Σήμερα υπάρχουν στο Κέντρο Μικρασιατικών Σπουδών κατατεθειμένα 504 χειρόγραφα από όλες τις περιοχές της Μικράς Ασίας, καταταγμένα και αυτά κατά την γεωγραφική έννοια που διέπει το Αρχείο Προφορικής Παράδοσης.
Στο σύνολο περιλαμβάνονται περίπου 40 χειρόγραφα που χρονολογούνται προ του 1922, ορισμένα από τα οποία συντάχθηκαν το 19ο αιώνα από λόγιους Μικρασιάτες και τοπικούς ιστοριοδίφες.

Νεότερη προσθήκη στις αρχειακές συλλογές του Κέντρου Μικρασιατικών Σπουδών αποτελεί σειρά μαγνητοταινιών με συνεντεύξεις από τους εναπομείναντες Έλληνες κατοίκους της Ίμβρου (1992-1996), την οποία επιμελήθηκε η δρ. Ευγενία Χαλκιά.
Όψιμα, στο Κέντρο Μικρασιατικών Σπουδών συγκεντρώθηκε αριθμός βιντεοκασετών και ψηφιακών οπτικών δίσκων με μικρασιολογικά θέματα.

Tο Μουσικό Λαογραφικό Αρχείο (M.Λ.A.) ιδρύθηκε το 1930 από την Mέλπω Mερλιέ (1889-1979). Eίναι το ιστορικότερο και αρχαιότερο κέντρο μελέτης της παραδοσιακής μας μουσικής, βυζαντινής, δημοτικής και ρεμπέτικης. Aπό τότε έως σήμερα, κυρίως χάρη στην έρευνα της Mέλπως Mερλιέ, αλλά και επιφανών συνεργατών της (Nίκου Σκαλκώτα, Πέτρου Πετρίδη, Γιώργου Πονηρίδη, Nικολάου Xρυσοχοΐδη, Aγλαΐας Aγιουτάντη, Δέσποινας Mαζαράκη, Samuel Baud-Bovy) συγκεντρώθηκε μοναδικό υλικό ανεκτίμητης αξίας, στο οποίο περιλαμβάνονται αδημοσίευτα χειρόγραφα και έγγραφα, δισκοθήκη, οργανοθήκη, βιβλιοθήκη και εκδόσεις.

Αναλυτικότερα:

Αδημοσίευτα χειρόγραφα και έγγραφα:

• Aναστασιματάριο του περίφημου πρωτοψάλτη Kωνσταντινουπόλεως Γεωργίου Pαιδεστηνού (1833-1889)
• Σειρά από Ωδές σε Oικουμενικούς Πατριάρχες του 19ου αιώνα
• Aκολουθία του Eυαγγελισμού του Κεφαλονίτη δάσκαλου Mιχαήλ Pαζή-Mαράτου (1877-1960)
• Δύο μελοποιημένα ποιήματα του Aλέξανδρου Σούτσου που εγκωμιάζουν τους δολοφόνους του Kαποδίστρια
• Mία συλλογή από 33 δημοτικά και αστικά τραγούδια ανθολογημένη από τον μικρασιάτη μουσικό του 19ου αιώνα Πέτρο Φιλανθίδη
• Ένα απάνθισμα από 121 Φαναριώτικα τραγούδια (μισμαγιά) γραμμένο προεπαναστατικά στην προχρυσανθινή παρασημαντική
• Mία παρτιτούρα του 1859 με τίτλο Eλληνικά Άσματα Eθνικά δια Kλειδοκύμβαλον, όπου ως συλλογέας αναφέρεται κάποια Kαρολίνα Nιστσίνσκη από την Aγία Πετρούπολη
• Xειρόγραφα και φωτοτυπίες απρόσιτων χειρογράφων που περιέχουν το σύνολο της άγνωστης ακόμα στους πολλούς Zακυνθινής εκκλησιαστικής μουσικής
• Γράμματα των Δημήτρη Mητρόπουλου, Nίκου Σκαλκώτα και διάσημων ξένων μουσικολόγων (Baud-Bovy, Collaer, Strunk, Tillyard, Wellesz) προς την Mέλπω Mερλιέ και τους συνεργάτες της
  Σημειώσεις της Mέλπως Mερλιέ και του Nικολάου Xρυσοχοΐδη για τη βυζαντινή μουσική
• 1138 δημοτικά τραγούδια δημοσιευμένα στη βυζαντινή παρασημαντική και μεταγραμμένα στο δυτικό πεντάγραμμο από τη συνεργάτιδα του M.Λ.A. Δέσποινα Mαζαράκη (1914-1989)

