Το αρχείο αντιστοιχεί στα έξι τμήματα του Υπουργείου: 1) Τμήμα Διοικητικό, 2) Τμήμα Δημοτικό, 3) Τμήμα Υγειονομικό, 4) Τμήμα Δημόσιας Οικονομίας, 5) Τμήμα Δημοσίων έργων, 6) Τμήμα Λογιστικό. Αποτελείται από 51 σειρές και 182 υποσειρές, οι οποίες καλύπτουν τα εξής θέματα/αρμοδιότητες: Προσωπικό Υπουργείων και Νομαρχιών, Δημόσια ασφάλεια, Δημεγερσίες, Αμνηστίες, πρόσφυγες, λιποτάκτες, Στρατολογικά, Πολιτογραφήσεις, Επικουρίες και αμοιβές, συντάξεις χηρών και ορφανών, Καθολικοί δημοτικοί κανονισμοί, Δημοτικά και επαρχιακά, Δημόσια υγεία, Στατιστικά, απογραφές, Αρχαιότητες-Μνημεία-Υλοτομία, Επιστημονικές συλλογές, Δημητριακοί καρποί-απόπλοι, κατάπλοι, Κτηματολόγιο-Διαφιλονικούμενα κτήματα, Τοπογραφικοί χάρτες, χρηματικές προκαταβολές, χρηματικές τράπεζες, Ταχυδρομεία- ταχυδρομικά τέλη-ατμοπλοΐα-τηλεγραφεία, Συνοικισμοί-Μετοικεσίες-Αποικίες, Εμπόριο-Ναυτιλία, Εταιρείες και σύλλογοι, Φορολογικά, Βιομηχανία-Γεωργία-Αγρονομία-Δενδροκομία-Θεατρικά, Εθνικά-Εκκλησιαστικά-Ιδιωτικά κτήματα, Λαχεία-μέτρα και σταθμά, Γραφείο δημόσιας οικονομίας και μηχανικός κλάδος, Δημόσια έργα: Προικοδοτήσεις-υπηρεσία γεωμετρών-μισθοί και έξοδα μηχανικού, Σχεδιαγραφήσεις πόλεων-κωμών, Οδοποιία, Γεφυροποιία, λιμένες -φάροι - προκυμαίες, Υδραυλικά έργα: Φωτισμός- καθαριότητα πόλεων - λίμνες - έλη-πεδιάδες - ποταμοί, Δημόσια έργα.