Με το Ν. 3200/1955 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 97/23-04-1955) περί Διοικητικής Αποκέντρωσης καταργούνται όλες οι Γενικές Διοικήσεις και ανασυστήνονται οι Νομαρχίες.

Η Γενική Διοίκηση Βορείου Ελλάδος μετατρέπεται σε Υπουργείο Βόρειας Ελλάδας με έδρα τη Θεσσαλονίκη. Με το Ν.Δ. 1/1968 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 270/21-11-1968) περί Υπουργικού Συμβουλίου και Υπουργείων, το Υπουργείο Βορείου Ελλάδος συμμετέχει στο Συμβούλιο Εθνικής Πολιτικής.

Με το Ν.Δ. 209/1969 (τεύχος Α΄ ΦΕΚ 110/12-06-1969) το Υπουργείο αποκτά πέντε Διευθύνσεις, Γραφείο Υπουργού, και Γενική Γραμματεία.

Με το Ν.Δ. 957/1971 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 166/25-08-1971) το Υπουργείο Βορείου Ελλάδας καταργείται και οι αρμοδιότητές του μεταβιβάζονται κατά τόπον στις νεοσύστατες περιφερειακές διοικήσεις Κεντρικής, Δυτικής και Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης, ενώ το προσωπικό μεταφέρεται με μετάταξη στο Υπουργείο Εσωτερικών.

Με το Ν.Δ. 192/1974 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 348/20-11-1974) επανιδρύεται το Υπουργείο Βορείου Ελλάδος, στο οποίο λειτουργούν οι κάτωθι υπηρεσίες:

1. Ιδιαίτερο Γραφείο του Υπουργού
2. Υπηρεσία Πολιτικών Υποθέσεων
3. Νομικό Γραφείο
4. Γραφείο Πληροφοριών και Δημοσίων Σχέσεων
5. Γραφείο Νομικού Συμβούλου του Κράτους
6. Υπηρεσία Παρέδρου του Ελεγκτικού Συνεδρίου.

Με το Π.Δ. 58/1975 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 21/14-02-1975) περί οργανώσεως και λειτουργίας του Υπουργείου Βορείου Ελλάδος, η Οργάνωση του Υπουργείου Βορείου Ελλάδος συνίσταται από:
Το ιδιαίτερο Γραφείο Υπουργού

2. Την υπηρεσία Πολιτικών Υποθέσεων
3. Το γραφείο Πληροφοριών και Δημοσίων Σχέσεων
4. Το γραφείο Νομικού Συμβούλου του Κράτους
5. Την υπηρεσία Παρέδρου του Ελεγκτικού Συνεδρίου
6. Την υπηρεσία Εντελλομένων Εξόδων
7. Τη Διοικητική Μέριμνα (μεταφορά θέσεων από το Υπουργείο Εσωτερικών).

Με το Ν. 1558/1985 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 137/26-07-1985) συστήνεται Κυβερνητικό Συμβούλιο Εξωτερικής Πολιτικής και Εθνικής Άμυνας (ΚΥΣΕΑ), στο οποίο συμμετέχει και ο Υπουργός Βόρειας Ελλάδας.

Με το Π.Δ. 358/1986 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 158/10-10-1986) επανακαθορίζονται οι αρμοδιότητες του Υπουργείου και με το Π.Δ. 92/1987 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 51/16-04-1987) συστήνεται ο πρώτος Οργανισμός του Υπουργείου Βόρειας Ελλάδας.

Με την Υ.Α. 704/1988 (Τεύχος Β΄ ΦΕΚ 575/19-08-1988) γίνεται η μετονομασία του Υπουργείου Βόρειας Ελλάδας σε Υπουργείο Μακεδονίας – Θράκης, χωρίς καμία αλλαγή στο σκοπό και τη διάρθρωσή του.