Το αρχείο του Δήμου Μυκόνου αντανακλά τις λειτουργίες και αρμοδιότητες των κοινοτήτων και των Δήμων καθ’ όλη τη διάρκεια του 19ου και το πρώτο μισό του 20ου αιώνα: δημοτολόγιο, στρατολογία, δημόσια τάξη, προστασία αρχαιοτήτων, εκλογές, φορολογία, δημόσια υγεία, κοινωνική πρόνοια, τελωνεία. Αφορά επίσης τη διοικητική και διαχειριστική-λογιστική υπηρεσία του Δήμου. Υπάρχει ακόμα υλικό από τη Δημογεροντία.
Το αρχειακό υλικό αποτελείται από φακέλους εγγράφων και υπηρεσιακά βιβλία.

Ακολουθούν τίτλοι φακέλων (ενδείξεις ή αποδιδόμενοι) :

1700 – 1799 Ομολογίες
Ποικίλα
Δημογεροντία 1800 – 1839
Δικαστικά Σχετικά με την Μητρόπολη Παναγία Πηγαδιώτισσα 1829
Αναστάσιος Χάμπας Βαρθολομαίος Γκύζης Διάφορα
Πλοία και Επιβάτες στο Λιμοκαθαρτήριο Δήλου 1845 – 1846
Δωρεά Ασπασίας χήρας Μάρκου Μαύρου στο Σχολείο
Πράξεις Δημοτικού Συμβουλίου 1863
Γεώργιον Ιωάννη Γρυπάρη Λογιωτάτου 1809
Ευρετήριον – Δικαστικά προς έρευνα – κατάστιχα
Επιστολές και λογαριασμοί – θρησκευτικά
Προς έρευνα
Ποικίλα 19Ος αταξινόμητα ( 1835 – 1837, 1840 – 1873, φυγόδικοι, ανεμόμυλοι )
Δύο κατάστιχα 1826
Απογραφικοί πίνακες 1840 έως 1874
Εκκλησιαστικά 1828 έως 1860
Αγία Κυριακή 1892
Ποικίλα 1868
Ποικίλα Ναυτικά 1809 – 1894
Χρηματικά Εντάλματα 1892
Βιβλίον εισπρακτέων 1911
Δικαστικά περίπου 1842
Δικαστικά 1828 – 1894
Ποινικά 1845 ( κακή κατάσταση )
1845 ( σάπια )
Εγκύκλιοι – Αλληλογραφία - Δελτία αποτελεσμάτων Χώρας & Άνω Μεράς 1938 – 1941.

