Η "Ανωτάτη Γεωπονική Σχολή" (Α.Γ.Σ.Α) ιδρύεται με το νόμο 1844 του 1920, επί Κυβερνήσεως Ελ. Βενιζέλου, στο παλιό κτήμα Χασεκή στο Βοτανικό Κήπο. Στον ίδιο χώρο προϋπήρχε η Τριανταφυλλίδειος Γεωργική Σχολή που ιδρύθηκε το 1888 και ήταν τριετούς φοιτήσεως. Πρώτος Διευθυντής της Γεωπονικής Σχολής ήταν ο Σπυρίδων Χασιώτης, πατέρας της Γεωπονικής Επιστήμης, ο οποίος είχε διατελέσει, μεταξύ των άλλων, Διευθυντής της Γεωργικής Σχολής Τίρυνθας το διάστημα 1894-1897, που ήταν η πρώτη γεωργική σχολή που είχε ιδρυθεί ήδη από την περίοδο διακυβέρνησης Καποδίστρια.

Το 1926 ιδρύθηκε το Ειδικό Ταμείο της Σχολής που έδωσε ώθηση σε όλες τις υποθέσεις της και κυρίως στη επίλυση του κτιριακού προβλήματος, στον εξοπλισμό των Εργαστηρίων και στην καλύτερη οργάνωση των Αγροκτημάτων.

Τον Ιούνιο του 1937 με τον Αναγκαστικό Νόμο 835 της Κυβερνήσης Μεταξά, η Σχολή διαλύθηκε και μεταφέρθηκε στη Θεσσαλονίκη. Το 1943 δια του Νόμου 672 και χάρη στις προσπάθειες των Καθηγητών της Σχολής και την προθυμία του τότε Υφυπουργού Γεωργίας και Βουλευτή του Λαϊκού Κόμματος Γ. Παμπούκα, επανήλθε στην αρχική της θέση στην Αθήνα (Βοτανικός).

Η νέα περίοδος σφραγίστηκε από τη δημιουργία του νέου Κεντρικού Κτιρίου που θεμελιώθηκε το 1948 και ολοκληρώθηκε, σε πρώτη φάση, το 1954, χάρη στην Αμερικανική Βοήθεια και με χρήματα του σχεδίου Μάρσαλ. Ταυτόχρονα η Σχολή αποκτά σημαντικά αγροκτήματα στην Κωπαϊδα (1.000 στρ) και στη Γιαλού Σπάτων (330 στρ), απαραίτητα για την διδασκαλία, την πρακτική άσκηση των φοιτητών και την έρευνα.

Από το 1959 η Σχολή παύει να υπάγεται στο Υπουργείο Γεωργίας και περνάει στο Υπουργείο Παιδείας. Εγκαινιάζεται έτσι μία νέα περίοδος για το ίδρυμα που είναι απο τις πιο γόνιμες και φτάνει μέχρι το 1967.

Η περίοδος της δικτατορίας που επέφερε τις γνωστές ανωμαλίες στα Ανώτατα Ιδρύματα, συνδέθηκε με γεγονότα όπως το τραγικό συμβάν της αυτοκτονίας του Βοηθού της Σχολής Θ.Φραγκόπουλου και με απειλές περί μεταφοράς της Σχολής στην Κρήτη, από τον Σ.Παττακό.

Μετά την περίοδο αυτή, η Σχολή προσπαθεί να βρεί το δρόμο της με όλες τις αλλαγές που έχουν στο μεταξύ συντελεστεί (αλλαγές στα προγράμματα σπουδών, συμμετοχή φοιτητών στα συλλογικά όργανα και αλλαγές στη δομή και λειτουργία της Σχολής).

Το 1982 ο Νόμος Πλαίσιο 1268, αλλάζει το καθεστώς Διοίκησης των Α.Ε.Ι . Οι συζητήσεις και οι νέες εξελίξεις, οδήγησαν το 1985/86 στο χωρισμό σε δύο Τμήματα (Γεωρ. Ανάπτυξης και Γεωργ. Παραγωγής). Πρός το τέλος εξάλλου της δεκαετίας του ΄80 γίνεται η μετονομασία της Σχολής σε Γεωργικό Πανεπιστήμιο (Π.Δ. 377/1989) και ο χωρισμός της σε 7 Τμήματα. Με το Π.Δ. 226/1995 εξάλλου, το Γεωργικό Πανεπιστήμιο Αθηνών μετονομάζεταιι σε Γεωπονικό.