Τμήμα αρχείου του τμήματος Εκκλησιαστικών και περιλαμβάνει έγγραφα που αφορούν:
Υπηρεσιακές μεταβολές ηγουμένων, μοναχών, αρχιεπισκόπων, μητροπολιτών, επισκόπων, βοηθών επισκόπων, εξάρχων, αρχιερατικών επιτρόπων και άλλου προσωπικού μονών (επιστάτες κ.λ.π.), πειθαρχικά μοναχών, ιερομόναχων, ιερέων, εφημερίων, αρχιμανδριτών, ενορίες, εφημέριους, εξωκκλήσια, νεκροταφεία, διαχείριση μοναστηριακής περιουσίας, ενοικιάσεις πολυετείς και μονοετείς καθώς και εκποιήσεις μοναστηριακών και εκκλησιαστικών κτημάτων, κατασκευές και επισκευές ναών και μονών, οικονομικά και δικαστικά θέματα ναών και μονών, μονές, επισκοπές, εκκλησίες εντός και εκτός του κράτους, κληροδοσίες, υποτροφίες κληρικών, γάμους, αποβιώσεις, στρατεύσιμους ιερείς, αλληλογραφία με Γενικό Εκκλησιαστικό Ταμείο, Ιερατικές Σχολές, Ριζάρειο Εκκλησιαστική Σχολή κ.λπ.

Κτηματολόγιο της Νέας Μονής που γράφτηκε το 1847 και συμπληρώθηκε το 1907.Περιέχει τα κτήματα της Νέας Μονής κατά χωριό της Χίου και αναγράφει το όνομα των ενοικιαστών (πακτωτών), τη θέση κάθε κτήματος, την έκτασή του σε οργιές και δάκτυλα και την πρόσοδο απ΄αυτό. Δίνει επίσης πληροφορίες για τις ιδιοκτησίες της Νέας Μονής στη Χίο, την Πάρο και τη Σάμο παρμένες από παλαιούς κώδικες του μοναστηριού στους οποίους παραπέμπει