Η ίδρυση του 6ου Γυμνασίου Αθήνας χρονολογείται το έτος 1908. Επίσημα, ωστόσο, ιδρύεται κατά το έτος 1914 με διάταγμα του βασιλιά Κωνσταντίνου (ΦΕΚ 253/09-09-1914). Το σχολείο στεγαζόταν αρχικά σε διάφορα κτήρια στην περιοχή γύρω από τον Άγιο Ιωάννη Γαργαρέττα και στην οδό Φαλήρου στο Κουκάκι. Η πληθυσμιακή αύξηση, όμως, της περιοχής έχει ως αποτέλεσμα το 1949, όπως φαίνεται από επιστολή του διδακτικού προσωπικού προς το Υπουργείο Παιδείας, να στριμώχνονται 1.000 μαθητές σε δύο διαφορετικά κτήρια ηλικίας άνω των πενήντα ετών το καθένα.
Έτσι, στις αρχές του 1950 δημιουργείται ο «Σύλλογος Φίλων του 6ου Γυμνασίου Αρρένων Αθηνών», με σκοπό τη συγκέντρωση χρημάτων για την ταχύτερη ανέγερση διδακτηρίου. Τότε ο δήμαρχος Αθηναίων Κωνσταντίνος Κοτζιάς παραχωρεί το οικόπεδο, σχεδόν 6.000 τ.μ., δίπλα στην παλιά πυριτιδαποθήκη στο λόφο Λαμπράκη. Στις 28 Ιουνίου 1954 ο γυμνασιάρχης και πρόεδρος της επιτροπής ανέγερσης, Κ. Στεργιόπουλος, εγκαινιάζει τη θεμελίωση του νέου σχολείου πάνω στο λόφο.
Το 6ο Γυμνάσιο Αρρένων Αθήνας ξεκινά τη δραστηριότητά του στο νέο κτήριο της οδού Πυθέου το Σεπτέμβριο του 1962. Την ίδια περίοδο ιδρύεται και συστεγάζεται το ΙΒ΄ Γυμνάσιο Θηλέων Αθηνών. Τα δύο σχολεία λειτουργούν παράλληλα έως το 1976 που καταργήθηκαν για να δημιουργηθούν μεικτά σχολεία. Τότε ιδρύεται το 6ο Γυμνάσιο Αθηνών και το 36ο Γυμνάσιο Αθηνών με τις αντίστοιχα μετέπειτα λυκειακές τάξεις. Το ίδιο διάστημα αρχίζει να λειτουργεί στο ίδιο κτηριακό συγκρότημα το 4ο Εσπερινό Γυμνάσιο Αθηνών.
Το 1984 κατασκευάζεται νέο τριώροφο κτήριο, αφού κατεδαφίζονται οι κτηριακές εγκαταστάσεις προς την οδό Πυθέου. Το 2000 ξεκινάει η αναδιαμόρφωση των αιθουσών, ώστε να μπορούν να λειτουργήσουν και τα δύο σχολεία χωρίς διπλές βάρδιες πρωί-απόγευμα. Το 2003 προστίθεται νέο οικοδόμημα κλειστού τύπου στα ανατολικά του οικοπέδου προς τη Λεωφόρο Βουλιαγμένης. Το 2011 λόγω περικοπών το 36ο Γυμνάσιο-Λύκειο θα συγχωνευθεί με το 6ο Γυμνάσιο-Λύκειο Αθηνών.

[Βιβλιογραφία: Ζαχαράκης Μ. (2019), Η Γενιά της Παράγκας – Από το Δουργούτι στον Νέο Κόσμο, Αθήνα 2019]