Με τον Α.Ν. 208/1945 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 65/21-03-1945) ιδρύεται Γενική Διοίκηση Βορείου Ελλάδος στην οποία υπάγονται οι Γενικές Διοικήσεις Δυτικής Μακεδονίας, Κεντρικής Μακεδονίας και Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης. Στη Γενική Διοίκηση Βορείου Ελλάδος διορίζεται Υπουργός Γενικός Διοικητής, ο οποίος είναι και μέλος του Υπουργικού Συμβουλίου.

Με το Ν.Δ. 2536/ (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 225/27-08-1953) περί εποικισμού των παραμεθορίων περιοχών και ενισχύσεως του πληθυσμού αυτών), ανατίθεται παρακολούθηση και εφαρμογή του Ν.Δ. σε Ανώτατη Επιτροπή που αποτελείται από τους Υπουργούς Συντονισμού, Οικονομικών, Βορείου Ελλάδος και Γεωργίας, η οποία εδρεύει στην Αθήνα.

Με το Ν. 3200/1955 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 97/23-04-1955) περί Διοικητικής Αποκέντρωσης καταργούνται όλες οι Γενικές Διοικήσεις και ανασυστήνονται οι Νομαρχίες.

Η Γενική Διοίκηση Βορείου Ελλάδος μετατρέπεται σε Υπουργείο Βόρειας Ελλάδας με έδρα τη Θεσσαλονίκη. Με το Ν.Δ. 1/1968 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 270/21-11-1968) περί Υπουργικού Συμβουλίου και Υπουργείων, το Υπουργείο Βορείου Ελλάδος συμμετέχει στο Συμβούλιο Εθνικής Πολιτικής.