Το Ελεγκτικό Συνέδριο ιδρύθηκε με το διάταγμα της 27ης Σεπτεμβρίου 1833 επί της αντιβασιλείας του Όθωνα. Πρώτος πρόεδρος διετέλεσε ο Γάλλος οικονομολόγος Ρενύ, που ήλθε στην Ελλάδα το 1831 με ενέργειες του κυβερνήτη Ι. Καποδίστρια για να οργανώσει το Ελεγκτικό Συνέδριο. Το Ελεγκτικό Συνέδριο ήταν ανεξάρτητο στην λειτουργία του από υπουργεία και ενεργούσε ως ανώτατο διοικητικό σώμα εποπτείας και ελέγχου των δημοσίων οικονομικών. Η ίδρυση του ήρθε να καλύψει τις ανάγκες ύπαρξης μιας ανώτατης ελεγκτικής αρχής της οικονομικής διοικήσεως από τη μια, και ενός ανώτατου διοικητικού δικαστηρίου επιφορτισμένου με τον δικαστικό έλεγχο της γενικής οικονομικής διαχειρίσεως του κράτους, από την άλλη.

Ο σκοπός του Ελεγκτικού Συνεδρίου, όπως προκύπτει από το ιδρυτικό του διάταγμα, ήταν: «α) Να πληροφορήται δια επεξεργασίας των λογαριασμών ότι διατηρούνται αι γενικαί αρχαί του εγκριθέντος οικονομικού του κράτους συστήματος• ότι πάσα εντός του κράτους διαχείρισις γίνεται κατ’ αυτό το σύστημα• ότι αι επιτετραμμέναι οποιανδήποτε ειδικής διαχείρισιν Αρχαί εκτελούν τα διοικητικά (administratifs) καθήκοντά των ευσυνειδήτως κατά τους υπάρχοντας νόμους, διατάγματα, οδηγίας και καταστάσεις ότι τα έσοδα και τα έξοδα είναι εν τάξει αποδεδειγμένα, και ότι εις τας διοικητικάς Αρχάς δοθέντα χρήματα διετέθησαν δι’ ας ανάγκας εδόθησαν. β) Να κρίνει δια των αποτελεσμάτων των λογαριασμών της διαχειρίσεως, αν, και οποίαι μεταβολαί είναι αναγκαίαι ή κατάλληλοι δια τον γενικόν σκοπόν. Το Ελεγκτικό Συνέδριο είναι η ανωτάτη ως προς το διοικητικόν ελεγκτική αρχή. (άρθρο 2). Εις την δικαιοδοσίαν του Ελεγκτικού Συνεδρίου υπάγεται όλον το λογιστικόν του κράτους, αυτό επιτηρεί τους υπολόγους υπηρέτας αυτού (άρθρο 3).»

Εκτός από τις παραπάνω αρμοδιότητες, σύμφωνα με τις διατάξεις των άρθρων 55-57 του ιδρυτικού διατάγματος, ανετέθη στο Ελεγκτικό Συνέδριο, ως ανώτατη ελεγκτική αρχή, η επιτήρηση των υπολόγων σχετικά με το λογιστικό, την ακρίβεια των Ταμείων και την τήρηση των βιβλίων Ταμείων, διενεργώντας τουλάχιστον μια φορά το χρόνο - αλλά και όποτε το κρίνει εύλογο - έλεγχο σε όλα τα Ταμεία του Κράτους και τους κλάδους της υπηρεσίας. Σκοπός του ελέγχου ήταν να πληροφορείται «ότι ο υπόλογος εισέπραξε τα όσα ώφειλε να εισπράξει χρήματα εγκαίρως και κατά τάξιν, ότι έκαμε τωόντι τας πληρωμάς και ότι τας έκαμε κατά την περί τούτου άδειαν, ότι τα έσοδα και τα έξοδα επέρασαν εγκαίρως εις τα βιβλία, ότι τα βιβλία κρατώνται κατά τους κανονισμούς και τους τύπους, ότι αι αποδείξεις είναι νόμιμοι, ότι τα έσοδα παρεδόθησαν εις το ανωτέρω Ταμείον και ότι τα περισσεύοντα εκ των εσόδων χρήματα ευρίσκονται τωόντι εις μετρητά εις το Ταμείον και διατηρούνται κατά χρέος»