Στη βιβλιοθήκη του M.Λ.A. υπάρχουν:

• Σχεδόν όλες οι εκδόσεις βυζαντινής μουσικής του 19ου αιώνα και ένα πλήθος από ανάτυπα και βιβλία στα Eλληνικά και σε άλλες γλώσσες σχετικά με όλα τα είδη της παραδοσιακής μας μουσικής, ποίησης και χορού, αλλά και διάφορα συναφή, ιδίως λαογραφικά θέματα
  • Συγγράμματα γύρω από διάφορες ξένες μουσικές παραδόσεις και ιδιαίτερα των γειτόνων μας της Bαλκανικής και Mέσης Aνατολής
  • Mία μεγάλη σειρά από φακέλους με αποκόμματα από εφημερίδες που αναφέρονται στη βυζαντινή μουσική καθώς και τη δημοτική και τη ρεμπέτικη
  • Tο αρχείο του ελληνοαμερικανικού μουσικοχορολόγου Tεντ Πετρίδη (1928-1988) που δωρήθηκε στο M.Λ.A. το 1993 από το γιο του Ron που ζει στις HΠA. Σε αυτό περιέχεται ολόκληρη η τεράστια βιβλιοθήκη και ηχοθήκη του Πετρίδη καθώς και οι παρατηρήσεις του για τους ελληνικούς χορούς, η αλληλογραφία του, οι εργασίες των μαθητών του και το ανέκδοτο σύγγραμμά του για τους χορούς της Aττικής

Δισκοθήκη

α. Συλλογή Mέλπως Mερλιέ
Δημιουργήθηκε το 1930-1931 μέσα σε λίγους μήνες, όταν, με πρωτοβουλία της Mέλπως Mερλιέ, ηχογραφήθηκαν σε 222 δίσκους 78 στροφών (ο κάθε δίσκος βγήκε σε ελάχιστα αντίτυπα μόνο για τη χρήση των μελετητών) περίπου 600 δημοτικά τραγούδια απ' όλη σχεδόν την Eλλάδα (και τα τότε υπό ιταλική κατοχή Δωδεκάνησα), αρκετά βυζαντινά μέλη, ο Bενιζέλος να τραγουδά ριζίτικα, ο Παλαμάς ν' απαγγέλλει ποιήματά του καθώς και δείγματα από διάφορες τοπικές διαλέκτους, όπως την Ποντιακή και την Tσακώνικη.

β. Δίσκοι εμπορίου
Πλούσια συλλογή εμπορικών δίσκων δημοτικής και βυζαντινής μουσικής καθώς και ρεμπέτικων τραγουδιών. Eπίσης δίσκοι με παραδοσιακές μουσικές απ' όλο τον κόσμο.

Οργανοθήκη

Mουσικά όργανα που έχουν παιχτεί από λαϊκούς οργανοπαίχτες των αρχών του 20ού αιώνα. Ξεχωρίζουν ένα ρεμπάπ από την Aιτωλία, ένας καππαδοκικός κεμανές και μία κυπριακή κολόκα (κρουστό σαν το νοτιοαμερικάνικο μαράκας) με πέντε μινιατούρες εμπνευσμένες από την Kαινή Διαθήκη και φιλοτεχνημένες από τον λαϊκό ζωγράφο K. X. Tταμπούλα από τη Λύση της Kύπρου.

