Ο Γεώργιος Κουντουργιώτης γεννήθηκε το 1782 και ήταν γιος του Αναγνώστη Κουντουργιώτη από την Ύδρα. Αναμείχτηκε ενεργά στα δημόσια πράγματα τόσο κατά τη διάρκεια του αγώνα, όσο και κατά την πρώτη περίοδο του ελεύθερου ελληνικού κράτους.

Πήρε μέρος στη Β΄ Εθνοσυνέλευση του Άστρους (1823) και διορίστηκε Πρόεδρος του Εκτελεστικού Σώματος, θέση στην οποία παρέμεινε σε όλη τη διάρκεια του εμφυλίου πολέμου (1823-24). Στον εμφύλιο συγκρούστηκε με τον Κολοκοτρώνη και τους άλλους στρατιωτικούς τού αντίπαλου στρατοπέδου, γεγονός που έφερε βαρύτατο πλήγμα στον αγώνα.

Στις αρχές του 1825 το Βουλευτικό Σώμα του ανέθεσε την ευθύνη των επιχειρήσεων κατά του Ιμπραήμ, αλλά η απειρία του τον οδήγησε σε αποτυχίες και τελικά σε παραίτηση.

Στη συνέλευση της Τροιζήνας (1826) δεν υποστήριξε την εκλογή του Καποδίστρια, ως Κυβερνήτη της Ελλάδας, και αργότερα άσκησε έντονη αντιπολιτευτική δράση εναντίον του.

Επί Όθωνα χρημάτισε Γερουσιαστής, Σύμβουλος της Επικρατείας, Πρόεδρος του Υπουργικού Συμβουλίου, Υπουργός Ναυτικών και Πρόεδρος της Κυβέρνησης Κουντουριώτη, η οποία σχηματίστηκε στις 8 Μαρτίου 1848 αλλά, επειδή δεν μπόρεσε να ελέγξει τα εσωτερικά και εξωτερικά προβλήματα της χώρας, αντικαταστάθηκε από κυβέρνηση με Πρόεδρο τον Κωνσταντίνο Κανάρη, στις 15 Οκτωβρίου 1848.

Στα υπόλοιπα χρόνια της ζωής του ελάχιστα αναμείχθηκε με την πολιτική, έμεινε όμως αφοσιωμένος στον Όθωνα. Πέθανε στην Ύδρα στις 9 Απριλίου 1858.