Στις 30 Ιανουαρίου 1833 φθάνει στην Ελλάδα ο Όθων, δευτερότοκος γιος του βασιλιά της Βαυαρίας Λουδοβίκου Α΄, ως βασιλεύς του νεοσύστατου ελληνικού κράτους. Στις 3/15 Απριλίου 1833 εκδίδεται Βασιλικό Διάταγμα Περί του σχηματισμού των Γραμματειών, με το οποίο θεσπίζεται η σύσταση επτά Γραμματειών, έκτη μεταξύ των οποίων είναι και η Γραμματεία επί των Στρατιωτικών. Ας σημειωθεί ότι οι περισσότερες από τις εν λόγω επτά Γραμματείες είχαν ήδη συγκροτηθεί με διάφορες επωνυμίες (μινιστέρια, γραμματείες, υπουργεία) ήδη από την εποχή των κυβερνήσεων της Επανάστασης καθώς και του Κυβερνήτη Καποδίστρια.

Την ίδια ημέρα, 3/15 Απριλίου, εκδίδεται άλλο Βασιλικό Διάταγμα με το οποίο καθορίζονται η οργάνωση, το προσωπικό και οι αρμοδιότητες της Γραμματείας επί των Στρατιωτικών. Στο πρώτο άρθρο του ΒΔ ορίζεται το προσωπικό και η οργάνωση της Γραμματείας. Το προσωπικό της επί των Στρατιωτικών Γραμματείας, υπό τη Διεύθυνση του αρμόδιου Γραμματέα, αποτελείται: α) από δύο διευθυντές τμημάτων, οι οποίοι επιλέγονται μέσα από το σύνολο των αξιωματικών και των υπαλλήλων του στρατού που διέπρεψαν λόγω των γνώσεων και της αξίας τους, β) από αριθμό αξιωματικών και υπαλλήλων του στρατού, οι οποίοι ορίζονται από τους διευθυντές των τμημάτων σύμφωνα με τις ανάγκες της υπηρεσίας, γ) από τρεις Γραμματείς, δ) από τέσσερις γραφείς, και ε) από τους αναγκαίους για την υπηρεσία αγγελιοφόρους (ordonnances).

Στο δεύτερο άρθρο του ΒΔ περιγράφονται οι αρμοδιότητες της επί των Στρατιωτικών Γραμματείας, οι οποίες είναι: α) η οργάνωση, συμπλήρωση, πειθαρχία και επίβλεψη του στρατού, β) η προμήθεια της αναγκαίας ενδυμασίας, του οπλισμού, των απαραίτητων ειδών για ιππασία και στρατοπέδευση, γ) η φροντίδα για την προμήθεια του αναγκαίου υλικού για το πυροβολικό, το μηχανικό κτλ τμήμα του στρατού, δ) η οικοδόμηση, επισκευή και διατήρηση των φρουρίων και των στρατιωτικών κτιρίων, ε) τα δημόσια καταστήματα που προμηθεύουν το στρατό, στ) οι στρατιωτικοί νόμοι και κανονισμοί, ζ) η επιτήρηση στρατιωτικών αμαρτημάτων ή εγκλημάτων στα στρατιωτικά δικαστήρια, η) οι υγειονομικές υπηρεσίες του στρατού, θ) οι μετακινήσεις και οι μετατοπίσεις του στρατού, ι) η σύσταση καταστημάτων για τη σίτιση απομάχων, χήρων και ορφανών, ια) η φροντίδα των αιχμαλώτων, ιβ) οι προτάσεις που αφορούν την προκήρυξη στρατιωτικής αμνηστίας, ιγ) η χωροφυλακή, ιδ) οι προτάσεις για το διορισμό ή άφεση των αξιωματικών και των υπαλλήλων του στρατού, ιε) όλες οι δαπάνες του στρατού και τα λογιστικά του στρατού, ιστ) όλοι οι αξιωματικοί και υπάλληλοι του στρατού.

