Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Προσωπικού: ατομικοί φάκελοι προσωπικού του Λιμεναρχείου, βιβλία αναφοράς προσωπικού
Β. Στοιχεία Πλοίων και Πληρωμάτων: δελτία κινήσεως σκαφών, δηλώσεις σκαφών, φύλλα ελέγχου επαγγελματικών αλιευτικών σκαφών, έγγραφα μεταβιβάσεων, ανανεώσεων, μεταβολών, καταργήσεων αδειών σκαφών, έγγραφα μεταλεμβολόγησης, βιβλία ημερησίων αναφορών πληρωμάτων
Γ. Στοιχεία αλιείας: αιτήσεις και δικαιολογητικά για έκδοση ατομικών αδειών αλιείας, διαταγές και εγκύκλιοι για τρόπους ψαρέματος, έγγραφα περί αλιείας κοραλλιών, οστράκων και σπόγγων.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: έγγραφα περί εκθαλάσσωσης θαλασσίων χελωνών
Β. Στοιχεία αλιείας: αιτήσεις για έκδοση και ανανέωση αδειών αλιείας καθώς και απόπλου για αλιεία στα διεθνή ύδατα, έγγραφα επιτροπής ελέγχων ιχθυοπαγίδων, στατιστικά στοιχεία σπογγαλιείας, έγγραφα περί χορήγησης αδειών οστρακοκαλλιέργειας και αλιείας δολωμάτων, έγγραφα αλιευτικών ελέγχων εν όψει τριημέρου Καθαράς Δευτέρας και περιόδου Σαρακοστής
Γ. Στοιχεία Πλοίων: έγγραφα περί μετεγγραφών σκαφών, κατάπλου κρουαζιερόπλοιων και θαλαμηγών.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: πίνακες κρουαζιερόπλοιων και καταστάσεις κίνησης θαλαμηγών, ημερολόγια κίνησης πλωτών, πιστοποιητικά επιβατηγών και οχηματαγωγών πλοίων, πιστοποιητικά γραμμής φόρτωσης πλοίων και ασφαλούς διαχείρισης, έγγραφα και βιβλία περί απόπλου και δρομολογίων πλοίων, άδειες σκοπιμότητας πλοίου στη γραμμή Πούντας – Ελαφονήσου – Νεάπολης Βοιών, άδειες πετρελαίου, άδειες λειτουργίας τηλεπικοινωνιακού σταθμού πλοίων, άδειες VHF, έγγραφα περί επιθεωρήσεων πλοίων, ναύλων, εθνικότητας πλοίων, άγονης γραμμής Κυθήρων – Αντικυθήρων, τακτικής δρομολόγησης στην γραμμή Ελαφόνησος – Πούντα, μεταφοράς επικίνδυνων φορτίων, φάκελοι πλοίων: «Ελαφόνησος», «ΒΕΡΟΝΙΚΗ», «Χρυσή Άμμος», «Μαράκι», «ΑΘΗΝΑ», «Ανδρέας ΙΙ», «ΕΤΖΙΑΝ ΓΚΛΟΡΥ», «ΡΟΜΙΛΝΤΑ», «ΔΕΛΦΙΝΙ Ι», «ΔΕΛΦΙΝΙ ΙΙ», «ΔΕΛΦΙΝΙ V», «ΔΕΛΦΙΝΙ XIV», «ΣΠΥΡΙΔΟΥΛΑ», «ΕΛΑΦΙ», «ΔΩΡΑ», «ΜΥΡΤΙΔΙΩΤΙΣΣΑ», βιβλία ημερήσιας αναφοράς και παρουσίασης πληρώματος, έγγραφα περί σύνθεσης πληρωμάτων και καθορισμού συνδέσεως πληρωμάτων επιβατηγών – οχηματαγωγών, φωτογραφίες του επιβατηγού – οχηματαγωγού «ΜΑΡΘΑ»
Β. Οικονομικά στοιχεία: έγγραφα περί μισθώσεων και εκμισθώσεων θαλάσσιων μέσων αναψυχής, δικαιολογητικά οδοιπορικών εξόδων και καυσίμων, καταστάσεις μισθοδοσίας προσωπικού Λιμεναρχείου, έγγραφα περί επιδομάτων και αμοιβών πληρωμάτων, καταστάσεις ενοικίου οικήματος Λιμεναρχείου.
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα διαγωνισμών δοκίμων υπαξιωματικών και λιμενοφυλάκων, μηνιαία προγράμματα βαρδιών προσωπικού, έγγραφα περί νυχτερινής απασχόλησης, ατομικοί φάκελοι των υπηρετούντων στο Λιμεναρχείο Νεάπολης Βοιών και στους Λιμενικούς Σταθμούς Αγίας Πελαγίας, Καψαλίου, Ελαφονήσου και Μονεμβασίας
Δ. Λιμενική Αστυνομία: δελτία συμβάντων, πίνακες παραβάσεων και ατυχημάτων. Έγγραφα περί προστίμων, ατυχημάτων εργασίας στη θάλασσα, παραβάσεων κανονισμού λιμένος, ύποπτων σκαφών και καταζητούμενων λέμβων
Ε. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με Διευθύνσεις και Τμήματα Υπαξιωματικών και Λιμενοφυλάκων, Διοικητικής Μέριμνας, Προγραμματισμού, Οργάνωσης και Εκπαίδευσης – Μετεκπαίδευσης, Απλούστευσης Διαδικασιών και Ποιότητας Υπηρεσιών, Υγειονομικού, Έρευνας και Διάσωσης, Νομοπαρασκευαστικής Εργασίας, έγγραφα περί αντιμετώπισης κλοπών, διεξαγωγής παιγνίων, συναλλάγματος, βουλευτικών και δημοτικών εκλογών, λειτουργίας θαλάσσιων λουτρών και ύπαρξης λουόμενων και ναυαγοσωστών
ΣΤ. Στοιχεία Ναυτικών: κατάλογοι και δικαιολογητικά ανέργων ναυτικών.
Ζ. Στοιχεία Αλιείας: αιτήσεις και άδειες κινήσεως αλιευτικών σκαφών, έγγραφα περί αλιευτικών επιθεωρήσεων και προστίμων, έγγραφα περί σπογγαλιείας
Η. Στοιχεία Λιμενικού Σώματος: στατιστικά στοιχεία δραστηριοτήτων Λιμενικού Σώματος.

