Το αρχείο του Ναυτικού Διευθυντηρίου αποτελείται από φακέλους εγγράφων, η θεματολογία των οποίων είναι κοινή με του Υπουργείου Ναυτικών. Στο αρχείο περιλαμβάνονται έγγραφα για τα θέματα προσωπικού (ανάγκες του Ναυτικού Διευθυντηρίου και Ναυστάθμου, διορισμοί, απολύσεις, πρωτόκολλα ορκωμοσίας, μετακινήσεις κ.ά.), λογαριασμούς τροφοδοσίας πλοίων και μισθοδοσίας ναυτικών, θέματα δικαιοσύνης, υγειονομικής περίθαλψης, ναυτικής εκπαίδευσης, προμήθειες και διαχείριση υλικών, κατασκευαστικά και επισκευαστικά έργα στο ναύσταθμο και σε πλοία. Τα λυτά έγγραφα του αρχείου ταξινομούνται θεματικά ανά θυρίδα και φάκελο (56 θυρίδες). Επίσης, στο αρχείο συμπεριλαμβάνονται και κατάστιχα (κυρίως πρωτόκολλα).

Περιέχει έγγραφα του Υπουργείου Αστυνομίας και του Προσωρινού Εγκληματικού Δικαστηρίου με την Προσωρινή Διοίκηση, τη Διοικητική Επιτροπή της Ελλάδος, το Συμβούλιο των Υπουργών, το Εκτελεστικό Σώμα, το Βουλευτικό Σώμα, άλλα υπουργεία (Εσωτερικών, Δικαίου, Θρησκείας, Πολέμου, Ναυτικών, Οικονομίας), αρχές (Γενικοί Αστυνόμοι/Γενικοί Αρμοστές Αστυνομίας, Υπαστυνόμοι, Έπαρχοι, Πολιτάρχες, Δημογέροντες, Πρόκριτοι κ.λπ.) και φυσικά πρόσωπα: αλληλογραφία, αναφορές, διαταγές κ.λπ. σχετικά με υπηρεσιακά ζητήματα αρμοδιότητας του Υπουργείου Αστυνομίας: ποινικές υποθέσεις, αστικές υποθέσεις, αναζήτηση-σύλληψη-προφυλάκιση-φυλάκιση-αποφυλάκιση κατηγορουμένων/υπόπτων, κλήσεις σε εναγόμενους να παρουσιαστούν στη διοίκηση, αναφορές-καταγγελίες-αγωγές φυσικών προσώπων κατά τρίτων, καταθέσεις-απολογίες, ανακρίσεις, σύσταση ερευνητικών επιτροπών και πορίσματα ερευνών, μισθοδοσία-τροφοδοσία αξιωματούχων/υπαλλήλων, διαχείριση πληθυσμού, δημόσια τάξη, δημόσια ασφάλεια, δημόσια υγεία, πειρατεία, ληστεία, κατασκοπία, καταχρήσεις στρατιωτικών/αξιωματούχων, οικονομικές διαφορές, κλοπές, ζωοκλοπές, βιαιοπραγίες, αιχμάλωτοι, περίθαλψη αιχμαλώτων/φυλακισμένων, εθνικά οικήματα/μαγαζιά, αιτήσεις διορισμών/διορισμοί, οικογενειακές διαφορές, κτηματικές διαφορές, μοναστήρια, αναζήτηση θησαυρών, χορήγηση πολεμοφοδίων-σιτηρεσίων, εθνικές πρόσοδοι, δραπέτες-φυγάδες, βιασμοί, στρατιωτικές επιχειρήσεις/ναυμαχίες, πολιορκία Μεσολογγίου, εμφύλιες διαμάχες, πολιτικές διαμάχες, αγορανομία, λοιμοκαθαρτήρια, επιδημίες, φυλακές, απογραφές πληθυσμού, λιποταξίες, κληρονομικά/διαθήκες, φόνοι, στέγαση πληθυσμού και αξιωματούχων/στρατιωτικών, χορήγηση διαβατηρίων/εφοδιαστικών εγγράφων, πειθαρχικά παραπτώματα, κίνηση λιμένων, Λιμεναρχεία, κιβδηλοποιία, έρανοι, μισθολογικές διαφορές κ.ά.