Ήδη, με ΒΔ της 9ης Φεβρουαρίου 1833, είχε ορισθεί επίσης η θέση και τα καθήκοντα του Γενικού Επιθεωρητή του Στρατού. Αυτός διενεργούσε επιθεωρήσεις των στρατιωτικών μονάδων τουλάχιστον δύο φορές το χρόνο, υπέβαλλε προτάσεις για διορισμούς αξιωματικών και αναφερόταν για ζητήματα που αφορούσαν στον σχηματισμό, ένδυση, οπλισμό και μετάθεση των στρατευμάτων, στον επί των Στρατιωτικών Γραμματέα, από τον οποίο έπαιρνε διαταγές.

Ο οργανισμός του 1833 υπέστη κατά τα έτη 1834-1842 διάφορες τροποποιήσεις και συμπληρώσεις ανάλογα με τις ανάγκες που παρουσιάστηκαν. Οι πιο ουσιώδεις από αυτές ήταν οι ακόλουθες: α) Στην Γραμματεία επί των Στρατιωτικών προστέθηκαν δύο επιπλέον τμήματα. Με το Βασιλικό Διάταγμα της 1ης Ιουνίου 1834 συστήθηκε τρίτο τμήμα, με τον τίτλο Στρατιωτικό Λογιστήριο, και αντικείμενο εργασιών την επεξεργασία και τον έλεγχο των λογαριασμών του Στρατού. Με το Βασιλικό Διάταγμα της 11ης Ιουνίου 1836 δημιουργήθηκε το τέταρτο τμήμα, με τον τίτλο Τμήμα Μηχανικού, για την διεξαγωγή των υποθέσεων που αφορούσαν στον στρατωνισμό και τις στρατιωτικές οικοδομές, β) Για τον έλεγχο και την εποπτεία των στρατιωτικών δυνάμεων δημιουργήθηκε ο θεσμός των Νομοεπιθεωρητών. Με το Βασιλικό Διάταγμα της 25ης Ιανουαρίου 1835 τοποθετήθηκε σε κάθε Νομό ένας Συνταγματάρχης ως επόπτης, ο οποίος έφερε τον τίτλο του Νομοεπιθεωρητή, γ) Αυξήθηκε ο αριθμός των Γενικών Επιτελών. Με το Βασιλικό Διάταγμα της 13ης Ιανουαρίου 1836 ο αριθμός τους αυξήθηκε από τρεις σε έξι, δ) Τροποποιήθηκε η σύνθεση του Πεζικού. Με το Βασιλικό Διάταγμα της 13ης Ιανουαρίου 1836 τα υπάρχοντα οκτώ τάγματα Πεζικού μειώθηκαν σε τέσσερα και μετονομάστηκαν σε τάγματα Γραμμής. Συγκροτήθηκαν επίσης τέσσερα Ελαφρά τάγματα, στα οποία συγχωνεύθηκαν, τα προβλεπόμενα από τον οργανισμό του 1833 τάγματα Ακροβολιστών. Τελικά, το Πεζικό αποτελέστηκε από πέντε τάγματα, τα οποία ονομάστηκαν τάγματα Πεζικού. Η δύναμη του κάθε τάγματος ανερχόταν στους 32 αξιωματικούς και 822 οπλίτες, ε) Ανασυγκροτήθηκε η Οροφυλακή. Από τον Ιανουάριο του 1833 είχαν συγκροτηθεί οχτώ τάγματα Οροφυλακής, με σκοπό τη διατήρηση της Δημόσιας Ασφάλειας και την φρούρηση των συνόρων της χώρας. Για τη διοίκηση των ταγμάτων αυτών συγκροτήθηκαν, με το Βασιλικό Διάταγμα της 11ης Φεβρουαρίου 1838, τρία Αρχηγεία Οροφυλακής, σε κάθε ένα από τα οποία προΐστατο ένας Συνταγματάρχης ή Αντισυνταγματάρχης, βοηθούμενος από ένα Λοχαγό, έναν Υπολοχαγό-Υπασπιστή, ένα Γιατρό και ένα Ιερέα, στ) Δημιουργήθηκε η Φάλαγγα: Το Σεπτέμβριο του 1835 συγκροτήθηκε η λεγόμενη Φάλαγγα, τιμής ένεκεν, αποτελούμενη από τους αξιωματικούς και τους αρχηγούς που είχαν λάβει μέρος στον αγώνα υπέρ της ελληνικής ανεξαρτησίας. Η Φάλαγγα διαιρέθηκε σε δεκατρείς Τετραρχίες, όπου κάθε μία αποτελούνταν από ένα Λοχαγό ισότιμο με Συνταγματάρχη, έναν Υπολοχαγό ισότιμο με Ταγματάρχη, έναν Σημαιοφόρο ισότιμο με Λοχαγό, τέσσερεις Επιλοχίες ισότιμους με Λοχαγούς και πενήντα τέσσερεις φαλαγγίτες ισότιμους με Ανθυπολοχαγούς.

