Η συλλογή περιέχει πρωτότυπα έγγραφα και χειρόγραφα που αφορούν, κυρίως, στην εκκλησιαστική, πολιτική και εσωτερική ιστορία των νησιών του Αιγαίου Πελάγους και άλλων ελληνικών χωρών τους χρόνους της Φραγκοκρατίας και της Τουρκοκρατίας, αντίγραφα και φωτογραφίες εγγράφων και χειρογράφων από αρχεία της Ευρώπης, της Ελλάδας και της Ανατολής, διάφορα χειρόγραφα και σημειώματα του ιστοριοδίφη καθώς και την αλληλογραφία του με διαπρεπείς Έλληνες και ξένους επιστήμονες.
Επίσης, περιλαμβάνει διάφορα φιρμάνια, μπουγιουρντί, ακτιναμέδες (ahitname) και άλλα έγγραφα, που αφορούν ποικίλες υποθέσεις των νησιών του Αιγαίου Πελάγους, όπως φορολογικές υποθέσεις, απόδοση ιλτιζάμ (iltizam) νήσων και εκμίσθωση δεκάτης, διενέξεις Φράγκων και Ρωμαίων, αποστολή ανδρών και υλικών για τις ανάγκες του αυτοκρατορικού στόλου, περί προστασίας ρωσικών εμπορικών πλοίων, περί μη καταπίεσης ραγιάδων, περί επίλυσης διαφορών ραγιάδων, κ.ά.

Ο κατάλογος της συλλογής διαιρείται σε εννιά (9) κεφάλαια:

1. Εκκλησιαστικά και μοναστηριακά (Πατριαρχεία Κωνσταντινουπόλεως, Ιεροσολύμων, Μητροπόλεις Αγαθοπόλεως, Αθηνών, Άρτης, Βάρνας, Ευρίπου, Εφέσου, Ηρακλείας, Ιωαννίνων, Καισαρείας, Μονεμβασίας, Σάμου, Τυρνόβου, Επισκοπές, Μονές, Μονύδρια, Ναοί)
2. Λατινική Εκκλησία των Νήσων,
3. Σχολικά (Κάσος, Μύκονος, Νάξος, Πάρος, Φολέγανδρος),
4. Κοινοτικά (Κέα, Μύκονος, Νάξος, Πάρος, Πάτμος, Σύρος, Φολέγανδρος),
5. Διοικητικά και Φορολογικά (Λατίνοι δυνάστες, Τουρκοκρατία-Νήσοι Αιγαίου, Άνδρος, Μύκονος, Νάξος, Πάρος, Σίκινος, Σύρος, Φολέγανδρος),
6. Ελληνικές Παροικίες του Εξωτερικού (Ανκόνα & Λιβόρνο),
7. Ιδιωτικά,
8. Διάφορα,
9. Χειρόγραφα
   και εντός των κεφαλαίων έγιναν μικρότερες υποδιαιρέσεις κατά γεωγραφικές ενότητες.

Αναλυτικότερα:
Κ36_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: χειρόγραφα 1-6
Κ37_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 1-43
Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 44-59,
Κ38_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 60-90
Κ39_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 91-110
Κ40_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 111-135
Κ41_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 136-155
Κ42_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 156-172
Κ43_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 173-185

Φάκελος 1: «Ιδιωτικά συμφωνητικά και δημόσια έγγραφα Συρράκου 1, 1794-1889». Περιέχει 49 έγγραφα, κυρίως δανειστικά, ενοικιαστήρια, πωλητήρια, ομολογίες, διαθήκες, διαταγές κ.ά., που αφορούν κατοίκους του Συρράκου Τζουμέρκων.
Φάκελος 2: «Ιδιωτικά συμφωνητικά και δημόσια έγγραφα Συρράκου 2, 1829-1911». Πρόκειται για συνέχεια του προηγούμενου φακέλου με 25 έγγραφα που φέρουν ενιαία αρίθμηση με τα πρώτα (αρ. 50-74): πωλητήρια, αφιερωτικά, χρεωστικά κ.ά..
Φάκελος 3: «Έγγραφα Δημογεροντίας Συρράκου, 1907-1911». Πρόκειται για 24 έγγραφα, εισερχόμενα και εξερχόμενα, της Δημογεροντίας Συρράκου, κυρίως πρόχειρα σημειώματα προς κατοίκους και διαταγές ποικίλου περιεχομένου.
Φάκελος 4: «Μπουγιουρντιά, φιρμάνια, προσταγές πασάδων, 1822-1838». Δέκα έγγραφα με διαταγές μπέηδων και πασάδων προς τους κατοίκους του Συρράκου, γραμμένα στα ελληνικά.
Φάκελος 5: «Οθωμανικά έγγραφα 1». Περιέχει 143 έγγραφα και έντυπα (πιθανόν ομολογίες και αποδείξεις πληρωμής) με οθωμανική γραφή.
Φάκελος 6: «Οθωμανικά έγγραφα 2». Περιέχει 143 έντυπα (πιθανόν αποδείξεις πληρωμής φόρων) με οθωμανική γραφή.
Στο ίδιο κυτίο με τα έγγραφα φυλάσσεται και ένα μετάλλιο της Εκατονταετηρίδος από την Ελληνική Επανάσταση, που φέρει επιγραφή «1821-1930. Το Συρράκον Τέκνοις Αγωνισταίς» στη μία όψη και «1821-1930. Η Πατρίς Ευγνωμονούσα» στην άλλη.

Συλλογή εγγράφων διαφόρων Μονών της Αιτωλίας (πωλητήρια, διαθήκες, ψυχοχάρτια, αφιερωτικά, ομολογίες, επιστολές, οθωμανικά ταπιά (tapu), χοτζέτια (huccet), φετφάδες (fetva), μπουγιουρντί (buyuruldu), τεζκερέδες (tezkere), κ.ά.) που αφορούν, κυρίως, στην κτηματική περιουσία των Μονών.

Συλλογή της Διαμάντως Σταρά:

1. Έγγραφα από την Ήπειρο των ετών 1813-1868, εκ των οποίων μπουγιουρντί των: Αλή Πασά (23 Μαρτίου 1813), Βεζύρη Ομέρ Πασά (23 Ιανουαρίου 1824, 20 Μαΐου 1824 και 2 Σεπτεμβρίου 1824), Βεζύρη Μεχμέτ Ρεσήτ Πασά (19 Ιουνίου 1828), (19 Ιουνίου 1828), Πασά των Ιωαννίνων (17 Οκτωβρίου 1841), που παρέχουν φορολογικές και άλλες ευκολίες στο Μήτζη Παπά Γιώργη Παπά από Γρατζανά,
2. Έντυπο που περιέχει αυτοκρατορικό φιρμάνι προς τον Μαχμούτ Νεδίμ πασά, 30 Σεπτεμβρίου 1875,
3. Φύλλο της εφημερίδας "Ιωάννινα", 2 Μαρτίου 1882.

Αρχείο Ντούλα Γώγου Μπακόλα: συλλογή εβδομήντα δύο (72) εγγράφων αναφερόμενα στη δράση του αρματωλού Δημητρίου Γώγου, γιού του Γώγου Μπακόλα (1824-1873).
Περιέχει μπουγιουρντί, έγγραφα και επιστολές Οθωμανών αρχόντων Άρτας, Τρικάλων κ.λπ. προς τον καπετάν Ντούλα Γώγο καθώς και επιστολές των συγγενών του και άλλων Ελλήνων πολιτικών και στρατιωτικών.