Συνθέτης συμφωνικής μουσικής. Γεννήθηκε στην Καβάλα το 1910 και πέθανε στην Αθήνα το 1989. Σπούδασε πιάνο με τη Μαρίκα Λασποπούλου και θεωρητικά - σύνθεση με τον Αλέκο Κόντη στο Ελληνικό Ωδείο Αθηνών. Την περίοδο 1928-29 υπήρξε μαθητής του Αιμίλου Ριάδη. Η εξέλιξη του είναι όμως αποτέλεσμα προσωπικής του μελέτης και έρευνας, και ο ίδιος θεωρούσε τον εαυτό του, ιδιαίτερα ως προς τις νεώτερες τεχνικές σύνθεσης, αυτοδίδακτο. Το 1949-50, ως υπότροφος της UNESCO επισκέφθηκε μεγάλα μουσικά κέντρα της Ευρώπης‡ κατά την ίδια περίοδο εργάστηκε κοντά στον Arthur Honegger, στο Παρίσι.
Από το 1951-61 δίδαξε Ιστορία της Μουσικής στο Εθνικό Εκπαιδευτήριο Αναβρύτων ενώ από το 1954-1976 ήταν καθηγητής θεωρητικών και σύνθεσης στο Ελληνικό Ωδείο, στην Αθήνα. Παράλληλα όμως και μέχρι το θάνατο του παρέδιδε ιδιαίτερα μαθήματα Αν. Θεωρητικών και Σύνθεσης. Το διδακτικό του έργο θεωρείται ιδιαίτερα σημαντικό, δεδομένου ότι υπήρξε ο πρώτος - και για μεγάλη περίοδο ο μόνος - στην Ελλάδα, που δίδαξε παράλληλα με τις παραδοσιακές και νεώτερες τεχνικές σύνθεσης. Οι περισσότεροι σημαντικοί Έλληνες συνθέτες, μουσικολόγοι και διευθυντές ορχήστρας της νεώτερης γενιάς υπήρξαν μαθητές του.
Τα περισσότερα έργα του έχουν εκτελεστεί επανειλημμένα στην Ελλάδα και στο εξωτερικό (Δ. Γερμανία, Αγγλία, Σουηδία, Ουγγαρία, Ιταλία, Η.Π.Α κ.λ.π.) και μεταδοθεί από πολλούς Ραδιοφωνικούς Σταθμούς.
Το 1953 βραβεύτηκε η Συμφωνία αρ. 3, στο Διεθνή Διαγωνισμό «Βασίλισσα Ελισσάβετ του Βελγίου», στις Βρυξέλλες. Το 1970 τιμήθηκε από το Πανεπιστήμιο της Βιέννης, με το βραβείο «GOTTFRIED-VON HERDER». To 1983 η Ακαδημία Αθηνών του απένειμε το «Αριστείον Καλών Τεχνών».
Υπήρξε ιδρυτικό μέλος και Πρόεδρος από το 1964 ως το 1975, του «Ελληνικού Συνδέσμου Σύγχρονης Μουσικής» (Ε.Σ.ΣΥ.Μ.) και του Ελληνικού τμήματος της Διεθνούς Εταιρίας Σύγχρονης Μουσικής» (Δ.Ε.Σ.Μ.) Από το 1948 έως τα τελευταία χρόνια της ζωής του ήταν μέλος της Ένωσης Ελλήνων Μουσουργών.
Με το έργο του και τη διδασκαλία του, ο Γιάννης Α. Παπαϊωάννου έχει ασκήσει πλατιά επίδραση στη νεώτερη Μουσική Σχολή της Ελλάδος και μπορεί να θεωρηθεί ένας από τους σημαντικότερους Έλληνες συνθέτες του 20ου αιώνα.