Στο ιδρυτικό διάταγμα της 27 Σεπτεμβρίου 1833 περιέχονται επίσης διατάξεις που ρυθμίζουν το «σχηματισμό» του Ελεγκτικού συνεδρίου, δηλαδή το σκοπό και τη σύνθεση του σώματος, τις αρμοδιότητες του και τον τρόπο προσκομίσεως των λογαριασμών και ο κατ’ αρχάς έλεγχός τους, η διαδικασία ελέγχου των λογαριασμών και εκδόσεως αποφάσεως κατά περίπτωση και τέλος τα καθήκοντα του Επιτρόπου της επικρατείας και του Γραμματέως.

Με τον καταστατικό νόμο της 27 Σεπτεμβρίου 1833 ανετέθησαν στο Ελεγκτικό Συνέδριο οι εξής αρμοδιότητες:

1. Η εκκαθάριση των λογαριασμών από το 1822 μέχρι το 1833 καθώς επίσης και ο έλεγχος των μετά το 1833 ετησίων διαχειρίσεων κάθε υπολόγου (άρθρα 1 και 26)
2. Ο έλεγχος των διδομένων από τους δημοσίους υπολόγους εγγυήσεων (άρθρο 24)
3. Η εξέταση της νομιμότητος των παραχωρητηρίων εθνικών κτημάτων (άρθρο 26)
4. Η εξέταση της νομιμότητος των εκποιήσεων εθνικών κτημάτων που πραγματοποιήθηκαν πριν το 1833 (άρθρο 27)
5. Η εξέταση των παλαιών χρεών προς το Δημόσιο και κυρίως όσων οφείλονταν από εκποίηση εθνικών κτημάτων (άρθρο 28)
6. Η επιτήρηση των βιβλίων εγγραφής κινητών και ακινήτων εθνικών κτημάτων (άρθρο 29)
7. Ο έλεγχος των υπερβάσεων των γενικών και ειδικών πιστώσεων των υπουργείων (άρθρο 30)
8. Η επιτήρηση της παραδόσεως των δια νόμου ορισθέντων εισοδημάτων στο Χρεολυτικό Ταμείο (άρθρο 31)
   Επίσης υπό την προϋπόθεση της εκδόσεως των σχετικών διαταγμάτων, ανετέθη στο Ελεγκτικό Συνέδριο, ο έλεγχος των λογαριασμών των φιλανθρωπικών καταστημάτων, των σχολείων και των κοινοτήτων. (άρθρο 32) .

Από το 1833 έως το 1887 το Ελεγκτικό Συνέδριο παρουσίασε ιδιαίτερα έντονη δραστηριότητα παρ’ όλες τις δυσκολίες τις σχετικές με το γενικότερο πλαίσιο του Δημοσίου Λογιστικού και του προσωπικού του σώματος.

Αξιοσημείωτο είναι, γι’ αυτήν την περίοδο, το γεγονός ότι ενώ η Α’ Εθνοσυνέλευση του 1844 κατήργησε όλα τα διοικητικά δικαστήρια και το Συμβούλιο της Επικρατείας, το Ελεγκτικό Συνέδριο διατηρήθηκε γιατί θεωρήθηκε ως διοικητική επιτροπή και με το Σύνταγμα του 1844 στο κεφάλαιο «περί δικαστικής εξουσίας» (άρθρο 87) ορίζεται ότι «οι Δικασταί καθώς και τα ψήφον έχοντα μέλη του Ελεγκτικού Συνεδρίου θέλουν είσθαι ισόβια».