Το αρχείο διαρθρώνεται σε υποαρχεία των επιμέρους Τμημάτων του με τις αρχειακές σειρές να διαμορφώνονται ως ακολούθως: Τμήμα Α' Διοικητικό: Αλλαγές επωνύμων, Αλλοδαποί-ειδήσεις μεθορίου, χορηγούμενες άδειες περιήγησης της Ελλάδας, Αστυνομία, Δημαιρεσιακά έξοδα, Δημόσια ασφάλεια, Εκδουλεύσεις αγωνιστών, Εκλογικά, Επικουρίες και αμοιβές, Καθυστερούντες και καθ' υπέρβαση μισθοί και έξοδα, Μισθοί και έξοδα διοικητικών υπαλλήλων, Μισθοί και έξοδα ποινικών υπαλλήλων, Πολιτογραφήσεις, Προσωπικό υπουργείων και νομαρχιών, Στρατός, Συντάξεις απομάχων χηρών και ορφανών, Τελετές και πανηγύρεις, Φυλακές. Τμήμα Β' Δημοτικό: Αγαθοεργίες και αγαθοεργά καταστήματα, Αναθήματα-κληροδοτήματα, Δημοτικά διοικήσεων και νομών, Δημοτικές αρμοδιότητες, Δημοτικοί κανονισμοί, Εκθετα τέκνα, Επαρχιακά διοικήσεων και νομών, Επαρχιακά Συμβούλια, Ερανοι, Καθυστερούντες και καθ' υπέρβαση μισθοί και έξοδα, Φορολογία. Τμήμα Γ' Υγειονομικό: Εμβολιασμοί, Ιατρική εκπαίδευση, Μεταβολές ιατρικού προσωπικού, Μεταβολές υγειονομικών υπαλλήλων, Μισθοί και έξοδα υγειονομικών υπαλλήλων και ιατρών, Νόσοι εσωτερικοί-εξωτερικοί, Σύσταση και υπηρεσία λοιμοκαθαρτηρίων, Σύσταση και υπηρεσία υγειονομείων, Υγειονομικαί εισπράξεις, Υγειονομικές καθάρσεις, Υγειονομικές παραβάσεις, Υγειονομικοί κανονισμοί, Υπηρεσία ιατρών, Φάρμακα και φαρμακεία, Φωτισμός-καθαριότητα και νεκροταφεία πόλεων. Τμήμα Δ' Δημόσιας Οικονομίας: Αποικίες-μετοικεσίες-συνοικισμοί, Αρχαιότητες, Ασφαλιστικά καταστήματα, Ατμοπλοΐα, Βιομηχανία-θέατρα-παγκόσμιες εκθέσεις, Γεωργία, Γραφείο Δημόσιας Οικονομίας, Δασονομία-αγρονομία-αγροφυλακή-Γεωργική Σχολή Τίρυνθας , Δενδροκομεία, Δημητριακοί καρποί, Δημόσιοι πρόσοδοι, Εθνικά- ιδιωτικά-διαφιλονικούμενα-εκκλησιαστικά κτήματα και προικοδοτήσεις, Εθνικά-διαφιλονικούμενα-εκκλησιαστικά κτήματα και προικοδοτήσεις, Εκπαιδευτικά καταστήματα-υπότροφοι, Εμπόριο, Επιστημονικές συλλογές, Εφημερίδες και περιοδικά συγγράμματα, Ιπποφορβείο, Κατάπλοι και απόπλοι, Κτηνοτροφία, Λατομεία, Λαχεία, Μεταθέσεις πρωτευουσών, Μέταλλα-μεταλλεία, Μέτρα και σταθμά, Μνημεία, Ναυτιλία, Οροθεσίες δήμων και χωριών, Παράσημα, Σιδηρόδρομοι, Στατιστικά, Συγχωνεύσεις και μετασχηματισμοί δήμων, Σχέδια πόλεων, Ταχυδρομικά, Ταχυδρομικά τέλη, Ταχυδρομικές συμβάσεις, Τηλεγραφικά, Τοπογραφικοί χάρτες, Υλοτομία, Χρηματικές προκαταβολές, Χρηματικές τράπεζες, Χρηματικές τράπεζες-χρηματικές προκαταβολές-τοπογραφικοί χάρτες. Τμήμα Ε' Δημοσίων Έργων: Oδοποιΐα, Γεφυροποΐα, Δημόσια κτίρια, Ιερά καταστήματα, Λιμενικά έργα: φάροι-προκυμαίες, Μηχανικό: υπηρεσία γεωμετρών και αρχιτεκτόνων, Μισθοί και έξοδα προσωπικού δημοσίων έργων, Υδραυλικά έργα: φρέατα-διώρυγες-οχετοί-αποξηράνσεις λιμνών και ελών.