Τοποθετημένα σε κουτιά:
1830 – 1871 Λιμεναρχείο ( Εισερχόμενα – Εξερχόμενα )
1834 – 1889 Ναυτικά – Λιμενικά – Λιμεναρχείο
1832 – 1846 Στρατολογικά – Προϋπολογισμός – Απολογισμός – Αστυνομικά – Ποινικά – Δηλώσεις Ζώων – Συντάξεις – Δημογεροντία – Αποφάσεις
1837 – 1883 Γεννήσεις – Βαφτίσεις – Κατάλογος Προϊόντων Μυκόνου – Δημαιρεσιακός Κατάλογος – Περί Καταρτίσεως Μητρώων Αρρένων – Φορολογικός Κατάλογος – Ληξιαρχικά – Απογραφαί - Δημοτολόγιο – Διαβατήρια – Πιστοποιητικά – Πίνακας απογραφής
1838 – 1844 Περί δανειστικής Τραπέζης – Απολογισμοί – Επιτηδεύματα – Συντάξεις – Εισερχόμενα – Εγκύκλιοι – Οικονομικός Έφορος
1840 Διοικητής Σύρου – Εισερχόμενα – εξερχόμενα
1841 – 1870 Δημόσια Υγεία – Δημόσια Ασφάλεια
1841 Τελετές – Γεωργία – Διοικητικά – Δημοτικά – Αστυνομικά – Παιδεία – Ταμείο Σύρου – Χρηματικά Εντάλματα κ.α.
Ταμείο Σύρου – Περί τελετών – Δημοτικών Πράξεων – Επαρχειακού Συμβουλίου – Εισερχόμενα – Εξερχόμενα
1842 Μοιραρχία – Αστυνομική Δήλωση – Οικονομικός Επίτροπος – Γεωργία – Χρηματικά Εντάλματα
1840 – 1846 Δημοτικοί Φόροι
1841 – 1845 Δημόσιοι Φόροι – Κλοπές – Εισερχόμενα – Εξερχόμενα – Διοικητής Σύρου – Πενία – Μοιραρχία – Βιομηχανία – Συλλήψεις
1845 – 1880 Εκλογικά – Βουλευτικές Εκλογές – Δημοτικές Εκλογές
1846 Εισερχόμενα – Εξερχόμενα
1840 – 1846 Οικονομική Επιτροπή Σύρου – Φυγόδικοι – Ληξιαρχικά – Συντάξεις – Γενική Έκθεσις – Παραιτήσεις – Στρατολογικά – Ένορκοι – Δημοτικοί Φόροι
1840 – 1887 Ναυτικά – Λιμενικά – Ανασκαφές Δήλου – Μουσείο Αρχαιοτήτων – Εκκλησιαστικά – Τουρλιανή – Ενορία Αγίας Κυριακής – Εκπαίδευση – Εκκλησιαστικά
1846 – 1876 Δημοτικοί Φόροι – Επιτηδεύματα – Οικοδομαί – Προϋπολογισμός
1844 – 1870 Στρατολογικά
1855 – 1877 Πρωτόκολλα Αποφάσεων Δημοτικού Συμβουλίου – Πρωτόκολλα Αλληλογραφίας – Προϋπολογισμός – Απολογισμός – Διαχείριση Δημοτικής Περιουσίας
1863 – 1870 Ένορκοι – Επιτηδεύματα – Οικοδομαί – Δημοτικά Έργα – Κατάλογοι Ζώων – Ποινικά
1862 – 1894 Εθνοφυλακή – Στρατολογία – Πιστοποιητικά – Αιτήσεις – Εισερχόμενα – Εξερχόμενα – Προκυμαία – Λαχείο Στόλου – Εμβολιασμός – ΦΕΚ
1883 Δημόσια Υγεία – Ασφάλεια – Προκυμαία – Εκλογικά – Έξοδα – Εντάλματα – Στρατολογία
1844 – 1885 Συμβόλαια – Εκπαίδευση – Εκκλησιαστικά – Αρχαιότητα – Εκπαίδευσις – Περί Παιδείας – Εγκύκλιοι
1876 – 1877 Εκκλησιαστικά – Δηλώσεις Φόρων Ζώων – Εισερχόμενα Νομαρχίας Κυκλάδων – Δημοτολόγια – Πρακτικά Παραπόνων Στρατολογικού Καταλόγου – Στρατολογικά
1887 Απογραφικοί Πίνακες – Αγροφυλακή – Διάφορα – Βασιλικαί Εορταί – Ληξιαρχικά – Προϋπολογισμοί – Αστυνομικά – Ποινικά – Κληροδότημα Αμπανόπουλου
1838 – 1887 Ανατροφή Έκθετων Τέκνων – Νομάρχες Κυκλάδων – Υπουργείο Οικονομικών – Κρητικοί Πρόσφυγες – Προξενικά – Τελετές – Οπλοφορίες – Ποικίλα
1839 – 1883 Ποικίλα – Δημοτικοί Φόροι – Ταμείο Σύρου – Αγροφυλακή – Επιτηδεύματα – Οικοδομαί
1840 – 1888 Υπόνομοι – Διοικητής Σύρου – Οικονομικός Έφορος – Νομάρχες Κυκλάδων – Ληξιαρχικά – Δημοτολόγιο – Ιθαγένεια – Απογραφικοί Πίνακες – Εκλογικά – Διάφορα
Δηλώσεις Οίνων – Απολογισμοί – Δηλώσεις Αροτριώντων – Στατιστικά – Ποινικά – Πιστοποιητικά – Υπηρεσίες Γραφείου – Ληξιαρχικά – Έσοδα – Έξοδα – Αστυνομικά – Μητρώα – Δηλώσεις Ζώα
1838 – 1896 Εκπαιδευτικά
1836 – 1896 Τηλεγράφημα Αρχιεπισκόπου Σύρου – Επανάσταση – Έλευση Γεωργίου – Δημοτικό Σχολείο – Εκλογικά – Εργάτες Θαλάσσης – Ένορκοι – Στρατολογικά – Απολογισμός Διοικητικής Διαχείρισης – Δημοπρασίες – Μεταλλεία – Ζώα – Εισερχόμενα – Εξερχόμενα
1840 – 1890 Ποικίλα
1833 – 1901 Ποικίλα – Λιμενικά – Στρατολογικά – Ειρηνοδικείο – Απαντήσεις - Μητρώα – Δημοτικό Συμβούλιο
Πολιτικαί Αρχαί – Αποδείξεις Πληρωμής – Δικαστικά – Δημόσια Ασφάλεια – Υγεία – Ετοιμόρροπα
1936 – 1937 Εγκύκλιοι
1938 – 1939 Εγκύκλιοι Τελωνειακά
1940 – 1944 Εγκύκλιοι Τελωνειακά
1901 – 1908 Χειρόγραφες Σημειώσεις Φοιτητών Φιλολογίας Κόντου και Λαμπράκη