Πολλοί νόμοι και διατάγματα συντάχθηκαν με σκοπό να εξυπηρετήσουν τη λειτουργία του Ελεγκτικού Συνεδρίου όμως η ανεπάρκεια του προσωπικού του, η συνεχής διεύρυνση των αρμοδιοτήτων του, ο τεράστιος όγκος αλλά και η ελλιπής τήρηση των λογαριασμών που όφειλε να ελέγξει, καθώς επίσης και η καθυστέρηση της υποβολής τους, η αστάθεια του Δημοσίου λογιστικού συστήματος και η διαρκής αναμόρφωσή του, οι αντιδράσεις που προκαλούσε η ορθή εκτέλεση των καθηκόντων του, και τέλος η προβληματική συνεργασία που είχε με το Υπουργείο Οικονομικών ήταν τα σημαντικότερα προβλήματα που αποτελούσαν μόνιμη τροχοπέδη στο έργο του.

Το 1887 προστέθηκαν τέσσερις νέες αρμοδιότητες στο Ελεγκτικό Συνέδριο χωρίς να γίνει όμως καμία ταυτόχρονη αύξηση του προσωπικού του. Οι νέες αρμοδιότητες αφορούσαν: 1) Την εκδίκαση των εφέσεων α) κατά των νομαρχιακών αποφάσεων επί των δημοτικών επιχειρήσεων β )επί των αποφάσεων κατά των μοναστηριακών διαχειρίσεων, γ) κατά των αποφάσεων επί της διαχειρίσεως των ιερών ναών, δ) κατά των αποφάσεων του Υπουργείου στρατιωτικών κατά των διαχειριστών του Στρατού, 2) Τον έλεγχο α) των παραχωρήσεων στους νεοφύτους, β) των παραχωρητηρίων δυνάμει του από 1838-1875 νόμων περί φαλαγγιτικών προικίσεων παραχωρήσεως εθνικών και εκκλησιαστικών κτημάτων, προικοδοτήσεως και διανομής εθνικής γης, εμφυτεύσεως εθνικών και εκκλησιαστικών κτημάτων, 3) Τον έλεγχο των συντάξεων, και 4) Την εκδίκαση των εφέσεων κατά των αποφάσεων του επί των συντάξεων Τμηματάρχη του Υπουργείου Οικονομικών για της κρατήσεις των συντάξεων.

Η περίοδος που μεσολαβεί από το 1887 μέχρι το 1923, οπότε και επήλθε η πλήρης αναδιοργάνωση του οργανισμού και της λειτουργίας του Ελεγκτικού Συνεδρίου, χαρακτηρίζεται από τη θέσπιση των νόμων:
• ΑΥΟΖ΄ /1887 «περί της υπηρεσίας του Ελεγκτικού Συνεδρίου»,
• 400/1914 «περί συμπληρώσεως του προσωπικού του Συνεδρίου»,
• 1635/1919 «περί τροποποιήσεως και συμπληρώσεως των περί Ελεγκτικού Συνεδρίου ισχυόντων νόμων»,
• 1937/1920 «περί του τρόπου της ενεργείας του προληπτικού ελέγχου επί των εξόδων του Κράτους».

Με τη συμπλήρωση 90 χρόνων από την ίδρυση του Ελεγκτικού Συνεδρίου πραγματοποιείται και η αναδιάρθρωση του θεσμού και του ρόλου του με την ψήφιση του νομοθετικού διατάγματος της 6/7/1923 «περί οργανισμού του Ελεγκτικού Συνεδρίου».

Σύμφωνα με το νέο νόμο, το Ελεγκτικό Συνέδριο αποτελείται από έναν πρόεδρο, δύο αντιπροέδρους, δώδεκα συμβούλους, και έξι παρέδρους, ενώ για την εκπροσώπηση του στην Επικράτεια ορίζεται Γενικός Επίτροπος. Για την άσκηση της δικαιοδοσίας του το Ελεγκτικό Συνέδριο διαιρεί τα καθήκοντά του σε τρεις κατηγορίες – συνταγματικά, διοικητικά και δικαστικά-, και σε καθεμία από αυτές θέτει επιτετραμμένους έναν πρόεδρο, έναν εκ των αντιπροέδρων και τέσσερις συμβούλους. Η ολομέλεια του Συνεδρίου συγκροτείται από τον Πρόεδρο και τους Αντιπροέδρους, ή τους νόμιμους αναπληρωτές τους και από έξι τουλάχιστον συμβούλους, ενώ οι αρμοδιότητες της ορίζονται από το άρθρο 34 του διατάγματος.