Στα τέλη του έτους 1842, ο οργανωμένος Στρατός είχε την εξής μορφή και δύναμη: α) Γραμματεία των Στρατιωτικών, β) Γενικός Επιθεωρητής Στρατού, γ) Εννέα Νομοεπιθεωρητές, δ) Δεκαεπτά Φρουραρχεία, ε) Σώμα Γενικών Επιτελών, στ) Φάλαγγα, ζ) Πεζικό: πέντε τάγματα Πεζικού από έξι λόχους το καθένα, τρία Αρχηγεία Οροφυλακής, οκτώ τάγματα Οροφυλακής (των τεσσάρων λόχων). Το Πεζικό διέθετε στο σύνολό του 6240 άνδρες και 20 ίππους, η) Ιππικό: δύο μοίρες (των δύο ιλών η κάθε μία, με 596 άνδρες και 542 ίππους), και Διοίκηση Πυροβολικού, θ) Πυροβολικό: Τάγμα (πέντε λόχοι του Πυροβολικού συν το λόχο των Ζευγιτών, με 840 άνδρες) και Οπλοστάσιο, ι) Μηχανικό: Επιθεώρηση Μηχανικού, εννέα Διευθύνσεις Μηχανικού και ένας λόχος Σκαπανέων με 265 άνδρες. Στο σύνολό του ο οργανωμένος Στρατός διέθετε, το 1842, 7941 άνδρες και 562 ίππους.

Μετά την επανάσταση της 3ης Σεπτεμβρίου 1843 και την ψήφιση του συντάγματος από την Εθνική Εθνοσυνέλευση το 1844 καθιερώνεται στην Ελλάδα το πολίτευμα της συνταγματικής μοναρχίας. Το Σύνταγμα του 1844 επαναφέρει τον όρο Υπουργός για τη δήλωση των επικεφαλής των κεντρικών υπηρεσιών του διοικητικού μηχανισμού του κράτους, καταργώντας τους όρους Γραμματεύς/Γραμματεία , οι οποίοι είχαν επικρατήσει από το 1827 μέχρι το τέλος της απόλυτης μοναρχίας του Όθωνα. Ο όρος Υπουργείο καθιερώνεται με τον νόμο ΛΓ΄/4 Ιουνίου 1846 Περί διοργανισμού των Υπουργείων. Με τον νόμο αυτόν παρέμεινε ο ίδιος αριθμός –επτά- και η ίδια τάξη που είχαν τα υπουργεία και κατά την προηγούμενη περίοδο με έκτο στη σειρά το Υπουργείο Στρατιωτικών. Η νέα οργάνωση και σύνθεση του Υπουργείου Στρατιωτικών περιλαμβάνει: α) το Γραφείο Υπουργού β) ένα γενικό γραμματέα γ) τέσσερα Τμήματα δ) ένα Αρχιατρείο.

