Η συγκρότηση των φακέλων ακολουθεί τις σχετικές με την τήρηση του αρχείου του Υπουργείου Οικονομικών διατάξεις του 1851: Στην επιφάνεια του περιβλήματος κάθε φακέλου βρίσκεται επικολλημένη λευκή ταινία με ενδείξεις του τμήματος παραγωγής, του έτους συγκρότησης και της θυρίδας ταξινόμησης του φακέλου.

Η αποκατάσταση της αρχικής τάξης των τεκμηρίων (φακέλων) στηρίχθηκε σε χειρόγραφο κατάλογο, τμήμα του πρωτοκόλλου παράδοσης - παραλαβής του αρχείου. Ο κατάλογος παρουσιάζει το υλικό ταξινομημένο σε ένδεκα θεματικές ενότητες (σειρές), αντίστοιχες των θυρίδων ταξινόμησης του συγκεκριμένου υλικού. Κάθε ενότητα διαιρείται σε μικρότερες θεματικές περιοχές (υποσειρές), με κριτήριο διαίρεσης τον τόπο – επαρχία ή νομό – που αφορούν τα τεκμήρια. Εντός των μικρότερων θεματικών ενοτήτων αναπτύσσονται σε ένα χρονικό εύρος, συνεχές ή ασυνεχές, οι φάκελοι.