Το αρχείο περιλαμβάνει υλικό που αφορά τη δίκη του Κυριακίδη τον Οκτώβριο του 1943. Συγκεκριμένα περιέχονται η κλήση ως κατηγορουμένου, η παραπεμπτική διαταγή, ο κατάλογος μαρτύρων κατηγορίας, η πρόταση του βασιλικού επιτρόπου, η απόφαση του στρατοδικείου. Υπάρχουν τα πρωτότυπα και τα αντίγραφά τους.

Το αρχείο περιέχει υλικό που αφορά τη σταδιοδρομία του Κύρη κυρίως στα υποβρύχια και στη Μ. Ανατολή. Χωρίζεται στις εξής σειρές:
Ι) «Ιστορικά» (1918-1946, φάκ. 1-5)
Αναφορές, διαταγές, εκθέσεις, σημειώματα, κείμενα λόγων, πίνακες αξιωματικών, ναυτικά σήματα, φύλλα της φιλοεαμικής εφημερίδας Ελευθερία, παραπεμπτικές διαταγές, αποφάσεις στρατοδικείων κ.λπ. που αφορούν κυρίως την εκδήλωση και την καταστολή του Κινήματος Μέσης Ανατολής, τις εκκαθαρίσεις που έλαβαν χώρα στο Στόλο, τη συλλογή πληροφοριών για την πολιτική κατάσταση στην Ελλάδα, την πολεμική δράση του Στόλου, τις απώλειες και την κατάσταση των πλοίων επιφανείας και των υποβρυχίων, την εξέλιξη του πολέμου, τις μεταβολές στην κυβέρνηση του Καΐρου κλπ. Στο φάκελο 3 περιλαμβάνεται επίσης υλικό που αφορά το καταδρομικό «Έλλη» (εκθέσεις για βλάβες στα ηλεκτρολογικά) το θωρηκτό «Λήμνος» (εσωτερικοί οργανισμοί) και το θωρηκτό «Κιλκίς».
ΙΙ) «Τεχνικά υποβρυχίων» (1927-1936, φάκ. 6-10)
Τεχνικές μελέτες, εκθέσεις, κείμενα διαλέξεων και μαθημάτων, σχεδιαγράμματα, σχέδια συμβάσεων και φάκελοι εταιρειών, διαταγές σχετικές με τη λειτουργία και συντήρηση μηχανικών μερών των υποβρυχίων (κυρίως συσσωρευτών, ηλεκτρικών, περισκοπίων) Επίσης διαταγές και πρακτικά που αφορούν τις εργασίες της επιτροπής παραλαβής του υποβρυχίου «Νηρεύς».
ΙΙΙ) «Οργάνωσις υποβρυχίων» (1924-1949, φάκ. 11-13)
Μελέτες, σχεδιαγράμματα, οδηγίες, εσωτερικοί κανονισμοί, κείμενα μαθημάτων, αλληλογραφία, που αφορούν την εσωτερική οργάνωση των υποβρυχίων, την ιστορία του όπλου, τις τεχνικές επίθεσης κ.ά. Τα περισσότερα φαίνεται ότι είναι διδακτικό υλικό για τα μαθήματα στη Σχολή Υποβρυχίων καθώς και στην Ανωτάτη Διοίκηση Υποβρυχίων.
ΙV) «Προσωπικού»-«Ατομικά» (1920-1944, φάκ. 14-16)
Η σειρά περιλαμβάνει ποικίλο υλικό (εκθέσεις, πίνακες υπηρεσίας, τηλεγραφήματα, αναφορές κ.λπ.) με στοιχεία σχετικά με τη σταδιοδρομία διαφόρων αξιωματικών του Ναυτικού (μεταθέσεις, τιμωρίες, υπηρεσίες κ.λπ.), καθώς και για την εκδήλωση και την καταστολή του κινήματος του 1935. Περιέχεται επίσης υπηρεσιακή αλληλογραφία που αφορά τη σταδιοδρομία του Κύρη (διορισμοί). Σημαντικές είναι οι εκθέσεις του Κύρη για τη συμβολή του στην καταστολή των κινημάτων του 1935 και της Μέσης Ανατολής (1944), της δράσης του ως κυβερνήτη του «Ιέραξ» και του «Πίνδος» (1941-1942) (στην έκθεσή του ως κυβερνήτη του «Πίνδος» εκθέτει και τα της αποστολής του στην Αγγλία).
V) Πολεμικές εκθέσεις-Διάφορα (1940-1952, φάκ. 17-18)
Πολεμικές εκθέσεις των υποναυάρχων Ε. Καββαδία και Αλέξ. Σακελλαρίου (που διετέλεσαν Αρχηγοί Στόλου την περίοδο 1940-1943) σχετικά με τη δράση του πολεμικού ναυτικού από τον Απρίλιο του 1941 ως το Δεκέμβριο του 1942. Επίσης έκθεση Καββαδία για τα «πολιτικά παρασκήνια του εκπατρισθέντος ναυτικού» και πρακτικά γαλλοβρετανικών συνεννοήσεων (Μάρτιος-Μάιος 1940).
Επίσης περιλαμβάνονται αποφάσεις υπουργείου Ναυτικών για συγκρότηση ανακριτικών συμβουλίων (1952), δελτία κινήσεως πλοίων (1941-1943), έκθεση για τη δράση του ελληνικού πολεμικού ναυτικού, ναυτικά σήματα και εκθέσεις για τον ανθυποβρυχιακό πόλεμο