Ο οργανισμός και η σύνθεση του Στρατού υπέστησαν πολλές τροποποιήσεις κατά τα έτη 1843-1852, οι οποίες κυρίως αφορούσαν τον αριθμό και την οργάνωση των μονάδων. Με το Βασιλικό Διάταγμα της 15ης Οκτωβρίου 1843 συγκροτήθηκε επίσης στρατιωτικό σώμα, προκειμένου να χρησιμοποιηθεί ως όργανο της Δημόσιας Ασφάλειας, υπό τον τίτλο «Εθνοφυλακή». Το σώμα αυτό υπαγόταν κατά κύριο λόγο στο Υπουργείο Εσωτερικών, όταν όμως εκτελούσε έργα στρατιωτικής υπηρεσίας, υπαγόταν στην αρμοδιότητα στρατιωτικών αρχών. Η Εθνοφυλακή οργανώθηκε κατά Δήμους και υπηρετούσαν σε αυτήν όσοι διέθεταν συγκεκριμένα προσόντα, ηλικίας από είκοσι έως πενήντα ετών.

Η σύνθεση του Στρατού και η δύναμή του κατά το τέλος του 1852 ήταν η ακόλουθη: α) Υπουργείο Στρατιωτικών, β) Γενικός Επιθεωρητής Στρατού, γ) Εννέα Νομοεπιθεωρητές, δ) Δύο Οικονομικοί Επιθεωρητές, ε) Είκοσι φρουραρχεία ( 3 μόνιμα, 17 μη μόνιμα), στ) Σώμα Γενικών Επιτελών, ζ) Φάλαγγα (13 τετραρχίες), η) Λόχος Απομάχων, θ) Πεζικό: δύο τάγματα Γραμμής (των οκτώ λόχων), δύο τάγματα Ακροβολιστών (των έξι λόχων), τέσσερα συντάγματα Οροφυλακής (των δύο ταγμάτων), ι) Ιππικό: μία μοίρα Λογχιστών (των τριών ιλών), κ) Πυροβολικό: Μοίρα Πυροβολικού (ένας λόχος πεδινού και τρεις ορειβατικού πυροβολικού), Οπλοστάσιο (ένας λόχος Τεχνικών), Εφορείες και λ) Μηχανικό: Επιθεώρηση Μηχανικού, Διευθύνσεις Μηχανικού Νομών.

Τέλος, με τον Νόμο ΨΚΣΤ΄ της 3ης Μαρτίου 1862 το Υπουργείο Στρατιωτικών οργανώθηκε σε έξι τμήματα: α) Προσωπικού, β) Δικαιοσύνης, γ) Οικονομίας, δ) Λογιστηρίου, ε) Πυροβολικού, στ)Υγειονομικού.

Κατά τα έτη επίσης 1853-1863 έγιναν οι ακόλουθες τροποποιήσεις στον οργανισμό του Στρατού: α) Με τα Βασιλικά Διατάγματα των ετών 1861 και 1863 καταργήθηκαν οι θέσεις του Γενικού Επιθεωρητή Στρατού και των Νομοεπιθεωρητών, β) Με τα Βασιλικά Διατάγματα των ετών 1855 και 1860 προστέθηκαν δύο ακόμη Οικονομικοί Επιθεωρητές, γ) Με απόφαση της Προσωρινής Κυβερνήσεως της 23ης Ιανουαρίου 1863 δημιουργήθηκαν έξι Επιμελητήρια, στα οποία συγκεντρώθηκε η διαχείριση χρηματικού και υλικού των μονάδων, δ) Τον Αύγουστο του 1854 και τον Σεπτέμβριο του 1860 αναδιοργανώθηκε το Πεζικό και με νόμους του 1856 και 1861 αναδιοργανώθηκαν το Ιππικό και το Μηχανικό. Τέλος, με τον νόμο Ψ-Β΄ της 19ης Μαίου 1860 συνεστήθησαν δύο διαρκή Στρατοδικεία και ένα Αναθεωρητικό Δικαστήριο.