Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Προσωπικού: ατομικοί φάκελοι προσωπικού του Λιμεναρχείου, βιβλία αναφοράς προσωπικού
Β. Στοιχεία Πλοίων και Πληρωμάτων: δελτία κινήσεως σκαφών, δηλώσεις σκαφών, φύλλα ελέγχου επαγγελματικών αλιευτικών σκαφών, έγγραφα μεταβιβάσεων, ανανεώσεων, μεταβολών, καταργήσεων αδειών σκαφών, έγγραφα μεταλεμβολόγησης, βιβλία ημερησίων αναφορών πληρωμάτων
Γ. Στοιχεία αλιείας: αιτήσεις και δικαιολογητικά για έκδοση ατομικών αδειών αλιείας, διαταγές και εγκύκλιοι για τρόπους ψαρέματος, έγγραφα περί αλιείας κοραλλιών, οστράκων και σπόγγων.

1) Τμήμα 1 Γενικής Λιμενικής Αστυνομίας: Ακτοπλοϊκή - πορθμιακή κίνηση επιβατών.Στοιχεία πνιγμών. Δελτία συμβάντων. Δελτία συμβάντων. Επισκευές πλοίων / Πυρασφάλεια λιμένων / Αναζητήσεις / Ασφάλεια λιμένων. 2) Τμήμα 3 Κανονισμών και Διατάξεων: Συλλογή στοιχείων για νομοθεσία. Έλεγχος αλιείας. Προστασία αλιείας-αλιεράτες. Έλεγχος σπογγαλιείας-προστασία λοιπών υδρόβιων οργανισμών. Άδειες αλιευτικών σκαφών. Δίωξη-κυρώσεις για παράνομη αλιεία. Διακίνηση ιχθύων και λοιπών αλιευμάτων. Διεθνείς συμβάσεις-αλιευτικά θέματα ΕΟΚ. Υδατοκαλλιέργειες. Διάφορα: Απεργίες. Λεμβολόγια. Υποβρύχια δραστηριότητα. Προστασία υγείας και ασφάλειας εργαζομένων. Παροπλισμένα πλοία. Ναυάγια