Κατάστιχα / Υπηρεσιακά βιβλία:

Διπλότυπο αποδείξεως Δημοτικού Ταμείου Μυκόνου (1856, 1882, 1894 , 1905 )
Πρακτικά Δημοτικού Συμβουλίου Μυκόνου ( 1870 – 1879 )
Δημοτολόγιο του Πληθυσμού του Δήμου Μυκόνου του 1861
Βιβλίον καταγραφής των δημοτών του Δήμου Μυκόνου του 1852
Ληξιαρχικόν Βιβλίον των Γεννήσεων του Δήμου Μυκόνου της Επαρχίας Σύρου και Τήνου. Αρχόμενη του έτους 1877 – 1884
Εκλογικός κατάλογος Δήμου Μυκόνου 1876
«Κατάλογος κατοίκων Μυκόνου που υποχρεούνται προσωπική δουλείαν» 1838
Μητρώο της ενεργούς Εθνοφυλακής του Δήμου Μυκόνου 1863 της Επαρχίας Σύρου
Βιβλίον πρακτικών του Δημοτικού Σχολείου Μαραθιού Μυκόνου 1958 – 1966
Καθημερινόν του Δημοτικού Εισπράκτορος Μυκόνου δια το έτος 1894
Βιβλίον καθημερινόν δημοτικού Εισπράκτορος Μυκόνου δια το έτος 1895. ( έσοδα – έξοδα Δημοτικού Ταμείου )
Βιβλίον καταχωρήσεως των εκδιδομένων ενταλμάτων της χρήσεως 1905
Βιβλίο καταγραφής αποθεμάτων γεωργικών και κτηνοτροφικών προϊόντων και ειδών διατροφής 1938 – 1940
«Βιβλίον διεκπεραιώσεως» 1955
«Βιβλίον διεκπεραιώσεως αλληλογραφίας Κοινότητος» 1941 – 1946
«Βιβλίον διεκπεραιώσεως αλληλογραφίας της Κοινότητος Μυκόνου» 1937 – 1938
Βιβλίο διεκπεραιώσεως αλληλογραφίας Κοινότητας Μυκόνου 1935 – 1936
«Βιβλίον διεκπεραιώσεως» Κοινότητας Μυκόνου 1932 – 1934,
«Καθημερινόν βιβλίον Ταμείου του Δήμου» 1904
Μαθητολότιον του εν Μυκόνω Ελληνικού Παρθεναγωγείου
Εισερχόμενα – Εξερχόμενα Ειρηνοδικείου.