Βασισμένη στο παραπάνω νομοθετικό διάταγμα, η Ολομέλεια του Ελεγκτικού Συνεδρίου ψήφισε στις 4/10/1923, τον κανονισμός της εσωτερικής λειτουργίας του που χώριζε τρεις διευθύνσεις (ταμιακών λογαριασμών, διαφόρων λογαριασμών και συντάξεων), τη γραμματεία και το αρχείο και όριζε της αρμοδιότητες εκάστης.

Έτσι:

• Η Διεύθυνση Ταμειακών Λογαριασμών διαιρείται σε πέντε τμήματα ελέγχου λογαριασμών που η αρμοδιότητά τους ορίζεται κάθε φορά από το αρμόδιο τμήμα του Συνεδρίου και από το Τμήμα Εγγραφών.
• Η Διεύθυνση Διαφόρων Λογαριασμών διαιρείται σε πέντε τμήματα: α)Τμήμα ελέγχου τελωνιακών προξενικών λογαριασμών και μονοπωλίων, β)Τμήμα ελέγχου ταχυδρομικών, τηλεγραφικών και τηλεφωνικών λογαριασμών, γ)Τμήμα ελέγχου δημοτικών λογαριασμών, δ)Τμήμα ελέγχου διαφόρων άλλων μη δημοσίων διαχειρίσεων και χρηματικών ενταλμάτων ε)Γραφείον Θεωρήσεως παραχωρητηρίων εξαρτώμενων απ’ ευθείας εκ του Διευθυντού.
• Η Διεύθυνση Συντάξεων διαιρείται σε τέσσερα τμήματα: α)Τμήμα πολιτικών συντάξεων, β)Τμήμα συντάξεων αξιωματικών στρατού ξηράς και θαλάσσης και των οικογενειών αυτών γ)Τμήμα συντάξεων υπαξιωματικών και οπλιτών στρατού ξηράς και θαλάσσης και των οικογενειών αυτών και δ) Ε΄ Τμήμα ελέγχου ταμιακών λογαριασμών καθυστερουσών διαχειρίσεων παρά τη διεύθυνση II (συνιστάται προσωρινώς)
• Η Γραμματεία περιλαμβάνει: Γραφείο Πρωτοκόλλου, Γραφείο Αντιγραφής, Γραφείο Αποστολής, Γραφείο Προσωπικού και Γραφείο Πληροφοριών

• Το αρχείο περιλαμβάνει: Γραφείο Αρχείου ταμειακών λογαριασμών, Γραφείο Αρχείου διαφόρων λογαριασμών, Γραφείο Πρωτοκόλλου συντάξεων και Γραφείο Πρωτοκόλλου δικαστικών υποθέσεων.

  Οι αρμοδιότητες και το προσωπικό κάθε Διεύθυνσης Τμήματος και Γραφείου καθορίζονται επίσης από τον οργανισμό που ψήφισε η συνεδρίαση της ολομέλειας της 4/10/1923 .

  Η Ολομέλεια του Ελεγκτικού Συνεδρίου κατανέμει τις αρμοδιότητές της σε τρία τμήματα:
  • Τμήμα Ι: - Έξοδα κράτους και εποπτεία υπηρεσίας θεωρήσεως ενταλμάτων των Υπουργείων

  • Παρακολούθηση δημοσίων εσόδων
    • Προεξέταση απολογισμού και γενικού ισολογισμού του κράτους
• Εποπτεία των δημοσίων υπολόγων και εγγυήσεων αυτών
  • Έλεγχος λογαριασμών υπολόγων
  • Θεώρηση χρηματικών ενταλμάτων και επιταγών
  • Θεώρηση παραχωρητηρίων
    • Όλες οι μη δικαστικής φύσεως υποθέσεις που υπάγονται στο τμήμα ΙΙ
      • Τμήμα ΙΙ: Κανονισμός συντάξεων και σχετικά προς αυτές ζητήματα
      • Τμήμα ΙΙΙ: Οι μη υπαγόμενες στην Ολομέλεια δικαστικές υποθέσεις