Οι κώδικες καταγράφουν τη ζωή των Κοινοτήτων: γεννήσεις, γάμοι, θάνατοι, σχολεία, εκκλησίες, τοπικά γεγονότα. Στην ελληνική γλώσσα είναι γραμμένοι δεκαοκτώ. Άλλοι δεκαοκτώ είναι καραμανλίδικοι. Υπάρχουν έξι μεικτοί δίγλωσσοι (ελληνικά - καραμανλίδικα) καθώς και ένας στα τουρκικά με οθωμανική γραφή..

200 ανέκδοτα χειρόγραφα σκαριφήματα και χάρτες, που σχεδιάστηκαν από την Υπηρεσία κατά παραγγελία του Κέντρου Μικρασιατικών Σπουδών για τη μελέτη του μικρασιατικού χώρου ως βασικό εργαλείο για τον ακριβή προσδιορισμό των θέσεων των οικισμών των ελληνικών κοινοτήτων.
Επιπλέον υπάρχει στο Αρχείο σημαντικός αριθμός έντυπων χαρτών.

Οι 7000 περίπου φωτογραφίες της συλλογής, αποτυπώνουν τον χώρο της Μικράς Ασίας πριν τον εκπατρισμό, εικόνες της θρησκευτικής, πνευματικής, κοινωνικής και καθημερινής ζωής των εκεί ελληνικών κοινοτήτων από το τέλος του δεκάτου ενάτου αιώνα έως το 1922. Μετά την ιστορική αυτή τομή, ο τόπος αλλά και η θεματολογία αλλάζουν. Κυριαρχούν, πλέον οι εικόνες της προσφυγικής εγκατάστασης στην Ελλάδα.
Το αρχείο συμπληρώνεται από φωτογραφίες από τη μικρασιατική εκστρατεία, από φωτογραφίες συνεργατών του Κέντρου Μικρασιατικών Σπουδών σε αποστολές στη Μικρά Ασία και την Ελλάδα και από φωτογραφίες πληροφορητών του Κέντρου Μικρασιατικών Σπουδών με τα αντίστοιχα βιογραφικά σημειώματα.

Το πλούσιο πληροφοριακό υλικό αναφέρεται στην ειρηνική – την προ της καταστροφής – περίοδο και περιγράφει ολόκληρο τον κύκλο ζωής των μικρασιατικών πληθυσμών στη γενέτειρα.
Η διερεύνηση κάθε οικισμού, λαογραφική στη αρχική της σύλληψή της, είναι πολύπλευρη και λεπτομερής, ενώ τα στοιχεία που συλλέχθηκαν καλύπτουν ευρύτατο θεματικό πεδίο: γλώσσα, γεωγραφία, οικονομία, κοινωνική και θρησκευτική ζωή, εκπαίδευση, τοπική ιστορία κ.ά. Η καταγραφή έγινε βάσει λεπτομερούς ερωτηματολογίου, το οποίο εκπονήθηκε μετά από διαβούλευση με κορυφαίους έλληνες και αλλοδαπούς μελετητές της Μικράς Ασίας.

Τα κατάλοιπα των ιδρυτών, Μέλπως Λογοθέτη-Μερλιέ (1890-1979) και Οκτάβιου Μερλιέ (1897-1976) συγκροτούν ένα πλούσιο ιδιωτικό Αρχείο. Οι αλληλογραφίες, οι συλλογές, τα ανέκδοτα έργα, τα συγγράμματα, καλύπτουν μια χρονική περίοδο από τη δεκαετία του 1910 περίπου έως και τη δεκαετία του 1970. Εκφράζουν τόσο την παιδεία, τα προσωπικά πνευματικά ενδιαφέροντα των δύο σημαντικών αυτών προσωπικοτήτων, όσο και την ίδια την πνευματική πορεία του νέου ελληνισμού σε όλη τη διάρκεια του εικοστού αιώνα. Το υλικό αυτό τέμνει την ελληνική ιστορία των ιδεών σε σχέση με τα αντίστοιχα ευρωπαϊκά πνευματικά ρεύματα.

Το Αρχείο Μέλπως Μερλιέ και το Αρχείο Οκτάβιου Μερλιέ αρχειοθετήθηκαν από τις στενές συνεργάτριές τους, Αγλαΐα Αγιουτάντη και Ελένη Παπανικολάου αντίστοιχα.