Η συλλογή περιέχει πρωτότυπα έγγραφα και χειρόγραφα που αφορούν, κυρίως, στην εκκλησιαστική, πολιτική και εσωτερική ιστορία των νησιών του Αιγαίου Πελάγους και άλλων ελληνικών χωρών τους χρόνους της Φραγκοκρατίας και της Τουρκοκρατίας, αντίγραφα και φωτογραφίες εγγράφων και χειρογράφων από αρχεία της Ευρώπης, της Ελλάδας και της Ανατολής, διάφορα χειρόγραφα και σημειώματα του ιστοριοδίφη καθώς και την αλληλογραφία του με διαπρεπείς Έλληνες και ξένους επιστήμονες.
Επίσης, περιλαμβάνει διάφορα φιρμάνια, μπουγιουρντί, ακτιναμέδες (ahitname) και άλλα έγγραφα, που αφορούν ποικίλες υποθέσεις των νησιών του Αιγαίου Πελάγους, όπως φορολογικές υποθέσεις, απόδοση ιλτιζάμ (iltizam) νήσων και εκμίσθωση δεκάτης, διενέξεις Φράγκων και Ρωμαίων, αποστολή ανδρών και υλικών για τις ανάγκες του αυτοκρατορικού στόλου, περί προστασίας ρωσικών εμπορικών πλοίων, περί μη καταπίεσης ραγιάδων, περί επίλυσης διαφορών ραγιάδων, κ.ά.

Ο κατάλογος της συλλογής διαιρείται σε εννιά (9) κεφάλαια:

1. Εκκλησιαστικά και μοναστηριακά (Πατριαρχεία Κωνσταντινουπόλεως, Ιεροσολύμων, Μητροπόλεις Αγαθοπόλεως, Αθηνών, Άρτης, Βάρνας, Ευρίπου, Εφέσου, Ηρακλείας, Ιωαννίνων, Καισαρείας, Μονεμβασίας, Σάμου, Τυρνόβου, Επισκοπές, Μονές, Μονύδρια, Ναοί)
2. Λατινική Εκκλησία των Νήσων,
3. Σχολικά (Κάσος, Μύκονος, Νάξος, Πάρος, Φολέγανδρος),
4. Κοινοτικά (Κέα, Μύκονος, Νάξος, Πάρος, Πάτμος, Σύρος, Φολέγανδρος),
5. Διοικητικά και Φορολογικά (Λατίνοι δυνάστες, Τουρκοκρατία-Νήσοι Αιγαίου, Άνδρος, Μύκονος, Νάξος, Πάρος, Σίκινος, Σύρος, Φολέγανδρος),
6. Ελληνικές Παροικίες του Εξωτερικού (Ανκόνα & Λιβόρνο),
7. Ιδιωτικά,
8. Διάφορα,
9. Χειρόγραφα
   και εντός των κεφαλαίων έγιναν μικρότερες υποδιαιρέσεις κατά γεωγραφικές ενότητες.

Αναλυτικότερα:
Κ36_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: χειρόγραφα 1-6
Κ37_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 1-43
Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 44-59,
Κ38_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 60-90
Κ39_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 91-110
Κ40_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 111-135
Κ41_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 136-155
Κ42_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 156-172
Κ43_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 173-185

Χαρακτικό με δύο θέματα. Στο πρώτο απεικονίζεται το εσωτερικό του ναού της Αποκάλυψης στην Πάτμο, στο δεύτερο απεικονίζονται γυναίκες σε σκηνή καθημερινής ζωής στο νησί της Πάτμου.
Σχεδιαστής: Eenens
Σχεδιαστής: Peeterman
Σχεδιαστής: Plou
Σχεδιαστής: Delpierre
Χαράκτης: Calcographie Royale de J. Goubaud

Πιστοποιητικό βάπτισης του Νικολάου Οικονομίδη στην Πάτμο (1815)· διορισμός του από την Πελοποννησιακή Γερουσία ως αρχηγού των αρμάτων Νεοκάστρου (1822)· βεβαίωση των κατοίκων Νεοκάστρου για τη δράση του στην περιοχή (1823)· προβιβασμός του Νικολάου Οικονομίδη στον βαθμό του χιλίαρχου (1823)· διαταγές, γνωστοποιήσεις και αναφορές του επαρχείου Νεοκάστρου, του Υπουργείου Πολεμικών προς τον Νικόλαο Οικονομίδη (1823-1829)· αναφορά εξόδων του ίδιου ως συνοδού της γαλλικής στρατιωτικής αποστολής (1828)· διορισμός του ως αστυνόμου της πόλης Νεοκάστρου (1829) και προβιβασμός του σε υποστράτηγο (1876).

Περιέχει αντίγραφα, αυτούσια ή σε περίληψη, των εξερχομένων εγγράφων του Εκτάκτου Επιτρόπου Ανατολικών Σποράδων, από 3 Μαΐου 1830 έως 25 Αυγούστου 1830, καθώς και των εισερχομένων, από 27 Φεβρουαρίου 1829 έως 18 Απριλίου 1829. Οι Ανατολικές Σποράδες ήταν διοικητική περιφέρεια με έδρα τη Σάμο. Η συγκεκριμένη διαίρεση ίσχυσε μόνο μεταξύ 1828 και 1830 και τη θέση του Εκτάκτου Επιτρόπου κατείχε ο Ιωάννης Κωλέττης.

Βιβλία εργαζομένων στο λιμένα Πάτμου, δικαιολογητικά παραβάσεων γενικού κανονισμού 1991-1996, δικαιολογητικά εκδόσεων αδειών αλιείας, άδειες καταδυτικού κέντρου Λέγκου Ειρήνη, βεβαιώσεις εκλογών αλιευτικού συλλόγου, μηνιαίο δελτίο δικαιολογητικών κίνησης επιβατηγών πλοίων με πλήρωμα αλλοδαπών ναυτικών, έγγραφα σχετικά με: μειοδοτικό διαγωνισμό γραμμής Καλύμνου-Ψερίμου, εκφόρτωση συσκευασμένων επικίνδυνων φορτίων, λιμενική αστυνομία, βλάβες πλοίων, αλληλογραφία πλωτών και χερσαίων μέσων, οικονομική ενίσχυση, μεταβολές πληρωμάτων εμπορικών πλοίων, Ε/Γ-Δ/Ρ «Κωστάκης», απόσυρση σκαφών, τυχερά παιχνίδια.