Η Διεύθυνση Ελέγχου Τελωνειακών Αρχών (ΔΙ.Ε.Τ.Α.) συστάθηκε με το προεδρικό διάταγμα υπ’ αριθ. 114 της 30 Μαρτ./2 Απρ. 1990 (ΦΕΚ Α΄ 48) ως Ειδική Αποκεντρωμένη Υπηρεσία. Με το διάταγμα αυτό η ΔΙ.Ε.Τ.Α. υπάγεται στον Υπουργό Οικονομικών και εποπτεύεται από την Κεντρική Υπηρεσία του Υπουργείου μέσω της Διεύθυνσης Ελέγχων Τελωνείων και της Ειδικής Επιθεώρησης Τελωνείων Αθηνών (Τμήμα Ε΄ Επιθεώρησης ΔΙ.Π.Ε.Α. και ΔΙ.Ε.Τ.Α). Με το ίδιο διάταγμα ορίστηκε ως έδρα της Διεύθυνσης η Αθήνα και ότι η χωρική της αρμοδιότητα επεκτείνεται ανά την επικράτεια.

Σύμφωνα με το προεδρικό διάταγμα (άρθρο 1) αρμοδιότητες της ΔΙ.Ε.Τ.Α. είναι:
α) Η συγκέντρωση όλων των τελωνειακών παραστατικών εγγράφων, των βιβλίων τελωνειακών εισπράξεων και αποσπασμάτων αυτών, των ετήσιων πινάκων τελωνειακών παραστατικών, των ενιαύσιων λογαριασμών με τα βιβλία καταχώρησης παραστατικών και όλων των άλλων στοιχείων, που, μετά την αρχειοθέτηση και ταξινόμησή τους στις Τελωνειακές Αρχές, αποστέλλονται απ’ αυτές στη ΔΙ.Ε.Τ.Α.
β) Η ταξινόμηση, αρχειοθέτηση, διακίνηση και φύλαξη των Τελωνειακών Παραστατικών εγγράφων και βιβλίων για όσο χρονικό διάστημα προβλέπεται η διατήρησή τους από τις οικείες διατάξεις, όπως ισχύουν κάθε φορά.
γ) Ο τελικός δειγματοληπτικός έλεγχος των παραστατικών σε ποσοστό καθοριζόμενο με Απόφαση του Υπουργού των Οικονομικών καθώς και ο έλεγχος των παραστατικών και πέραν του καθοριζόμενου ποσοστού για την ανεύρεση προσκομμάτων ή άλλων παραλείψεων (συναλλαγματικών, υγειονομικών κ.λπ.) μετά από πρόταση του αρμόδιου Τμήματος και έγκριση του Προϊσταμένου της ΔΙ.Ε.Τ.Α., καθώς επίσης και μετά από σχετικές εντολές του Υπουργού Οικονομικών.
γ) Η κίνηση της διαδικασίας έγκρισης προσκομμάτων και η συνεχής παρακολούθηση της πορείας των εγερθέντων προσκομμάτων και της τελικής τους τακτοποίησης από τις αρμόδιες Τελωνειακές Αρχές.
δ) Ο έλεγχος των Βιβλίων Τελωνειακών Εισπράξεων και των αποσπασμάτων αυτών, η θεώρησή τους και αποστολή τους στο Ελεγκτικό Συνέδριο και στην αρμόδια Τελωνειακή Αρχή, του Ειδικού Ενιαύσιου Λογαριασμού διαχείρισης παραστατικών εγγράφων των Τελωνειακών Αρχών.
ε) Ο διαχειριστικός έλεγχος των παραστατικών σε ότι αφορά την καταχώρηση του χρηματικού ποσού και του αντίστοιχου αποδεικτικού είσπραξης. Η παραλαβή και ο λογιστικός έλεγχος των συγκεντρωτικών καταστάσεων των ιδίων πόρων της Ε.Ο.Κ. από τις Τελωνειακές Περιφέρειες και η κατάρτιση και αποστολή αντίστοιχων συγκεντρωτικών καταστάσεων ιδίων πόρων της Ε.Ο.Κ. όλης της Επικράτειας στις αρμόδιες Διευθύνσεις της Κεντρικής Υπηρεσίας του Υπουργείου.
στ) Η μέριμνα για την καταστροφή των παραστατικών εγγράφων και λοιπών στοιχείων, σύμφωνα με τη διαδικασία που καθορίζεται από τις ισχύουσες διατάξεις, μετά το πέρας του ελέγχου, της τυχόν προσκομματικής διαδικασίας ή τη λήξη της περιόδου διατήρησής τους από τη ΔΙ.Ε.Τ.Α.
ζ) Η μέριμνα για την παραλαβή, τη φύλαξη και τον εφοδιασμό όλων των Τελωνειακών Αρχών με στελέχη αριθμημένων διπλοτύπων είσπραξης ΔΕΤΕ.

Στο προεδρικό διάταγμα ορίζεται ακόμα ότι η επιστροφή στοιχείων από τη ΔΙ.Ε.Τ.Α. στις αρμόδιες Τελωνειακές Αρχές γίνεται σε εξαιρετικές περιπτώσεις, ύστερα από σχετικό έγγραφο αίτημά τους και μετά από έγκριση του Προϊσταμένου αυτής (άρθρο 2).

Η ΔΙ.Ε.Τ.Α. διαρθρώνεται στα παρακάτω Τμήματα: α) Τμήμα Γενικών Θεμάτων, β) Τμήμα Αρχείου, γ) Τμήμα Α΄ Ελέγχου και Προσκομμάτων, δ) Τμήμα Β΄ Ελέγχου και Προσκομμάτων, ε) Τμήμα Γ΄ Ελέγχου και Προκομμάτων. Με απόφαση του Προϊσταμένου της ΔΙ.Ε.Τ.Α. καθορίζεται η χωρική αρμοδιότητα καθενός των Τμημάτων Ελέγχου και Προσκομμάτων, ανάλογα με τις λειτουργικές ανάγκες αυτής.