Ο Παύλος Κουντουριώτης γεννήθηκε στην Ύδρα στις 9 Απριλίου 1855. Παρακολούθησε εγκύκλιες σπουδές στην Αθήνα και το 1874 κατατάχθηκε στο Πολεμικό Ναυτικό ως δόκιμος. Το 1884 προάχθηκε σε υποπλοίαρχο και το 1886 συμμετείχε ως κυβερνήτης κανονιοφόρων σε αποστολή στην Πρέβεζα. Στις αρχές του 1897 στάλθηκε με τον ατμομυοδρόμωνα “Αλφειό” στην επαναστατημένη Κρήτη όπου απειλήθηκε , αλλά αρνήθηκε να υποχωρήσει στις απαιτήσεις των ναυάρχων των Μεγάλων Δυνάμεων και αργότερα στον ελληνοτουρκικό πόλεμο αντιμετώπισε τους Τούρκους στον Πλαταμώνα. Το 1899 έγινε αντιπλοίαρχος και ανέλαβε κυβερνήτης του ευδρόμου “Ναύαρχος Μιαούλης” με το οποίο και πραγματοποίησε το 1901 το πρώτο υπερατλαντικό ταξίδι ελληνικού πολεμικού σκάφους. Ακολούθησαν η τοποθέτησή του ως υπασπιστή του βασιλιά Γεωργίου Α΄ (1905), η προαγωγή του σε πλοίαρχο (1909) και η τοποθέτηση του ως αρχηγού του ελληνικού στόλου (1912). Οι επιτυχημένες ναυτικές επιχειρήσεις που ανέλαβε εναντίον των Τούρκων στους Βαλκανικούς Πολέμους κατοχύρωσαν την κυριαρχία της Ελλάδας στο Αιγαίο. Διετέλεσε υπουργός Ναυτικών στην κυβέρνηση Στ.Σκουλούδη (Οκτώβριος 1915-Ιούνιος 1916) και ως ένθερμος οπαδός της πολιτικής του Βενιζέλου συμμετείχε στο κίνημα της Θεσσαλονίκης τον Αύγουστο του 1916 ως μέλος της τριανδρίας (Βενιζέλος-Δαγκλής-Κουντουριώτης). Τον Ιούνιο του 1917 ανέλαβε και πάλι το υπουργείο Ναυτικών όπου παρέμεινε μέχρι το Δεκέμβριο του 1919 οπότε αποστρατεύθηκε με το βαθμό του ναυάρχου. Ανέλαβε το αξίωμα του αντιβασιλέα δύο φορές (Οκτώβριος-Νοέμβριος 1920 και Δεκέμβριος 1923-Μάρτιος 1924) και του προσωρινού προέδρου της Δημοκρατίας. Επί δικτατορίας Παγκάλου υποχρεώθηκε να παραιτηθεί αλλά επανήλθε στη θέση του τον Αύγουστο του 1926 μετά την αποκατάσταση των κοινοβουλευτικών θεσμών (βλέπε επιστολές Θ.Πάγκαλου και Γ.Κονδύλη προς Κουντουριώτη). Εξελέγη Πρόεδρος της Δημοκρατίας τον Μάϊο του 1929 αλλά λίγους μήνες αργότερα παραιτήθηκε για λόγους υγείας και αποσύρθηκε από τη δημόσια ζωή. Αποπειράθηκαν να τον δολοφονήσουν δύο φορές τον Νοέμβριο του 1920 και τον Αύγουστο του 1926.
Παντρεύτηκε το 1889 την Αγγελική Πετροκόκκινου με την οποία απέκτησαν τρία παιδιά: τον Θεόδωρο, σύζυγο Ευφημίας Δ.Καλλέργη, την Λουκία, σύζυγο Αλέξανδρου Στεφάνου και την Δέσποινα, σύζυγο Εμμανουήλ Λαμπρινούδη. Όταν πέθανε η πρώτη του γυναίκα παντρεύτηκε σε δεύτερο γάμο την Ελένη Γερ.Κούππα.
Ο Παύλος Κουντουριώτης πέθανε στις 24 Αυγούστου 1935 στο Παλαιό Φάληρο και ενταφιάστηκε στην Ύδρα.