Το 1999, η Alpha Τράπεζα Πίστεως προέβη σε εξαγορά του 51% των μετοχών της Ιονικής Τράπεζας, πραγματοποιώντας τη μεγαλύτερη ιδιωτικοποίηση που είχε γίνει ποτέ στην Ελλάδα. Η συγχώνευση των δύο τραπεζικών ιδρυμάτων ολοκληρώθηκε το επόμενο έτος, ενώ το 2000 η νέα διευρυμένη Τράπεζα που προέκυψε ονομάστηκε Alpha Bank.

Την 1 Φεβρουαρίου 2013, σε συνέχεια σχετικής συμφωνίας που υπεγράφη την 16 Οκτωβρίου 2012, το σύνολο του μετοχικού κεφαλαίου της Εμπορικής Τράπεζας μεταβιβάσθηκε από την Crédit Agricole στην Alpha Bank, ενώ την 28 Ιουνίου του ίδιου έτους ολοκληρώθηκε η νομική συγχώνευση, δι’ απορροφήσεως της Εμπορικής Τράπεζας.