακοπωλών (1841-1862).
1.3 Στ. Δ. Κρίνος Μελέτη και αλληλογραφία περί στύρακος (1859-1882)
1.4-5 Στ. Δ. Κρίνος «Περί φαρμάκων και Ιατρικής»
1.6 Στ. Δ. Κρίνος «Συγγράμματα Ιατρικής. Ιστορικαί σημειώσεις»
Φάκελος 2
2.1 Στ. Δ. Κρίνος «Χειρόγραφα Κρίνου και αρχαίοι συγγραφείς»
2.2 Στ. Δ. Κρίνος Αλληλογραφία (1879-1886)
2.3 Αθανάσιος Στ. Κρίνος (1878-1894)
2.4 Γεώργιος Α. Κρίνος (1871-1891)