Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Προσωπικού: ατομικοί φάκελοι προσωπικού του Λιμεναρχείου, βιβλία αναφοράς προσωπικού
Β. Στοιχεία Πλοίων και Πληρωμάτων: δελτία κινήσεως σκαφών, δηλώσεις σκαφών, φύλλα ελέγχου επαγγελματικών αλιευτικών σκαφών, έγγραφα μεταβιβάσεων, ανανεώσεων, μεταβολών, καταργήσεων αδειών σκαφών, έγγραφα μεταλεμβολόγησης, βιβλία ημερησίων αναφορών πληρωμάτων
Γ. Στοιχεία αλιείας: αιτήσεις και δικαιολογητικά για έκδοση ατομικών αδειών αλιείας, διαταγές και εγκύκλιοι για τρόπους ψαρέματος, έγγραφα περί αλιείας κοραλλιών, οστράκων και σπόγγων.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: έγγραφα περί εκθαλάσσωσης θαλασσίων χελωνών
Β. Στοιχεία αλιείας: αιτήσεις για έκδοση και ανανέωση αδειών αλιείας καθώς και απόπλου για αλιεία στα διεθνή ύδατα, έγγραφα επιτροπής ελέγχων ιχθυοπαγίδων, στατιστικά στοιχεία σπογγαλιείας, έγγραφα περί χορήγησης αδειών οστρακοκαλλιέργειας και αλιείας δολωμάτων, έγγραφα αλιευτικών ελέγχων εν όψει τριημέρου Καθαράς Δευτέρας και περιόδου Σαρακοστής
Γ. Στοιχεία Πλοίων: έγγραφα περί μετεγγραφών σκαφών, κατάπλου κρουαζιερόπλοιων και θαλαμηγών.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: πρωτόκολλα αλληλογραφίας και εισερχομένων σημάτων, ενημερωτικά έγγραφα περί τοποθέτησης «Γαλάζιων Σημαιών», εορτασμού «Παγκόσμιας Ναυτικής Ημέρας» και διεξαγωγής «Special Olympics»., έγγραφα περί προστασίας ακτών από απορρίμματα, αδειών καύσεως πυροτεχνημάτων, έγγραφα και βιβλία περί της εκτελέσεως ραδιοεπικοινωνίας
Β. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: βιβλία κατάπλου σκαφών και θαλαμηγών, μητρώο ναυαγίων, έγγραφα περί μεταβιβάσεων σκαφών, βιβλία ημερήσιας αναφοράς πληρώματος, βιβλία ελευθεροικοινωνίας
Γ. Στοιχεία Αλιείας: δελτία ατομικών αδειών αλιείας
Δ. Στοιχεία Προσωπικού: βιβλίο περί διαγωνισμού κατάταξης δοκίμων υπαξιωματικών στο Λιμενικό Σώμα, έγγραφα Οπλονομείου Αγίας Πελαγίας
Ε. Λιμενική Αστυνομία: έγγραφα περί καταγγελιών και προστίμων επιβληθέντων από τη Λιμενική Αστυνομία.

Αρχειακό υλικό του Τμήματος Μητρώων πλoίων που αφορά την αρμοδιότητα της χορήγησης προσωρινών ναυτιλιακών εγγράφων για τη διαγραφή πλοίων. Περιέχει φακέλους διαγραφέντων πλοίων