Η ταξινόμηση ακολουθεί την αρχική ταξινόμηση που είχε κάνει ο ίδιος ο Ευαγγέλου και διατήρησε ο Θανάσης Μαρκόπουλος, ο οποίος χρησιμοποίησε το αρχείο για να εκπονήσει διδακτορική διατριβή για τον Ευαγγέλου και συνέταξε αναλυτικό κατάλογο των περιεχομένων του. Η καταλογογράφηση και η περιγραφή του Μαρκόπουλου έγινε ανά τεκμήριο. Ο Μαρκόπουλος έδωσε μοναδικό κωδικό σε κάθε τεκμήριο.
Η ταξινόμηση αυτή παρουσιάζει ορισμένα προβλήματα συνοχής. Αυτά εμφανίζονται κυρίως στον φάκελο 2, ο οποίος περιλαμβάνει υλικό που θα μπορούσε να ταξινομηθεί θεματικά (δημοσιεύματα σχετικά με τον Ευαγγέλου, δημοσιεύματα, επιστολές, κείμενα και συνεντεύξεις του Ευαγγέλου, μεταφράσεις ποιημάτων, εισερχόμενη αλληλογραφία, τετράδιο με αντιγραφές ποιημάτων τρίτων, κ.ά.). Προβλήματα παρουσιάζουν ακόμη ο φάκελος 7 που περιέχει αντίγραφα επιστολών του Ευαγγέλου, καθώς δεν έχει ούτε χρονολογική ούτε αλφαβητική τάξη, καθώς και ο φάκελος 9, ο οποίος δεν έχει κάποια ευδιάκριτη συνοχή.
Στο αρχείο έχει προστεθεί υλικό που δεν καταλογογραφήθηκε από τον Μαρκόπουλο. Το υλικό αυτό περιέχει δακτυλόγραφες ποιητικές συλλογές, μαθητικά τετράδια, δημοσιεύματα που συγκέντρωνε ο Ευαγγέλου για το έργο του και για διάφορα θέματα, προσχέδια της συγκεντρωτικής έκδοσης των ποιημάτων του, υλικό σχετικά με τη Λέσχη Γραμμάτων και Τεχνών Βορείου Ελλάδος, βιβλία αντιγραφής επιστολών, εισερχόμενη αλληλογραφία (κυρίως λογοτεχνών, αρκετοί εκ των οποίων συναντώνται και στο ταξινομημένο κομμάτι του αρχείου).

Μία εκ νέου ταξινόμηση του αρχείου θα αντιμετώπιζε τόσο τις θεματικές αλληλεπικαλύψεις όσο και την προσθήκη αταξινόμητου υλικού αλλά θα είχε ως αποτέλεσμα τη μετακίνηση τεκμηρίων και την ακύρωση της αναλυτικότατης καταλογογράφησης του Μαρκόπουλου. Για τον λόγο αυτό στην παρούσα φάση επιλέχθηκε η διατήρηση της υπάρχουσας ταξινόμησης. Το αταξινόμητο υλικό εντάχθηκε σε καινούριους υποφακέλους (π.χ. υποφ. Ι.α ή ΙΙ.9). Η περιγραφή μας είναι συνοπτική καθώς μαζί με το αρχείο υπάρχει και η περιγραφή του Μαρκόπουλου, η οποία είναι διαθέσιμη και ηλεκτρονικά στη διεύθυνση: http://www.didaktorika.gr/eadd/handle/10442/13510

Στην παρούσα περιγραφή τα ονόματα των φακέλων και των υποφακέλων που τοποθετούνται μέσα σε εισαγωγικά είναι αυτά που χρησιμοποιούνται από τον Μαρκόπουλο στην ταξινόμησή του. Τα υπόλοιπα δόθηκαν τώρα.

Διάγραμμα ταξινόμησης:

Φάκελος 1 «ΑΥΤΟΤΕΛΕΙΣ ΕΚΔΟΣΕΙΣ» (1960-1995)
Φάκελος 1α ΑΥΤΟΤΕΛΕΙΣ ΕΚΔΟΣΕΙΣ, ΜΕΤΑΦΡΑΣΕΙΣ (1996-2010)
Φάκελος 2 «ΚΕΙΜΕΝΑ ΤΟΥ ΑΝΕΣΤΗ ΕΥΑΓΓΕΛΟΥ» (1966-1994)
Φάκελος 3 «ΜΑΓΝΗΤΟΤΑΙΝΙΕΣ ΚΑΙ ΒΙΝΤΕΟΤΑΙΝΙΕΣ» (1976-2011)
Φάκελος 4 «Η ΚΡΙΤΙΚΗ ΓΙΑ ΤΟΝ ΑΝΕΣΤΗ ΕΥΑΓΓΕΛΟΥ» (1960-2009)
Φάκελος 5 «ΣΤΟΙΧΕΙΑ ΓΙΑ ΤΟΥΣ ΠΟΙΗΤΕΣ ΤΗΣ ΑΝΘΟΛΟΓΙΑΣ» (1952-1992)
Φάκελος 6 «ΤΥΠΟΓΡΑΦΙΚΑ ΔΟΚΙΜΙΑ ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΝΘΟΛΟΓΙΑ» (1974-1993)
Φάκελος 6α ΤΥΠΟΓΡΑΦΙΚΑ ΔΟΚΙΜΙΑ ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΝΘΟΛΟΓΙΑ
Φάκελος 7 «ΑΝΤΙΓΡΑΦΑ ΕΠΙΣΤΟΛΩΝ ΤΟΥ ΑΝΕΣΤΗ ΕΥΑΓΓΕΛΟΥ» (1960-1992)
Φάκελος 8 «ΕΠΙΣΤΟΛΕΣ ΑΛΛΩΝ» (1960-1995)
Φάκελος 8α ΕΠΙΣΤΟΛΕΣ ΠΟΥ ΕΛΑΒΕ Η ΝΤΙΝΑ ΠΑΠΑΔΟΠΟΥΛΟΥ ΜΕΤΑ ΤΟΝ ΘΑΝΑΤΟ ΤΟΥ ΕΥΑΓΓΕΛΟΥ (1995-2007)
Φάκελος 9 «ΑΝΤΙΓΡΑΦΑ ΕΠΙΣΤΟΛΩΝ ΤΟΥ ΑΝΕΣΤΗ ΕΥΑΓΓΕΛΟΥ, ΕΠΙΣΤΟΛΕΣ ΑΛΛΩΝ, ΣΗΜΕΙΩΜΑΤΑ ΚΑΙ ΑΠΟΚΟΜΜΑΤΑ ΕΦΗΜΕΡΙΔΩΝ» (1952-1994)
Φάκελος 10 ΠΡΟΣΩΠΙΚΑ, ΦΩΤΟΓΡΑΦΙΕΣ, ΛΕΣΧΗ ΓΡΑΜΜΑΤΩΝ ΚΑΙ ΤΕΧΝΩΝ ΒΟΡΕΙΟΥ ΕΛΛΑΔΟΣ, ΔΙΑΦΟΡΑ (1921-1982)
Φάκελος 11 ΔΙΑΤΡΙΒΗ ΘΑΝΑΣΗ ΜΑΡΚΟΠΟΥΛΟΥ (2000)