Το αρχείο αποτελείται από 931 βιβλία και χωρίζεται σε οκτώ (8) σειρές:

1. Εκποιήσεις και Παραχωρητήρια εθνικών και εκκλησιαστικών κτημάτων, 2. Μητρώο Ναυτικών Συντάξεων, 3. Πράξεις Συντάξεων, 4. Αποφάσεις Ελεγκτικού Συνεδρίου, 5. Αποφάσεις παρέδρων, 6. Αποφάσεις Ολομέλειας, 7. Πρακτικά Συνεδριάσεων, 8. Έντοκα Γραμμάτια.

Η πρώτη σειρά «Εκποιήσεις και Παραχωρητήρια εθνικών και εκκλησιαστικών κτημάτων» αποτελείται από 12 υποσειρές και περιλαμβάνει 252 βιβλία που αφορούν στον έλεγχο και τη θεώρηση των παραχωρήσεων στους νεοφύτους, των παραχωρητηρίων δυνάμει του από 1838-1875 νόμων περί φαλαγγιτικών προικίσεων, παραχωρήσεων εθνικών και εκκλησιαστικών κτημάτων, προικοδοτήσεως και διανομής εθνικής γης, εμφυτεύσεως εθνικών και εκκλησιαστικών κτημάτων.

Η δεύτερη σειρά «Μητρώο Ναυτικών Συντάξεων» περιλαμβάνει 1 βιβλίο που περιέχει το ονοματεπώνυμο του συνταξιούχου στρατιωτικού, τον βαθμό αποστράτευσης του, τον αριθμό και την ημερομηνία του διατάγματος με το οποίο του απονεμήθηκε η σύνταξη και άλλα σχετικά στοιχεία.

Η τρίτη σειρά «Πράξεις Συντάξεων» περιλαμβάνει 214 βιβλία, όπου καταγράφονται οι συνεδριάσεις και οι αποφάσεις του Ελεγκτικού Συνεδρίου σχετικά με την παραχώρηση ή μη συντάξεων σε δημοσίους υπαλλήλους και σε αξιωματικούς και υπαξιωματικούς στρατού ξηράς και θαλάσσης και των οικογενειών αυτών.

Η τέταρτη σειρά «Αποφάσεις Ελεγκτικού Συνεδρίου» περιλαμβάνει 291 βιβλία και αφορούν την εποπτεία των δημοσίων υπολόγων και των εγγυήσεων αυτών και τον έλεγχο των λογαριασμών των υπολόγων, την ακρίβεια των ταμείων και την τήρηση των βιβλίων ταμείων, καθώς και τον έλεγχο σε όλα τα Ταμεία του Κράτους και τους κλάδους της υπηρεσίας ήτοι τον έλεγχο των τελωνιακών προξενικών λογαριασμών και μονοπωλίων, τον έλεγχο των ταχυδρομικών, τηλεγραφικών και τηλεφωνικών λογαριασμών, τον έλεγχο των δημοτικών λογαριασμών, τον έλεγχο διαφόρων άλλων μη δημοσίων διαχειρίσεων και χρηματικών ενταλμάτων.

Η πέμπτη σειρά αφορά τις «Αποφάσεις Παρέδρων» εντεταλμένων στα εκάστοτε υπουργεία για την άσκηση ελέγχου των υπερβάσεων των γενικών και ειδικών πιστώσεων των υπουργείων.

Η έκτη σειρά «Αποφάσεις Ολομέλειας» αφορά στην εκδίκαση εφέσεων επί των αποφάσεων των τμημάτων I και II του ελεγκτικού Συνεδρίου.

Η έβδομη σειρά αφορά τα « Πρακτικά Γενικών Συνεδριάσεων», Πρακτικά Δικαστικών Συνεδριάσεων» και «Πρακτικά συνεδριάσεων της Ολομέλειας».

Η όγδοη σειρά «’Έντοκα Γραμμάτια» περιλαμβάνει 1 βιβλίο όπου καταγράφονται τα έντοκα πληρωτέα γραμμάτια του Δημοσίου.

Το αρχείο του Ναυτικού Διευθυντηρίου αποτελείται από φακέλους εγγράφων, η θεματολογία των οποίων είναι κοινή με του Υπουργείου Ναυτικών. Στο αρχείο περιλαμβάνονται έγγραφα για τα θέματα προσωπικού (ανάγκες του Ναυτικού Διευθυντηρίου και Ναυστάθμου, διορισμοί, απολύσεις, πρωτόκολλα ορκωμοσίας, μετακινήσεις κ.ά.), λογαριασμούς τροφοδοσίας πλοίων και μισθοδοσίας ναυτικών, θέματα δικαιοσύνης, υγειονομικής περίθαλψης, ναυτικής εκπαίδευσης, προμήθειες και διαχείριση υλικών, κατασκευαστικά και επισκευαστικά έργα στο ναύσταθμο και σε πλοία. Τα λυτά έγγραφα του αρχείου ταξινομούνται θεματικά ανά θυρίδα και φάκελο (56 θυρίδες). Επίσης, στο αρχείο συμπεριλαμβάνονται και κατάστιχα (κυρίως πρωτόκολλα).