1) Αρχείο Τμήματος Γ΄ της Διεύθυνσης Οργάνωσης: βιβλίο εισερχομένων πολιτών στο Υπουργείο (1994-2003). 2) Αρχείο Τμήματος Α’ Διεύθυνσης Πλοηγικής Υπηρεσίας: ατομικοί φάκελοι προσωπικού (διάφορες κατηγορίες). 3) Αρχείο του Γραφείου Κοινοβουλευτικού Ελέγχου: απαντήσεις σε αναφορές, ερωτήσεις, επερωτήσεις και αιτήσεις κατάθεσης εγγράφων βουλευτών (2001-2005).

Αλληλογραφία με προξενικά Λιμεναρχεία, εγκρίσεις χορηγήσεως πληρωμάτων, ναυτολόγηση αλλοδαπών, Διάφορα διμερών συμβάσεων, αποφάσεις αλλαγής ειδικότητας, αιτιολόγησης απολύσεων, αναγνώρισης προϋπηρεσίας, κοινοβουλευτικός έλεγχος, υπομνήματα-αναφορές σωματείων, οργανώσεων, ιδιωτών, εποπτεία ΓΕΝΕ, στατιστικά ανεργίας και επιδοτήσεων, απεργίες, επιθεωρήσεις πλοίων, ναυτεργατικές διαφορές αλλοδαπών, πρωτότυπα συλλογικών συμβάσεων.

Απόσπασμα από το αρχείο του Δημητρίου Βούλγαρη, το οποίο περιλαμβάνει κυρίως τμήμα της αλληλογραφίας προς τον ίδιο. Επιστολές των: Λάζαρου Κουντουριώτη, Μανόλη Θεοχάρη, Γεωργίου Σαχίνη, Εμμανουήλ Βούλγαρη, Νικολάου Λεβίδη, Γεωργίου Γλαράκη, Αλεξάνδρου Μαυροκορδάτου, Αντωνίου Κριεζή, Λαζάρου Πινότση κ.ά. (Μάρτιος-Ιούλιος 1832) και 1839-1868)· Επιστολές του Δημητρίου Βούλγαρη προς διαφόρους (Απρίλιος-Ιούνιος 1832)· επιστολές ανάμεσα σε τρίτα πρόσωπα (1832)· επιστολικά σημειώματα, ονομαστικοί κατάλογοι πληρωμάτων πλοίων, λογαριασμοί κ.ά. (χ.χ.).
Βιβλίο συγχαρητηρίων με βελούδινη στάχωση, που φέρει τις υπογραφές Ελλήνων της Κωνσταντινούπολής, οι οποίοι διόρισαν εννεαμελή επιτροπή προκειμένου να συγχαρεί τον βασιλιά Γεώργιο Α΄ κατά την ανάρρησή του στον ελληνικό θρόνο (18 Οκτωβρίου 1863).

Το αρχείο περιλαμβάνει βιβλία και φακέλους αλληλογραφίας. Υπηρεσιακά βιβλία: Απόπλου-κατάπλου, μεταβολών πληρωμάτων εμπορικών πλοίων, πρωτοκόλλου απορρήτων εγγράφων, θεωρήσεων πιστοποιητικών ξένης υπηρεσίας, κινήσεως πάγιας προκαταβολής Προξενικού Λιμεναρχείου Αμβέρσης, πρωτότυπων ναυτολογίων, γενικού πρωτοκόλλου. Φάκελοι: Πίνακες καταπλευσάντων πλοίων με ελληνική σημαία στην Αμβέρσα, αλληλογραφία με ΥΕΝ και υπηρεσίες του ΥΕΝ (κυρίως Διεύθυνση Ωκεανοπόρου Ναυτιλίας/ΔΩΝ, Διεύθυνση Υποστήριξης Ασφαλιστικών Οργανισμών/ΔΥΑΣΟ, Επιθεώρηση Εμπορικών Πλοίων/ΕΕΠ), πίνακες κίνησης πλοίων με ελληνική σημαία, ναυτικά ατυχήματα.

Το αρχείο περιέχει υλικό σχετικό με τις αρμοδιότητες του ναυτιλιακού ακολούθου στο Χονγκ Κονγκ. Δηλώσεις κατάπλου-απόπλου, θέματα ελλήνων ναυτικών (ασφαλιστικά, πειθαρχικά), εκθέσεις δραστηριότητας του ναυτιλιακού ακολούθου, ετήσιοι απογραφικοί έλεγχοι, διενέργεια ελέγχων και επιθεωρήσεων.

Δελτία Μηνιαίας δραστηριότητας Επιθεώρησης Εμπορικών Πλοίων (ΕΕΠ), ναυτιλιακές πληροφορίες (Εμπορευματική κίνηση- ναύλοι-κατηγορίες πλοίων κλπ), δελτία κατάπλου-απόπλου πλοίων σε λιμένες αρμοδιότητας ΕΝΑ Οδησσού, διαταγές για διενέργεια προανάκρισης, δελτία οικονομικών εξελίξεων στην περιοχή δικαιοδοσίας του Γενικού Προξενείου Οδησσού, διαταγές για διενέργεια προανάκρισης, διπλώματα.