Το Κέντρο Μικρασιατικών Σπουδών δημιουργήθηκε όταν, με την καταστροφή του 1922, έγινε κοινή συνείδηση στην ελληνική κοινωνία η ανάγκη αποτύπωσης του πολιτισμού και της ιστορίας των μικρασιατικών κοιτίδων του προσφυγικού πληθυσμού που συνέρρευσε στην Ελλάδα με την ανταλλαγή των πληθυσμών.

Τότε, η μουσικολόγος Μέλπω Λογοθέτη-Μερλιέ και ο σύζυγός της ελληνιστής Οκτάβιος Μερλιέ τέθηκαν επικεφαλής μιας κίνησης για τη διάσωση της πρόσφατης μικρασιατικής ιστορίας. Η επιστημονική έρευνα αρχίζει κατά το μεσοπόλεμο με καταγραφές δημοτικών τραγουδιών σε πανελλαδική κλίμακα: η μουσική συνιστά τον αρχικό πυρήνα. Γι’ αυτό και στην πρώιμη μορφή του αποκαλείται Μουσικό Λαογραφικό Αρχείο (1930-1933) και φέρει διαδοχικές επωνυμίες. Όταν το ίδρυμα διευρύνει τους ορίζοντές του και περνά από τη λαογραφία στην ιστορία, μεταπολεμικά, οριστικοποιεί μορφή, θέμα και περιεχόμενο ερευνητικών στόχων και τότε ονομάζεται "Κέντρο Μικρασιατικών Σπουδών – Ίδρυμα Μέλπως και Οκτάβιου Μερλιέ".

Έως το 1962, η ιδιότητα του Οκτάβιου Μερλιέ ως διευθυντή του Γαλλικού Ινστιτούτου υπήρξε καθοριστική για τη συνεργασία του Κέντρου Μικρασιατικών Σπουδών με το γαλλικό κράτος, το οποίο στάθηκε ουσιαστικός αρωγός στο εκδοτικό έργο και στην επιστημονική του αποστολή.

Από το 1962, το Κέντρο, ως Νομικό Πρόσωπο Ιδιωτικού Δικαίου, εποπτεύεται και χρηματοδοτείται από το Υπουργείο Πολιτισμού.