Φάκελοι:
Επιτροπές – Γεωργικά βραβεία – Συσκέψεις – Εκπομπές, Συνεταιρισμός Κεραμιδίου, Πεστροφοκαλλιέργεια, Ιχθυοκαλλιέργειες, Αλληλογραφία, σύλλογος, ρύπανση, Μέση αλιεία – Παράκτιος – Ερασιτεχνική, Λιμενικά έργα, Ιχθυοτροφεία, Επιτροπές – Μετεκπαίδευση – Σεμινάρια – Συλλογικά όργανα, Γενικές διατάξεις προσωπικού, Ε.Ο.Κ. – Διάφορες εγκύκλιοι, Εγκύκλιοι οικονομικής φύσεως, Επιδοτήσεις αλιευμάτων, Επιδοτήσεις σπόγγων, Βιοτεχνίες αλιπάστων - Αλιευτικοί σύλλογοι – συνεταιρισμοί, Υπαλλήλων τέως λίμνης Κάρλας

Βιβλία:
Πρωτόκολλο Τεχνικής Εποπτείας Αλιείας Βόλου, Πρωτόκολλο Τεχνικής Εποπτείας Λίμνης Κάρλα, Πρωτόκολλο Αλληλογραφίας, Μισθολόγια και βιβλία Μισθοδοσίας.

Το αρχείο εκτείνεται από το έτος 1863, καλύπτει κατά συνέπεια την Οθωμανική περίοδο, στο πλαίσιο της οποίας είχε παραχωρηθεί στην Κάλυμνο αυτονομία, με την υποχρέωση καταβολής ενός φόρου κατ’ αποκοπή που ονομάζονταν «μακτού». Τα προνόμια του νησιού επιβεβαιώθηκαν το 1835 με σουλτανικό φιρμάνι. Το έτος 1869 η Κάλυμνος αποδέχεται την παρουσία «Καϊμακάμη» (δικαστή).
Στο αρχείο περιλαμβάνεται η αλληλογραφία της δημογεροντίας με την Καϊμακαμία (Υποδιοίκηση), στην οποία καταγράφονται ζητήματα προνομίων, φόρων, ενοικιάσεων, μηνύσεων και καταγγελιών σε βάρος πολιτών για παραβατικές συμπεριφορές, αδικήματα, για μη ανταπόκριση σε οικονομικές υποχρεώσεις κ.ά. Περιλαμβάνονται ακόμα σπουδαίες πληροφορίες για την σπογγαλιεία του νησιού, καθώς ζητήματα εκπαίδευσης, διορισμών και μισθοδοσίας, δημόσιας υγείας και πρόνοιας (ιατροφαρμακευτική κάλυψη), δημοσίων έργων, διακηρύξεων, απαγορεύσεων κ.λπ.
Το αρχείο καλύπτει επίσης την περίοδο από το 1912 και εξής οπότε το νησί βρισκόταν υπό ιταλική διοίκηση, μέχρι την ένωση με το ελληνικό κράτος το 1948 έως το έτος 1968.
Συγκεκριμένα περιλαμβάνονται οι εξής ενότητες:

1. Πρακτικά Δημοτικού Συμβουλίου και γενικών συνελεύσεων (1863-1927 και 1946-1951)
2. Αλληλογραφία εξερχομένων εγγράφων δημογεροντίας – δημαρχίας των ετών 1864 – 1922
3. Πρωτόκολλα αλληλογραφίας των ετών 1919 – 1957
4. Βιβλία συμβολαιογραφικών πράξεων των ετών 1879 – 1947
5. Βιβλία συμβολαιογραφικών πράξεων ακινήτων (πωλητήρια-υποθήκεςς κ.α.) των ετών 1879 – 1948
6. Σπογγαλιευτικά – ναυτολογήσεις των ετών 1881 – 1926
7. Προνομιούχες εκκινήσεις-άδειες σπογγαλιείας-σπογγαλιευτικά πληρώματα κ.α. των ετών 1902 – 1947
8. Πωλητήρια-ενοικιάσεις-ιδιοκτησίες πλοίων των ετών 1902 – 1947
9. Οικονομικά διάφορα των ετών 1885 – 1965
10. Διάφορα των ετών 1902 – 1968
11. Σύμμεικτοι τόμοι των ετών 1881 – 1946