Το αρχείο διαρθρώνεται σε τρεις σειρές ως εξής: όπως: α) γνωματεύσεις της Επιτροπής του Εκκλησιαστικού Ταμείου για την εκκλησιαστική και μοναστηριακή περιουσία, β) πρακτικά συνεδριάσεων Επιτροπής Εκκλησιαστικού Ταμείου, γ) κτήριο και προσωπικό Επιτροπής Εκκλησιαστικού Ταμείου, δ) συντάξεις αμνηστευθέντων κληρικών (θυρίδα 100/3) καθώς επίσης και φάκελοι που αφορούν στην οικονομική λειτουργία του Ταμείου: μισθοί προσωπικού και Επιτρόπου, χρηματικά εντάλματα του Γενικού Ταμείου Εκκλησιαστικού, εγγυητές και χρέη προς το Ταμείο κά. (θυρίδα 100/4). Περιλαμβάνονται ακόμα φάκελοι "διοικητικών ταμείων" Μήλου, Σκιάθου, Σκοπέλου, και διάφορα ποικίλα του Υπουργείου Εκκλησιαστικών.
Στην Β΄ σειρά της Δημοσίου Εκπαιδεύσεως περιλαμβάνονται έγγραφα που αφορούν: Δημοτικά σχολεία αρρένων, Δημοτικά σχολεία κορασίων, Νηπιακά σχολεία, Δημοδασκάλους και δημοτικά σχολεία του κράτους γενικά, το Προσωπικό δημοτικών σχολείων και τα βοηθήματά τους, το Αρχιτεκτονικό Σχολείο, τα Ιδιωτικά Σχολεία, των Καθολικών Σχολεία, τα Ναυτικά Σχολεία, την Μουσική Εκκλησιαστική Σχολή, το Πανεπιστήμιο, το Πολυτεχνικόν Σχολείον, το Σχολείον Πυροβολιστών, τη Ριζάρειο Εκκλησιαστική Σχολή, τη Σχολή κορασίων Ρόμπερτσον, τα Σχολεία της Φιλεκπαιδευτικής Εταιρείας, το Χειρουργικόν Σχολείον, τη Σχολή Χίλλ, τη Μαιευτική Σχολή, την Αρχαιολογική Εταιρεία, τις Αρχαιότητες Αιγαίου, Πελοποννήσου και Στερεάς Ελλάδος, το Αστεροσκοπείο, τη Δημόσια Βιβλιοθήκη: Γενικά-Πώληση και διανομή βιβλίων, τις Ειδικές Βιβλιοθήκες των Ελληνικών Σχολείων, το Βιβλιοπωλείο της Βασιλικής Τυπογραφίας και Βιβλία διδακτικά, Βιβλιοπώλες και απαγόρευση βιβλίων, Εφημερίδες, την Εφημερίδα της Κυβερνήσεως, Κληροδοσίες, Προσφορές, τις Οικοδομές, τους Καθυστερούμενους μισθούς διδασκάλων του κράτους, τα Μουσεία, τη Νομισματική Συλλογή, τις Συνδρομές συγγραμμάτων, το Βασιλικόν Τυπογραφείον, τα Καταστήματα Κωφών, την Ιατρική Εταιρεία, τη Φαρμακευτική Εταιρεία, τη Φαρμακευτική Σχολή, τη Φιλεκπαιδευτική Εταιρεία, τη Φιλολογική Λέσχη, τη Φυσικοϊστορική Εταιρεία, την Εταιρεία Ωραίων Τεχνών και την Παιδεία γενικά. Η Γ΄ σειρά των Χρηματικών Ενταλμάτων δημιουργήθηκε για λόγους πρακτικούς και περιλαμβάνει στελέχη χρηματικών ενταλμάτων που σχετίζονται με τις δαπάνες της Γραμματείας/Υπουργείου Εκκλησιαστικών και Δημοσίου Εκπαιδεύσεως, επιμεριζόμενες σε δύο τμήματα που αντιστοιχούν στις σειρές Α΄ και Β΄.

Το αρχειακό υλικό αφορά διάφορες υπηρεσίες του Υπουργείου που άσκησαν τις λειτουργίες υγείας και πρόνοιας. Επίσης υπάρχει αρχειακό υλικό σχετικό με δοικητικά θέματα και την οικονομική διαχείριση. Υγεία: Δημόσια υγεία (λοιμώδη νοσήματα), νοσοκομειακή περίθαλψη (κυρίως μαιευτήρια), ψυχική υγεία, φαρμακεία (ευρετήρια, μητρώα) κ.ά. Πρόνοια: Κοινωνική πολιτική στέγασης (Λαϊκή Στέγη, προστασία παιδικής ηλικίας, πρόσφυγες Μέσης Ανατολής περιόδου 1940-1944 (μητρώα και ευρετήρια), επαγγελματική κατάρτιση (αγροτικές μεταβατικές οικοκυρικές σχολές), ορφανοτροφεία κ.ά. Μεγάλο μέρος του υλικού αφορά την αποκατάσταση των αστών προσφύγων μικρασιατικής καταστροφής, στο οποίο περιλαμβάνονται το διοικητικό αρχείο του Ταμείου Ανταλλαξίμων Κοινοτικών Περιουσιών, παραχωρητήρια, επιτάξεις και απαλλοτριώσεις, φάκελοι προσφυγικών συνοικισμών, οικονομικά στοιχεία για την αποκατάσταση αστών προσφύγων, κτηματολογικοί πίνακες και διαγράμματα συνοικισμών. Διοικητικά: Εμπιστευτική αλληλογραφία (φάκελοι και πρωτόκολλα), Υπηρεσιακά συμβούλια, Συμβούλια Νομιμοφροσύνης και γενικότερα θέματα προσωπικού, Οικονομικά θέματα, κ.ά.

Συλλογή Ορφανοτροφείου Χατζηκώνστα:

1. Βιβλίο ενδυμάτων μαθητών (1886-1902), βιβλίο "Αναφορείο Υποπαιδονόμου Ορφανοτροφείου" με αναφορές και σημειώματα για τη λειτουργία του ορφανοτροφείου την περίοδο της Κατοχής (παρένθετη φωτογραφία), πανόδετο τετράδιο αναλώσιμων υλικών (1947-1948).
2. "Ορφανοτροφείον Γεωργίου και Αικατερίνης Χατζηκώνστα 1856-1908", Εν Αθήναις, τύποις Π.Δ. Σακελλαρίου, 1908.
3. "Ορφανοτροφείον Γ. και Αικ. Χατζηκώνστα, Λεύκωμα Εβδομηκονταπενταετηρίδος (1856-1930)", Αθήναι, 1931.
4. "Ελεύθερα Γράμματα", φυλ. αρ. 34 (4 Ιανουαρίου 1946).
5. Αφιέρωμα. Παλαιά Αρχοντικά της Αθήνας (κείμενα Φρ. Γερμανού). Εκδότης Κ. Σπανός, τεύχ. αρ. 26 (άνοιξη 1985).

1. Έγγραφα Ένωσης Τηνίων (1937-1949).
2. Αιτήσεις προς τον Οικονομικό Έφορο της περιοχής Αργολιδοκορινθίας (1859-1887).
3. Εμπορική αλληλογραφία του 1922.
4. Αρχείο ιατρού Συμεών Ιωσηφίδη αναφερόμενο σε ελληνοτουρκικά θέματα των ετών 1930 - 1937.
5. Αλληλογραφία Ιω. Παναγιωτάκη σχετιζόμενη με το προσφυγικό ζήτημα των ετών 1923-1940.
6. Δείγματα παλαιών ομολογιών (Ομολογίες Εθνικής Τράπεζας "Λαχειοφόρο Δάνειο Κτηματικής Πίστεως 7% 1925").
7. Χειρόγραφες ομιλίες Εκκλησιαστικής Σχολής Χάλκης,
8. Αρχείο Δημ. Φουντούλη (1829-1921).
9. Αρχείο Ορφανοτροφείου Χατζηκώνστα (1866-1927): αγωγές του Ιδρύματος κατά ιδιωτών και άλλων ιδρυμάτων (Ριζάρειος Σχολή, κλπ), κατάλογος εξόδων, λεύκωμα (Ορφανοτροφείο Γεωργίου και Αικατερίνης Χατζηκώνστα 1856-1908, εν Αθήναις, 1908).
10. Έγγραφο του Εφορείου δικαστικής αστυνομίας και πολιτείας (Κλητήριο θέσπισμα, Κέρκυρα, 1821),
11. Αρχείο Στρατηγού Π. Σοφιανόπουλου, έγγραφα και φωτογραφίες (1915 - 1921).

Στοιχεία γενικής απογραφής κινητής περιουσίας του Ορφανοτροφείου Γ. και Αικ. Χατζηκώνστα, αντίγραφα αποσπάσματος από τη γενική κατάσταση των υπηρετούντων στο Ορφανοτροφείο υπαλλήλων, καταστάσεις αποθηκών, τροφίμων και υλικών του Ορφανοτροφείου.
Έγγραφα που αφορούν τις φυλακές Χατζηκώνστα: σημειωματάριο με καταγραφή συνθημάτων που γράφτηκαν από κρατούμενους στις φυλακές την περίοδο της Κατοχής, έγγραφα της διεύθυνσης των φυλακών κ.ά.
Φωτογραφίες και φιλμ από δράσεις του Ορφανοτροφείου, κατασκηνώσεις κ.λπ.

Περιέχει τις ενότητες: Ι. Εκκλησιαστικών και ΙΙ. Παιδείας. Η πρώτη ενότητα περιλαμβάνει υλικό σχετικά με την Ιερά Σύνοδο, το Εκκλησιαστικό Ταμείο και την Επιτροπή, τους Επισκόπους και τις Επισκοπές, τις Γυναικείες Μονές, τη Μοναστηριακή περιουσία και τις Εκκλησιαστικές σχολές. Η δεύτερη ενότητα περιλαμβάνει υλικό σχετικά με το Πανεπιστήμιο, το Γυμνάσιο και το Ελληνικό Σχολείο, τη Δημοτική Εκπαίδευση, το Ορφανοτροφείο, την Αρχαιολογική Υπηρεσία, τη Δημόσια Βιβλιοθήκη, τις Υποτροφίες, τις Επιστημονικές Εταιρείες, τις Οικοδομές, τις Ιδιωτικές Σχολές, το Διδασκαλείο, τα ζητήματα διδακτικού προσωπικού, τα κληροδοτήματα, το Αστεροσκοπείο, το προσωπικό του Υπουργείου.