Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: πρωτόκολλα εισερχομένων εγγράφων και βιβλία παραδόσεως αλληλογραφίας, έγγραφα αλληλογραφίας Λιμεναρχείου Νεάπολης Βοιών με το Λιμενικό Τμήμα Κυθήρων, το Α΄ Λιμενικό Τμήμα Παλαιάς Μονεμβασίας, το Κεντρικό Λιμεναρχείο Καλαμάτας, το Υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης, τη Διεύθυνση Αλιευτικών Εφαρμογών και Εισροών Αλιευτικής Παραγωγής και το Τμήμα Αλιείας Νομαρχιακής Αυτοδιοίκησης Λακωνίας
Β. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: καταστάσεις θαλαμηγών και ιστιοφόρων, πίνακες εγγραφής στα λεμβολόγια, πίνακες προσεγγίσεων κρουαζιερόπλοιων, έγγραφα περί μεταλεμβολογήσεων επαγγελματικών και ερασιτεχνικών σκαφών, στατιστικά στοιχεία μικρών σκαφών, έγγραφα ελέγχων σε ταχύπλοα σκάφη και θαλάσσια μέσα αναψυχής, πίνακες εκδόσεως αδειών πλοών ερασιτεχνικών σκαφών, άδειες διάλυσης σκαφών, έγγραφα περί επενδυτικών σχεδίων κατασκευής νέων σκαφών
Γ. Στοιχεία Αλιείας: άδειες αλιείας, πίνακες και βιβλία εκδόσεως αδειών αλιείας, δελτία αλιευτικής δραστηριότητας, εκθέσεις αλιευτικών επιθεωρήσεων, έγγραφα περί ένταξης σκαφών με αλιευτικό εργαλείο σε μέτρο, έγγραφα περί αλιείας μεγάλων πελαγικών ψαριών και τόνου
Δ. Στοιχεία Νομοθεσίας - Παραβάσεων - Προστίμων: δικαιολογητικά περί εφαρμογής της ΚΥΑ 811.1/41/2009, έγγραφα περί ελέγχων και προστίμων καπνίσματος, ελέγχου της κυκλοφορίας φορτηγών οχημάτων στις χερσαίες ζώνες λιμένων, εθνικού προγράμματος καταπολέμησης της φοροδιαφυγής.