Η Συλλογή Γιάννη Βλαχογιάννη περιέχει έξι καταλόγους και ένα Παράρτημα:
-Κατάλογος Α' (Αρχείον Αγώνος, Αρχείον Καποδιστριακής περιόδου, Αρχείον περιόδου Όθωνος, Αρχείον περιόδου Γεωργίου Α', Ιδιωτικαί Συλλογαί)
-Κατάλογος Β' (Χειρόγραφα ιατρικά, νομικά, λαογραφικά - μουσικά, γλωσσικά - φιλολογικά, καλλιτεχνικά, θρησκευτικά, εμπορικά, γεωγραφικά - ιστορικά, ημερολόγια επαναστάσεως και χειρόγραφα χρόνων Ιερού Αγώνος, Καποδίστρια, Όθωνος και μεταγενέστερα)
-Κατάλογος Γ' (Φάκελοι εγγράφων και υλικού)
-Κατάλογος Δ' (Κυτία με υλικό μελετών)
-Κατάλογος Ε' (Κυτία με βιβλιογραφικά δελτία και σημειώσεις)
-Κατάλογος ΣΤ' ("Αρχεία" Καραϊσκάκη και Οδυσσέως Ανδρούτσου)
-Παράρτημα Συλλογής Βλαχογιάννη (πρώην "Ακατάτακτα Βλαχογιάννη")

Εικονίζονται οι Άγιοι Ανάργυροι: Δαμιανός, Παντελεήμων, Κοσμάς, και άλλοι τέσσερις Άγιοι.

Απεικόνιση του Αγίου Νικολάου και της Μονής Γρηγορίου στο Άγιο Όρος, στην οποία γίνεται αφιέρωση. Η εικόνα του Αγίου περιβάλλεται από εικονίδια με σκηνές και θαύματα από τον Βίο του.
Σχεδιαστής: Θεοφύλακτος, Μ(οναχός)

Αγιογραφία του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου, από τη Μονή Διονυσίου στο Άγιο Όρος, η οποία εορτάζει κατά το Γενέσιο του Τιμίου Προδρόμου στις 24 Ιουνίου. Αναθηματικό χαρακτικό που φιλοτεχνήθηκε με έξοδα του Φιλόθεου Σταμπαδώρου εις μνήμη των γονέων του.
Σχεδιαστής: Ιερομόναχος Ευθύμιος

Χαρακτικό που απεικονίζει έφιππο τον Άγιο Δημήτριο. Στο βάθος διακρίνεται τμήμα της πόλης της Θεσσαλονίκης.

Απεικόνιση του Αγίου Γεωργίου με το γνωστό θέμα της θανάτωσης του δράκου. Ο άγιος εμφανίζεται, ως έφιππος προστάτης, πάνω από την Ιερά Μονή Ξενόφου ή Ξενοφώντος του Αγίου Όρους η οποία τιμάται την ημέρα εορτασμού του ονόματός του. Το χαρακτικό κοσμείται και από μικρότερες ένθετες εικόνες αγίων.

Σχέδιο της Μονής Χιλανδαρίου. Στο βάθος διακρίνεται η σκήτη της Αγίας Τριάδος.

Συλλογή κειμένων που αποτελείται από "γυμνάσματα" εκκλησιαστικών κειμένων και κείμενα αρχαίων Ελλήνων συγγραφέων: 1) Ξενοφώντος Κύρου Παιδείας βιβλίο α΄ έως η΄και 2) "Συνεσίου σχόλια των επιστολών". Αντιγραφέας είναι ο Ιωάννης Παπουτζής στη Σχολή Πάτμου το 1784.

Ξυλογραφία που αναπαριστά σύναξη των Αρχαγγέλων.

Η Παναγία η Οδηγήτρια απεικονίζεται με το Χριστό στην αγκαλιά της και πλαισιώνεται από τους Αγίους Νικόλαο, Χαράλαμπο, Γεώργιο, Βασίλειο, Ιωάννη Χρυσόστομο, Γρηγόριο Θεολόγο και Δημήτριο.

Σχέδιο που απεικονίζει τη μονή Καισαριανής το 1745.

Χαρακτικό που απεικονίζει τη Μεταμόρφωση του Σωτήρος και την Ιερά Μονή Παντοκράτορος στο Άγιο Όρος, η οποία είναι αφιερωμένη στη Μεταμόρφωση του Σωτήρος.

