Κώδικας Μεστών παλαιός που χρησιμοποιήθηκε μετά την επανάσταση από το 1830 μέχρι το 1883 για την απογραφή των ανηκόντων στο ναό των Ταξιαρχών αγρών, ελαιών, των χαρατσίων όπου είχαν τα Μεστά στον Κάμπο. Περιέχει πράξεις Κοινοτικές για τις υποχρεώσεις ηγουμένων (επιστατών εκκλησίας) για περιοδείες σε άλλα χωριά, για αφιερώσεις αγρών στο ναό των Ταξιαρχών. Στο φ1 έχει σημείωση, ενθύμημα, του 1776 Νοεμβρίου 25,

Το υλικό του αρχείου περιλαμβάνει δικαστικές αποφάσεις, αγωγές, γνωμοδοτήσεις, αποδείξεις, σχεδιαγράμματα, αλληλογραφία με το Υπουργείο Εκκλησιαστικών και Δημοσίας Εκπαιδεύσεως, σχετικά με οικονομικές και κτηματικές διαφορές της Ιεράς Μονής Πετράκη με το ελληνικό Δημόσιο, τον Δήμο Αθηναίων, την κοινότητα Ζωγράφου, τον 45ο Συνεταιρισμό Δημοσίων Υπαλλήλων και διάφορους ιδιώτες (Νικόλαο Μάνο κ.ά.). Οι υποθέσεις αφορούν κτήματα στις περιοχές του Γουδιού και των Αμπελοκήπων.

Το αρχείο αποτελείται από τις σειρές: α) "Εκκλησιαστικά" με περιεχόμενο που αφορά στα Επαρχεία Κερκύρας, Κεφαλληνίας, Ζακύνθου, Λευκάδος, Ιθάκης, Κυθήρων και Παξών και β) "Εκπαιδευτικά" με υποσειρές που αφορούν τη Γενική Διεύθυνση Αρχοντείου, την Ανώτατη και Εκκλησιαστική Εκπαίδευση καθώς και αλφαβητικά ευρετήρια καθηγητών, σπουδαστών, προκαταρκτικών σχολείων και κληροδοτημάτων.

Διαχειριστικά έγγραφα που αφορούν στην εκμετάλλευση της κτηματικής περιουσίας των εκκλησιών (ειδοποιήσεις εκτιμήσεως και ενοικιάσεως του ελαιοκάρπου, συμβόλαια ενοικιάσεως, αιτήσεις, αποφάσεις του Εισπράκτορα των Δημοσίων Εισοδημάτων). Πράξεις, αποφάσεις και πρακτικά των συνελεύσεων των συναδελφικών εκκλησιών, εκλογές Κυβερνητών και Εφημερίων καθώς και διαταγές προς αυτούς. Κλήσεις σε οφειλέτες των εκκλησιών, άδειες ενταφιασμού, κατάλογοι περιουσιακών στοιχείων, εγγράφων και συναδελφών των εκκλησιών, αντίγραφα πλειστηριασμών, ληξιαρχικών πράξεων γεννήσεων, γάμων και θανάτου καθώς και λογοδοσίες εκκλησιών.

Ακίνητη περιουσία ομογενειακών και κοινοτικών ιδρυμάτων Κωνσταντινουπόλεως, Ίμβρου και Τενέδου, κτήματα των μοναστηριών Ίμβρου και Τενέδου, υποθέσεις σχετικά με τα διοικητικά του βακουφίου, κατάλογοι κινητών αντικειμένων εκκλησιών Κωνσταντινούπολης, τίτλοι ιδιοκτησίας κοινοτικών ιδρυμάτων, φιρμάνια, σχεδιαγράμματα, απαλλοτριώσεις, κατεδαφίσεις, Σισμανόγλειο Μέγαρο, κληροδότημα Σισμανόγλου.

Αλληλογραφία Αρχείου Θρησκείας με τον Έπαρχο, εκλογές επιτρόπων εκκλησιών, κατάλογοι μελών αδελφοτήτων, αιτήσεις επιτρόπων, οικονομική διαχείριση εκκλησιών, κατάλογοι εκκλησιών πόλεως και υπαίθρου (1755), σχέδια οικοδομής οικημάτων σε χώρους εκκλησιών, εκμισθώσεις ελαιοκάρπου εκκλησιών, λογοδοσίες εκκλησιών, πίνακες ετησίων προσόδων εκκλησιών, εκτιμήσεις και προσφορές ελευθέρου ελαιοκάρπου εκκλησιών, αναφορές επιτρόπων εκκλησιών προς το Αρχείο Θρησκείας, αντίγραφα πιστοποιητικών, περιουσιακά στοιχεία εκκλησιών.

Αυτοκρατορικά διατάγματα αναφερόμενα στα υποστατικά της μονής του Αγίου Νικολάου στο χωριό Άγιος Γεώργιος Κορίνθου (1746, 1768, 1795), στην μονή της Παναγίας στην Κω (1802), καθώς και στα κτήματα της μητρόπολης Μονεμβασίας (1813)· διατάγματα του Καπουδάν πασά σχετικά με τα κτήματα της αγίας μονής στη Σκιάθο (1806, 1817-1818)· διατάγματα για τη ρύθμιση θεμάτων σχετικά με τη λύση του γάμου και τη σύναψη νέου στην περιοχή Φιλαδελφείας (1845)· βεράτια επικύρωσης της εκλογής των μητροπολιτών Άρτας: Σωφρονίου (1849) και Σεραφείμ (1864).

Τμήμα αρχείου του τμήματος Εκκλησιαστικών και περιλαμβάνει έγγραφα που αφορούν:
Υπηρεσιακές μεταβολές ηγουμένων, μοναχών, αρχιεπισκόπων, μητροπολιτών, επισκόπων, βοηθών επισκόπων, εξάρχων, αρχιερατικών επιτρόπων και άλλου προσωπικού μονών (επιστάτες κ.λ.π.), πειθαρχικά μοναχών, ιερομόναχων, ιερέων, εφημερίων, αρχιμανδριτών, ενορίες, εφημέριους, εξωκκλήσια, νεκροταφεία, διαχείριση μοναστηριακής περιουσίας, ενοικιάσεις πολυετείς και μονοετείς καθώς και εκποιήσεις μοναστηριακών και εκκλησιαστικών κτημάτων, κατασκευές και επισκευές ναών και μονών, οικονομικά και δικαστικά θέματα ναών και μονών, μονές, επισκοπές, εκκλησίες εντός και εκτός του κράτους, κληροδοσίες, υποτροφίες κληρικών, γάμους, αποβιώσεις, στρατεύσιμους ιερείς, αλληλογραφία με Γενικό Εκκλησιαστικό Ταμείο, Ιερατικές Σχολές, Ριζάρειο Εκκλησιαστική Σχολή κ.λπ.

1874, Νοεμβρίου 30: Γράμμα του πατριάρχη Ιεροσολύμων Προκοπίου προς τον πρωθυπουργό της Ελλάδας Δημήτριο Βούλγαρη.
Η ιερά σύνοδος του πατριαρχείου Ιεροσολύμων έλαβε την απόφαση να εκποιήσει με δημοπρασία ένα οικόπεδο στον Λυκαβηττό. Για το σκοπό αυτό, ζητεί από τον πρωθυπουργό να παράσχει κάθε βοήθεια στον έξαρχο του Παναγίου Τάφου αρχιμανδρίτη Γερμανό, ο οποίος ανέλαβε τη διεκπεραίωση της υπόθεσης αυτής.