Το αρχείο εκτείνεται από το έτος 1863, καλύπτει κατά συνέπεια την Οθωμανική περίοδο, στο πλαίσιο της οποίας είχε παραχωρηθεί στην Κάλυμνο αυτονομία, με την υποχρέωση καταβολής ενός φόρου κατ’ αποκοπή που ονομάζονταν «μακτού». Τα προνόμια του νησιού επιβεβαιώθηκαν το 1835 με σουλτανικό φιρμάνι. Το έτος 1869 η Κάλυμνος αποδέχεται την παρουσία «Καϊμακάμη» (δικαστή).
Στο αρχείο περιλαμβάνεται η αλληλογραφία της δημογεροντίας με την Καϊμακαμία (Υποδιοίκηση), στην οποία καταγράφονται ζητήματα προνομίων, φόρων, ενοικιάσεων, μηνύσεων και καταγγελιών σε βάρος πολιτών για παραβατικές συμπεριφορές, αδικήματα, για μη ανταπόκριση σε οικονομικές υποχρεώσεις κ.ά. Περιλαμβάνονται ακόμα σπουδαίες πληροφορίες για την σπογγαλιεία του νησιού, καθώς ζητήματα εκπαίδευσης, διορισμών και μισθοδοσίας, δημόσιας υγείας και πρόνοιας (ιατροφαρμακευτική κάλυψη), δημοσίων έργων, διακηρύξεων, απαγορεύσεων κ.λπ.
Το αρχείο καλύπτει επίσης την περίοδο από το 1912 και εξής οπότε το νησί βρισκόταν υπό ιταλική διοίκηση, μέχρι την ένωση με το ελληνικό κράτος το 1948 έως το έτος 1968.
Συγκεκριμένα περιλαμβάνονται οι εξής ενότητες:

1. Πρακτικά Δημοτικού Συμβουλίου και γενικών συνελεύσεων (1863-1927 και 1946-1951)
2. Αλληλογραφία εξερχομένων εγγράφων δημογεροντίας – δημαρχίας των ετών 1864 – 1922
3. Πρωτόκολλα αλληλογραφίας των ετών 1919 – 1957
4. Βιβλία συμβολαιογραφικών πράξεων των ετών 1879 – 1947
5. Βιβλία συμβολαιογραφικών πράξεων ακινήτων (πωλητήρια-υποθήκεςς κ.α.) των ετών 1879 – 1948
6. Σπογγαλιευτικά – ναυτολογήσεις των ετών 1881 – 1926
7. Προνομιούχες εκκινήσεις-άδειες σπογγαλιείας-σπογγαλιευτικά πληρώματα κ.α. των ετών 1902 – 1947
8. Πωλητήρια-ενοικιάσεις-ιδιοκτησίες πλοίων των ετών 1902 – 1947
9. Οικονομικά διάφορα των ετών 1885 – 1965
10. Διάφορα των ετών 1902 – 1968
11. Σύμμεικτοι τόμοι των ετών 1881 – 1946

Βιβλία μονόριγα ακτινογραφιών, βιβλίο μονόριγο παραλαβών φιλμς, βιβλία επισκέψεων - περίθαλψης ακτινολογικού, βιβλία μητρώου ακτινολογικών εργαστηρίων.

Φάκελος λυσσοδεκτών, φάκελος τοξικομανών - ψυχοπαθών, βιβλία παρακολούθησης λογαριασμών φαρμάκων, βιβλίο νοσοκομειακής & φαρμακευτικής περίθαλψης ασφαλισμένων, βιβλίο επιθεώρησης γεωργικών ασφαλίσεων, φάκελοι εκθέσεων αξιολόγησης, φάκελοι ανάληψης υπηρεσίας - μεταθέσεων - αδειών, φάκελοι αλληλογραφίας, βιβλίο διαχειρίσεως υλικού, φάκελος προμηθειών, φάκελος εγκατάστασης και λειτουργίας μηχανημάτων υγειονομικών σταθμών, φάκελος εξετάσεων μαθητών, φάκελος πολιτικής άμυνας, φάκελος ιδιωτικών κλινικών & ιατρών, φάκελος εφημερίες ιατρών, φάκελος ενοικίων ακινήτων, φάκελος δωρητών σώματος - δηλώσεων, φάκελος & βιβλίο εμβολιασμών μαθητών, φάκελοι παραγγελιών φαρμάκων, φάκελοι ανάκλησης - κατάσχεσης - καταστροφής φαρμάκων, φάκελος δικαιολογητικών Εθνικής Αντίστασης και Εμφυλίου Πολέμου, φάκελος γνωματεύσεων της Ε.Α., φάκελοι στατιστικών στοιχείων κινήσεως

Καταστάσεις κίνησης φαρμάκων, ονομαστικές καταστάσεις απόρων, πρωτόκολλα παράδοσης - παραλαβής φαρμάκων και ιατρικών εφοδίων, βιβλία εισαγωγής - εξαγωγής φαρμάκων

Ατομικοί φάκελοι υπαλλήλων, ατομικοί φάκελοι ασθενών, θέματα προσωπικού (τοποθετήσεις, μετατάξεις, προσλήψεις, άδειες κλπ), στατιστικά στοιχεία, βιβλία πρακτικών, καταστάσεις λοιμωδών νοσημάτων, πρωτόκολλα αλληλογραφίας, μισθοδοτικές καταστάσεις, φάκελοι θανόντων, βιβλία εμβολιασμών, παιδική θνησιμότητα, νεφροπαθείς, καρκινοπαθείς, χανσενικοί, επίδοση αδειών ασκήσεως επαγγέλματος ιατρών

Μητρώα χειρουργείου, βιβλία παρασκευασμάτων, μητρώο ψυχιατρικής κλινικής, ατομικοί φάκελοι κοινωνικής Υπηρεσίας.

Γενικά βιβλία τραχωματικών, ειδικό βιβλίο τραχωματικών

Περιέχει 4 βιβλία και 1 φάκελο εγγράφων από το Αντιτραχωματικό Ιατρείο Πυργίου και 1 βιβλίο από το αρχείο του Κοινοτικού Ιατρείου Πυργίου