Το αρχείο αφορά την αναγνώριση των τίτλων ιδιοκτησίας οθωμανικών κτημάτων από Έλληνες, στις περιοχές που, βάσει διεθνών συνθηκών, δεν θεωρήθηκε ότι κατέχονται από ελληνικά στρατεύματα την περίοδο της υπογραφής των συνθηκών της Ανεξαρτησίας (Θήβα, ν. Φθιώτιδος, Φωκίδος, Εύβοια, ν. Αττικής). Περιέχονται: αλληλογραφία της Επιτροπής με το Υπουργείο Οικονομικών, το Υπουργείο Εξωτερικών, νομάρχες, οικονομικούς εφόρους, κ.ά. Επίσης, αιτήσεις Ελλήνων για αναγνώριση ιδιοκτησίας, πωλητήρια και συμβολαιογραφικά έγγραφα (χοτζέτια και ταπιά σε οθωμανική γραφή και μετάφρασή τους). Πρωτόκολλα εξερχομένων της Επιτροπής, αποδεικτικά παραλαβής τίτλων, ευρετήρια κλπ.

Το αρχείο της Μικτής Επιτροπής μαζί με το αρχείο των Εθνικών Κτημάτων αναδεικνύουν τις διαδικασίες με τις οποίες το ελληνικό κράτος και έλληνες υπήκοοι απέκτησαν κυριότητα επί των οθωμανικών γαιών μετά την Επανάσταση.

Τμήμα του αρχείου του αγωνιστή της Επανάστασης του 1821 Ρήγα Παλαμήδη (1794-1872). Περιλαμβάνει αποδείξεις πληρωμής (1800-1801), αναφορές (1808, 1820-1821), καταγραφή εξόδων του ναΐπη της Τριπολιτσάς (1811), χοτζέτια από τις περιοχές της Αρκαδίας και της Τριπολιτσάς (1774-1818), ένα ταπί σπαχήδων από τους Μολάους Καρύταινας (1799-1800), ένα τεφτέρι καταγραφής των κρατικών εσόδων και εξόδων των πρώιμων και όψιμων προϊόντων των τσιφλικιών των καζάδων του Άργους και του Ναυπλίου (1819-1820), δημόσια έγγραφα και, κυρίως, δημόσια και ιδιωτική αλληλογραφία του Ρήγα Παλαμήδη:
φ. 1, Έγγραφα Τουρκικά (31 έγγραφα),
φ. 2, Έγγραφα (75 έγγραφα),
φ. 3, Έγγραφα 1836-1841 (54 έγγραφα),
φ. 4, Έγγραφα 1842-1852 (121 έγγραφα),
φ. 5, Έγγραφα 1853-1854 (185 έγγραφα),
φ. 6, Έγγραφα 1855-1862 (161 έγγραφα),
φ. 7, Έγγραφα 1863-1870 (107 έγγραφα),
φ. 8, Έγγραφα 1871-1874 & αχρονολόγητα (120 έγγραφα)

Συλλογή Γεωργίου Βάρβογλη εκ Μακεδονίας:
Βιογραφίες και βιογραφικά σημειώματα της οικογένειας Βάρβογλη, memoranda, περικοπές από διάφορα ιστορικά συγγράμματα (Κ55α).
Αποσπάσματα απομνημονευμάτων Κανέλλου Δεληγιάννη, Φωτάκου και Κωνσταντίνου Διαμαντόπουλου (Κ55β).
Έντυπα των ετών 1822-1863 (Κ55γ): εγκύκλιοι, διακοινώσεις και ψηφίσματα της Προσωρινής Διοίκησης της Ελλάδος, του Κυβερνήτη Ι. Καποδίστρια, των Εθνοσυνελεύσεων των Ελλήνων, της Προσωρινής Κυβέρνησης της Ελλάδος του 1862, αποσπάσματα από τη Γενική Εφημερίδα της Ελλάδος, εκθέσεις νομοσχεδίων και προϋπολογισμού προς τη Βουλή κ.ά.
Έγγραφα των ετών 1746-1895 (Κ55δ): διάφορες χρεωστικές ομολογίες, οθωμανικά ταπί και αλληλογραφία του Γεωργίου Βάρβογλη από την Τρίπολη, κ.ά.

Συλλογή εγγράφων διαφόρων Μονών της Αιτωλίας (πωλητήρια, διαθήκες, ψυχοχάρτια, αφιερωτικά, ομολογίες, επιστολές, οθωμανικά ταπιά (tapu), χοτζέτια (huccet), φετφάδες (fetva), μπουγιουρντί (buyuruldu), τεζκερέδες (tezkere), κ.ά.) που αφορούν, κυρίως, στην κτηματική περιουσία των Μονών.

Τίτλος ιδιοκτησίας από Νικομήδεια Μ. Ασίας. Ταπί βακουφίου Gazanfer Aga για κτήμα του χωριού Αγ. Παρασκευή έτους 1032 (1622-23). Καταγραφή περιουσίας θανόντος μουσουλμάνου από υπάλληλο του Ιεροδικείου Θεσσαλονίκης,19 Sevval 1330 (1 Οκτωβρίου 1912). Φετβάς από το Ασβεστοχώρι. 9 πιστοποιητικά ιθαγένειας (1 ελληνικό και 8 τουρκικά), 1 σημείωμα, 1 φάκελος. 2 τίτλοι ιδιοκτησίας του βακουφίου της Mihrimah Sultan στη Βέροια. 6 Δεκεμβρίου 1290 (1874). Έγγραφα από Θεσ/νίκη, Καβάλα, Άγκυρα, Γευγελή κ.ά. Αποδείξεις πληρωμής φόρου, πιστοποιητικά ιθαγένειας, τίτλοι ιδιοκτησίας, μισθωτήρια συμβόλαια κ.ά.

Φιρμάνι προς το μουχαφίζη του Ευρίπου (1744)· χοτζέτια, ταπιά κι άλλοι τίτλοι διαφόρων κτημάτων στη Λειβαδιά, στην Κάπραινα και αλλού στη Βοιωτία και στη Λοκρίδα· διάφορα έγγραφα για μισθώσεις τσιφλικιών ή μουκατάδων κλπ. στις ίδιες περιοχές· ναυλοσύμφωνο του 1806 και δανειακές συμφωνίες των προκρίτων της Λειβαδιάς· έκκληση «χαρεμιού» για ανταλλαγή αιχμαλώτων (1822) και 4 έγγραφα του 1823 (ίσως από την Εύβοια)· επίσης λίγα έγγραφα για υποθέσεις Τούρκων στις περιοχές Κρατόβου, Κουμανόβου κλπ.