Το αρχείο περιλαμβάνει ένα μεγάλο σώμα ψηφιακών φωτογραφιών υψηλής ανάλυσης, το οποίο αποτυπώνει συστηματικά τη ναυτιλιακή κίνηση στο λιμάνι της Θεσσαλονίκης για ένα διάστημα τριών δεκαετιών (1990–2024). Το περιεχόμενο των τεκμηρίων εστιάζει στις εξής βασικές κατηγορίες:
Εμπορικά Πλοία: Φωτογραφική τεκμηρίωση διαφόρων τύπων φορτηγών πλοίων που έχουν καταπλεύσει στον λιμένα (όπως πλοία μεταφοράς εμπορευματοκιβωτίων/containerships, φορτηγά χύδην φορτίου/bulk carriers και δεξαμενόπλοια), αποτυπώνοντας την εμπορική και οικονομική δραστηριότητα του λιμανιού.
Επιβατηγά Πλοία: Οπτικό υλικό που αφορά επιβατηγά-οχηματαγωγά πλοία (F/B) της ακτοπλοΐας, καθώς και κρουαζιερόπλοια που προσέγγισαν τις επιβατικές υποδομές του λιμένα Θεσσαλονίκης κατά την εξεταζόμενη περίοδο.
Λιμενικό Τοπίο και Δραστηριότητα: Μέσα από τη φωτογράφιση των πλοίων κατά την είσοδο, τον ελλιμενισμό, τη μεθόρμιση ή τη διαδικασία φορτοεκφόρτωσης, τεκμηριώνεται παράλληλα η εξέλιξη των κρηπιδωμάτων, του μηχανολογικού εξοπλισμού και της ευρύτερης εικόνας του θαλάσσιου μετώπου της Θεσσαλονίκης από τη δεκαετία του 1990 έως το 2024.

Το Μουσείο διαθέτει μικρή συλλογή εβραϊκών εφημερίδων, η σηματικότερη των οποίων είναι η "Le Progrès de Salonique" του έτους 1911. Επίσης έχουν συγκεντρωθεί ψηφιακά αντίγραφα των δωσιλογικών εφημερίδων της Κατοχής, για το σύνολο σχεδόν των φύλλων τους.

Ψηφιακό αρχειακό υλικό που σχηματίστηκε μετά από φωτογράφηση εγγράφων σε δημόσιους και ιδιωτικούς φορείς σχετικά με την παρουσία των εβραίων στη Θεσσαλονίκη και την εβραϊκή επιχειρηματικότητα. Επίσης, με τη συνδρομή του Δήμου Θεσσαλονίκης σχηματίστηκε συλλογή αρχιτεκτονικών σχεδίων των εβραιόκτητων εμπορικών κτηρίων (αποκλειστικά καταστήματα και γραφεία) που ανεγέρθηκαν στη Θεσσαλονίκη τη δεκαετία του 1920 και αποτέλεσαν το νέο εμπορικό κέντρο της.
Από το αρχείο της πυρίκαυστης ζώνης του 1917 εντοπίστηκαν οι λησμονημένες θέσεις των παλαιών συναγωγών της Θεσσαλονίκης και από το κοινοτικό αρχείο οι θέσεις και οι φωτογραφίες των κοινοτικών κτηρίων του μεσοπολέμου.
Επίσης, στοιχεία για εβραίους μαθητές και μαθήτριες που κατοικούσαν στη Θεσσαλονίκη πριν το Ολοκαύτωμα συγκεντρώθηκαν στην ψηφιακή εφαρμογή "Χαρτογραφώντας την παιδική ηλικία", η οποία περιέχει πληροφορίες για κάθε μαθητή.