Χαρακτικό που απεικονίζει την Ιερά Μονή Εσφιγμένου στο Άγιο Όρος και την Ανάληψη του Χριστού, στην οποία είναι αφιερωμένη η Μονή. Απεικονίζονται επίσης η Αυτοκράτειρα Πουλχερία και ο Θεοδόσιος ο Μικρός, ως κτήτορες της Μονής, μνημονεύονται δε και επτά μάρτυρες-άγιοι που έδρασαν σε αυτήν.
Τόπος έκδοσης χαρακτικού: Κωνσταντινούπολη
Τόπος έκδοσης χαρακτικού: [Constantinople]

Περιέχει τα τέσσερα Ευαγγέλια ως εξής:

1. Το κατά Ματθαίον (φ. 1r-78v) - αρχίζει από το Κεφ. Α', στ. 20
2. Το κατά Μάρκον (φ. 79r-128v)
3. Το κατά Λουκάν (φ. 129r-190r)
4. Το κατά Ιωάννην (φ. 191r-241v) - διακόπτεται στο Κεφ. ΙΗ', στ. 30.

Κύλινδρος που περιέχει το κείμενο της Εσθήρ στα εβραϊκά.

Περιέχει τον βίο και την ακολουθία του Αγίου Μοδέστου, του Στυλιανού του Παφλαγόνος, του ιερομανάχου Χαραλάμπους, του ιερομονάχου Αντύπα, της αγίας μεγαλομάρτυρος Κυριακής και της οσιομάρτυρος Παρασκευής.

Χειρόγραφο, του οποίου το κυρίως κείμενο τιτλοφορείται: "Φράσεων ελληνικών εξ εβδομήκοντα τριών ξυγγραφών συνειλεγμένων και εις κοινούς τόπους καταστρωμένων παρά κυρίου Ιακώβου Βιλλίου, βιβλίον ωφελιμώτατον και αναγκαιότατον ου μόνον τοις προβεβηκόσι των ακροατών αλλά και αυτοίς δη τοις εις άκρον παιδείας εληλακόσι καθηγηταίς, ελληνιστί ξυγγράφειν μέλλουσιν".
Του κυρίως κειμένου προτάσσεται ευρετήριο: "των συγγραφέων τα ονόματα κατ' αλφάβητον".
Στο φύλλο 4v φέρει ενδείξεις μεταγενέστερες: "1772 εν μηνί β΄ μαϊου" και "αψξζ εν Βουκουρεστίω".
Πρόκειται μάλλον για ελληνική μετάφραση του λατινικού έργου: "Jabobus Billius, Locutionum Graecorum in communes locos per Alphabeti ordinem digestrarum volumen", Lugdunum 1588.
Στο recto του πρώτου εσωφύλλου υπάρχει ένδειξη: "Νικολάου Κωνσταντίνου δέκα στίχοι πολιτικοί εις την βίβλον".

Στο κάτω μέρος του χαρακτικού γίνεται υπομνηματισμός των αριθμημένων σημείων που εντοπίζονται στην απεικόνιση:

1. Η Εκκλησία των Αγίων Πάντων, 2. Ο υδρόμυλος, 3. Το Παλάτιον, 4. Η πύλη του Μοναστηρίου, 5. Νάρθηξ της εκκλησίας, 6. Οι τρεις φαινόμενοι αυτόγλυφοι σταυροί, 7. Ο μικρός πύργος, 8. Ο μεγάλος πύργος, 9. Το Κανονοστάσιον, 10. Σχοινοποιούν, 11.Ο χορτών, 12. Το ιπποστάσιον, 13. Το χαλκείον, 14. Η Εκκλησία του Αγ. Νικολάου, 15. Ο μοτίλιθος γνώμων της εαρινής ισημερίας, 16. Το λιθάριον της Παναγίας.

Χαλκογραφία η οποία απεικονίζει τον Άγιο Γρηγόριο τον Ναζιανζηνό με άμφια.
Σχεδιαστής: Novelli, Pietro Antonio
Εκδότης: Wagner, Vin
Τόπος έκδοσης χαρακτικού: Venis
Τόπος έκδοσης χαρακτικού: [Βενετία]

Απεικονίζεται Έλληνας μοναχός σε περίτεχνα διακοσμημένο πλαίσιο.

Απεικονίζεται Ελληνίδα μοναχή σε περίτεχνα διακοσμημένο πλαίσιο.