Η γενική αρμοδιότητα του δημοσιονομικού ελέγχου των ΝΠΔΔ και η ύπαρξη ιδιαίτερης Διεύθυνσης στο Γενικό Λογιστήριο του Κράτους για την εξυπηρέτησή της ανάγεται στη δεκαετία του 1930 (1936), όταν συστάθηκε η VI Διεύθυνση Λογαριασμών ΝΠΔΔ. Η Διεύθυνση με την ίδια ονομασία και με διαφορετική αρίθμηση υπήρξε μέχρι το 1988 (τελευταία ονομασία του 1977 ήταν Δ19 Διεύθυνση ΝΠΔΔ.
Το 1988 η Διεύθυνση ΝΠΔΔ εντάχθηκε ως Τμήμα Προϋπολογισμών και Εποπτείας ΝΠΔΔ στη Διεύθυνση Δ20 Προϋπολογισμού του Γενικού Λογιστηρίου του Κράτους. Το Τμήμα αποτελούνταν από το Γραφείο Προϋπολογισμών, αρμόδιο για την έγκριση προϋπολογισμών, απολογισμών και ισολογισμών των ΝΠΔΔ, και το Γραφείο Οικονομικής Εποπτείας, το οποίο ασκούσε την οικονομική εποπτεία των ΝΠΔΔ, επεξεργαζόταν σχετικές κανονιστικές πράξεις και νομοθετήματα και παρακολουθούσε ζητήματα ασφαλιστικών ταμείων και εποπτευόμενων φορέων του ΓΛΚ.
Η Διεύθυνση επανασυστάθηκε με το ΠΔ 79 της 16/21 Μαρτίου 1990 «Τροποποίηση διατάξεων των Π.Δ. 284/1988 "Οργανισμός Υπουργείου Οικονομικών (Α 128) και 551/1988 "Οργανισμός Νομαρχιών (Οργάνωση Οικονομικών Υπηρεσιών) (Α' 259)» (ΦΕΚ Α' 37). Με αυτό συστάθηκε Διεύθυνση Νομικών Προσώπων Δημοσίου Δικαίου (ΝΠΔΔ) στην οποία περιέρχονταν οι αρμοδιότητες του Δ' Τμήματος Προϋπολογισμών και Εποπτείας ΝΠΔΔ της Δ20 Διεύθυνσης Προϋπολογισμού. Η Διεύθυνση διαρθρωνόταν στα παρακάτω Τμήματα: Τμήμα Οικονομικής Εποπτείας και Γενικών Θεμάτων ΝΠΔΔ και Επεξεργασίας σχεδίων προεδρικών διαταγμάτων και Κανονιστικών Πράξεων και
Τμήμα Έγκρισης Προϋπολογισμών Ν.Π.Δ.Δ. Απολογισμών και Ισολογισμών, ως και Επεξεργασίας σχεδίων προεδρικών διαταγμάτων και Κανονιστικών Πράξεων.

Το 1993 με το αρ.27, παρ.22 του Ν 2166 της 24/27 Αυγούστου 1993 «Κίνητρα ανάπτυξης επιχειρήσεων διαρρυθμίσεις στην έμμεση και άμεση φορολογία και άλλες διατάξεις» (ΦΕΚ Α΄ 137), προβλέφθηκε η αποστολή από τα ΝΠΔΔ σε τακτική βάση δελτίων όπου θα εμφαίνονται στοιχεία προϋπολογισμού, ισολογισμού και απολογισμού. Για το λόγο αυτό συστάθηκε τρίτο Τμήμα στην Δ39 με αρμοδιότητες:
α) Συγκέντρωση και επεξεργασία οικονομικών στοιχείων καθώς και λοιπών στοιχείων, των Ν.Π.Δ.Δ., Ο.Τ.Α., Δ.Ε.Κ.Ο. και Ν.Π.Ι.Δ. που επιχορηγούνται από τον Κρατικό Προϋπολογισμό ή έχουν κοινωνικούς πόρους ή δανειοδοτούνται με την εγγύηση του Ελληνικού Δημοσίου (ν. 2166/93, αρ.27, παρ.22), σύμφωνα με τη διαδικασία που ορίζεται στην ΚΥΑ 2024530/489/0094/14-4-1994.
β) Τον έλεγχο των Προϋπολογισμών και Απολογισμών των Ειδικών Λογαριασμών Κονδυλίων Έρευνας (ν. 3697/2008).
Με το άρθρο 5 παρ. 11 του Ν. 4047 της 22/23 Φεβρουαρίου 2012 οι Δ 20 Διεύθυνση Προϋπολογισμού και η Δ39 Διεύθυνση Φορέων Γενικής Κυβέρνησης ενοποιήθηκαν εκ νέου με το όνομα Διεύθυνση Προϋπολογισμού Γενικής Κυβέρνησης.