Περιλαμβάνουν λογιστικά βιβλία εβραϊκών εταιρειών, συμβόλαια, μεγάλο μέρος του αρχείου της εταιρείας Salonica-Palestine, η οποία μεριμνούσε για την εγκατάσταση εβραίων στο σημερινό Ισραήλ, αρχεία εβραϊκών οργανισμών ευποιίας (όπως το ίδρυμα Ματανότ Λαεβιονίμ) καθώς και το μέρος του προπολεμικού αρχείου της Ισραηλιτικής Κοινότητας Καβάλας, το οποίο μετά τη διάλυσή της περιήλθε στην ΙΚΘ. Τα βασικά τμήματα του τελευταίου είναι η αλληλογραφία της κοινότητας, η αλληλογραφία της αρχιρραβινείας Καβάλας και τα σχολικά αρχεία. Το ΕΜΘ κατέχει επίσης από δωρεά και το Αρχείο Σ. Τσιμίνο (αντίγραφα δηλώσεων στο Yad Vashem για τα θύματα ης βουλγαρικής ζώνης κατοχής).

Το προπολεμικό αρχείο της Ισραηλιτικής Κοινότητας Θεσσαλονίκης (ΙΚΘ) καλύπτει πολλές πλευρές της πληθωρικής λειτουργίας της. Μετά την ένταξη της Θεσσαλονίκης στην Ελλάδα και την πυρκαγιά του 1917, η ΙΚΘ έπρεπε να προσαρμοστεί στο νέο κρατικό περιβάλλον και βρέθηκε υποχρεωμένη να φροντίσει για χιλιάδες άστεγες οικογένειες. Στο αρχείο της αντανακλάται η ανάπτυξη κοινωφελών δραστηριοτήτων στο πλαίσιο της εβραϊκής κοινότητας λόγω φτώχειας που προκάλεσαν η παγκόσμια ύφεση και ο επαγγελματικός κορεσμός μετά την εγκατάσταση προσφύγων, αλλά και λόγω έλλεψης στέγης.
Το αρχείο περιλαμβάνει ενότητες σχετικές με την ακίνητη περιουσία της ΙΚΘ, ληξιαρχικές πράξεις γεννήσεων, προγαμιαίες δηλώσεις, πιστοποιητικά του Μπέιτ-Ντιν (ιερατικού δικαστηρίου), αναφορές για τους εβραϊκούς συνοικισμούς, μητρώα και λογιστικά βιβλία των ισρηλιτικών σχολείων, καταστατικά και ισολογισμούς ΙΚΘ, λογιστικά κατάστιχα, πρακτικά του κοινοτικού συμβουλίου, έγγραφα σχετικά με το πολυπληθές προσωπικό της ΙΚΘ, αλληλογραφία μεταξύ της αρχιρραβινείας και κοινοτικού συμβουλίου, αλληλογραφία της ΙΚΘ με υπουργεία, έγγραφα για την παραγωγή και διανομή του άζυμου άρτου, καταστατικά και λογιστικά βιβλία εβραϊκών κοινωφελών ιδρυμάτων και έγγραφα σχετικά με το προσωπικό τους, ισολογισμούς και συναφή τεκμήρια. Επίσης, αρχείο σχεδίων και διαγραμμάτων συναγωγών και κοινοτικών κτηρίων.

Τρία βιβλία καταγραμμένα σε κίτρινα δελτία με α/α 685 : Τούρκικα έγγραφα από τα ιστορικά αρχεία Μακεδονίας αναφερόμενα στο Νομό Πιερίας / Καραβέργου, Α.Γ., 686: The young Turks: The committee of union and progress in Turkish politics 1908-1914 / Feroz, Ahmad, 687 : Τα μυστήρια της Θεσσαλονίκης / Χεκίμογλου Ευάγγελος.