Η συλλογή περιέχει πρωτότυπα έγγραφα και χειρόγραφα που αφορούν, κυρίως, στην εκκλησιαστική, πολιτική και εσωτερική ιστορία των νησιών του Αιγαίου Πελάγους και άλλων ελληνικών χωρών τους χρόνους της Φραγκοκρατίας και της Τουρκοκρατίας, αντίγραφα και φωτογραφίες εγγράφων και χειρογράφων από αρχεία της Ευρώπης, της Ελλάδας και της Ανατολής, διάφορα χειρόγραφα και σημειώματα του ιστοριοδίφη καθώς και την αλληλογραφία του με διαπρεπείς Έλληνες και ξένους επιστήμονες.
Επίσης, περιλαμβάνει διάφορα φιρμάνια, μπουγιουρντί, ακτιναμέδες (ahitname) και άλλα έγγραφα, που αφορούν ποικίλες υποθέσεις των νησιών του Αιγαίου Πελάγους, όπως φορολογικές υποθέσεις, απόδοση ιλτιζάμ (iltizam) νήσων και εκμίσθωση δεκάτης, διενέξεις Φράγκων και Ρωμαίων, αποστολή ανδρών και υλικών για τις ανάγκες του αυτοκρατορικού στόλου, περί προστασίας ρωσικών εμπορικών πλοίων, περί μη καταπίεσης ραγιάδων, περί επίλυσης διαφορών ραγιάδων, κ.ά.

Ο κατάλογος της συλλογής διαιρείται σε εννιά (9) κεφάλαια:

1. Εκκλησιαστικά και μοναστηριακά (Πατριαρχεία Κωνσταντινουπόλεως, Ιεροσολύμων, Μητροπόλεις Αγαθοπόλεως, Αθηνών, Άρτης, Βάρνας, Ευρίπου, Εφέσου, Ηρακλείας, Ιωαννίνων, Καισαρείας, Μονεμβασίας, Σάμου, Τυρνόβου, Επισκοπές, Μονές, Μονύδρια, Ναοί)
2. Λατινική Εκκλησία των Νήσων,
3. Σχολικά (Κάσος, Μύκονος, Νάξος, Πάρος, Φολέγανδρος),
4. Κοινοτικά (Κέα, Μύκονος, Νάξος, Πάρος, Πάτμος, Σύρος, Φολέγανδρος),
5. Διοικητικά και Φορολογικά (Λατίνοι δυνάστες, Τουρκοκρατία-Νήσοι Αιγαίου, Άνδρος, Μύκονος, Νάξος, Πάρος, Σίκινος, Σύρος, Φολέγανδρος),
6. Ελληνικές Παροικίες του Εξωτερικού (Ανκόνα & Λιβόρνο),
7. Ιδιωτικά,
8. Διάφορα,
9. Χειρόγραφα
   και εντός των κεφαλαίων έγιναν μικρότερες υποδιαιρέσεις κατά γεωγραφικές ενότητες.

Αναλυτικότερα:
Κ36_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: χειρόγραφα 1-6
Κ37_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 1-43
Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 44-59,
Κ38_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 60-90
Κ39_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 91-110
Κ40_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 111-135
Κ41_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 136-155
Κ42_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 156-172
Κ43_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 173-185

Χάρτης στον οποίο απεικονίζεται η νήσος Κάσος, το νοτιότερο νησί των Δωδεκανήσων, κοντά στην Κάρπαθο και την Κρήτη, η νήσος Αρμαθιά και άλλα μικρότερα νησιά στα βορειοδυτικά της Κάσου. Στο κάτω μέρος του χάρτη απεικονίζεται η πρωτεύουσα του νησιού Φρυ (Όφρυς) με το ναυπηγείο της σε πρώτο πλάνο, στοιχείο που υπογραμμίζει τη μεγάλη ναυτική παράδοση και εμπορική δραστηριότητα του νησιού.

Το αρχείο περιλαμβάνει έγγραφα, αλληλογραφία, φωτογραφίες, περιοδικά και τοπικές εφημερίδες σχετικά με την ιστορία και διοίκηση των Δωδεκανήσων (ιδιαίτερα τη λειτουργία του Εθνικού Δωδεκανησιακού Συμβουλίου), καθώς επίσης και υλικό σχετικά με την ίδρυση της Ελληνικής Βιβλιογραφικής Εταιρείας. Μεγάλο ενδιαφέρον παρουσιάζει η πλούσια συλλογή εφημερίδων του Ν. Μαυρή που εκδίδονταν στην Ελλάδα και το εξωτερικό σχετικά με τα Δωδεκάνησα.

Στον κατάλογο αυτόν εντάσσεται το μεγαλύτερο τμήμα της αλληλογραφίας του Ν. Μαυρή, προσωπικής και επαγγελματικής καθώς και ένα τμήμα της βιβλιογραφικής, ερευνητικής δουλειάς και των ενδιαφερόντων του. Το υλικό έχει χωρισθεί σε δεκατρείς (13) ενότητες, που διαιρούνται σε φακέλους.

Σημείωση: Στις ενότητες όπου υπάρχει αλληλογραφία ταξινομημένη και θεματικά και αλφαβητικά, ο ερευνητής θα πρέπει να ελέγχει και τους θεματικά ταξινομημένους φακέλλους αλλά και εκείνους που περιέχουν αλληλογραφία με αλφαβητική ταξινόμηση για τον εντοπισμό συγκεκριμένου επιστολογράφου.