Στην αρχή του 20ου αιώνα οι βαλκανικοί πόλεμοι έφεραν ανακατατάξεις στα Βαλκάνια και την απελευθέρωση των ελληνικών εδαφών από τον τουρκικό ζυγό. Η Ελλάδα έπρεπε να μεριμνήσει άμεσα για τη διοίκηση και τη ρύθμιση της καθημερινής ζωής των ανθρώπων στις περιοχές που απελευθέρωνε (συνθήκη της Χάγης του 1907 – άρθρο 430). Η ελληνική κυβέρνηση αποφάσισε να εφαρμόσει το μοντέλο των Γενικών Διοικήσεων.

Με το Β.Δ. 1/1912 (τεύχος Α΄ ΦΕΚ 337/31-10-1912) ανατίθεται στον τότε Υπουργό Δικαιοσύνης Κων. Ρακτιβάν η Γενική Διοίκηση των απελευθερωμένων χωρών. Στο ίδιο διάταγμα αναφέρονται και οι αρμοδιότητες του Γενικού Διοικητή, που ήταν ευρύτατες και κάλυπταν τη Μακεδονία, την Ήπειρο και τα νησιά του Β. Αιγαίου. Με το Ν. 273/11-6-1914 (ΦΕΚ 157/11-06-1914) διορίζονται αναπληρωτές των Γενικών Διοικητών και οι αρμοδιότητες παραμένουν ενισχυμένες.

Με το Β.Δ. 524/1914 (τεύχος Α΄ ΦΕΚ 404/31-12-1914) αρχίζει να επεκτείνεται η εφαρμογή του Νομαρχιακού συστήματος. Καταργούνται οι Γενικές Διοικήσεις Ηπείρου, των νήσων Αιγαίου και της Σάμου . Η Γενική Διοίκηση Μακεδονίας και Κρήτης παραμένουν και έδρα της Γενικής Διοίκησης Μακεδονίας ορίζεται η Θεσσαλονίκη.

Με το Β.Δ. 16/19-3-1915 (τεύχος Α΄ ΦΕΚ 106/19-03-1915) καταργούνται οι Γενικές Διοικήσεις Μακεδονίας και Κρήτης και ενισχύεται ο θεσμός των Νομαρχιών. Με το Β.Δ. 1915 (τεύχος Α΄ΦΕΚ 120/01-04-1915) «Περί Διοικητικής Διαιρέσεως των νέων χωρών», η Μακεδονία διαιρείται σε πέντε νομούς (Θεσσαλονίκης, Κοζάνης, Φλωρίνης, Σερρών και Δράμας). Η ανώτατη διοικητική διεύθυνση του κάθε νομού ανατίθεται στον Νομάρχη.

Με τον Ν. 1149/1918 (τεύχος Α΄ ΦΕΚ 34/12-02-1918) η Κυβέρνηση Βενιζέλου επαναφέρει το θεσμό των Γενικών Διοικήσεων με υπεραυξημένες αρμοδιότητες. Στις καθορισμένες περιφέρειες διορίζονται Γενικοί Διοικητές. Οι Γενικοί Διοικητές διορίζονται με βαθμό και μισθό Υπουργού και υπάγονται ιεραρχικώς στο Υπουργείο Εσωτερικών. Ο Γενικός Διοικητής προΐσταται όλων των πολιτικών, διοικητικών και των αστυνομικών αρχών στην περιφέρειά του. Επιπλέον, ασκεί και πειθαρχική εξουσία.

Με το ψήφισμα 3265/1925 (τεύχος Α΄ ΦΕΚ 7/12-01-1925) που ουσιαστικά αποτελούσε νόμο πλαίσιο για τον καθορισμό των αρμοδιοτήτων των Γεν. Διοικητών και των Νομαρχών, συστήνεται στο Υπουργείο Εσωτερικών το Ανώτερο Συμβούλιο Αποκέντρωσης (άρθρο 5),το οποίο αποτελούσε μια ενδιαφέρουσα καινοτομία για την εποχή.

Με το Π.Δ. 1928 (τεύχος Α΄ ΦΕΚ 256/05-12-1928) «Περί μετονομασίας Γενικών Διοικήσεων και επαρχιών», η Γενική Διοίκηση Θεσσαλονίκης μετονομάζεται σε Γενική Διοίκηση Μακεδονίας.

Με το Ν. 4393/1929 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 297/20-08-1929) τροποποιείται ο Ν. 3265/1925. Ο Γεν. Διοικητής ασκεί στην περιφέρειά του τα κατά τους νόμους δικαιώματα των Υπουργών, εκτός των Υπουργών της Δικαιοσύνης, των Στρατιωτικών και των Ναυτικών. Η αρμοδιότητα της Αστυνομίας λιμένων και της Εμπορικής Ναυτιλίας του Υπουργείου Ναυτιλίας ανήκει στον Γενικό Διοικητή. Στη Γενική Διοίκηση Μακεδονίας συστήνεται θέση Γενικού Γραμματέα.
Με το Π.Δ. 1930 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 54/22-02-1930) καταργείται η Νομαρχία Θεσσαλονίκης και το προσωπικό μεταφέρεται στη Γενική Διοίκηση Μακεδονίας.

Με τον Α.Ν. 130/1936 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 410/24-09-1936) επί Κυβέρνησης Μεταξά, ενισχύονται οι αρμοδιότητες των Νομαρχών σε σχέση με τους Γενικούς Διοικητές . Ο Νομάρχης υπάγεται πλέον σε όλα τα Υπουργεία και ιδιαιτέρως στο Υπουργείο Εσωτερικών.

Με τον Α.Ν. 159/1945 η Γενική Διοίκηση Μακεδονίας διασπάστηκε σε τρεις επιμέρους (Δυτικής, Κεντρικής και Ανατολικής) και το ίδιο έτος, με τον Α.Ν. 208/1945 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 65/21-03-1945) ιδρύεται Γενική Διοίκηση Βορείου Ελλάδος στην οποία υπάγονται οι Γενικές Διοικήσεις Δυτικής Μακεδονίας, Κεντρικής Μακεδονίας και Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης.