Ακίνητη περιουσία ομογενειακών και κοινοτικών ιδρυμάτων Κωνσταντινουπόλεως, Ίμβρου και Τενέδου, κτήματα των μοναστηριών Ίμβρου και Τενέδου, υποθέσεις σχετικά με τα διοικητικά του βακουφίου, κατάλογοι κινητών αντικειμένων εκκλησιών Κωνσταντινούπολης, τίτλοι ιδιοκτησίας κοινοτικών ιδρυμάτων, φιρμάνια, σχεδιαγράμματα, απαλλοτριώσεις, κατεδαφίσεις, Σισμανόγλειο Μέγαρο, κληροδότημα Σισμανόγλου.

Υλικό συλλεχθέν κατά τη δραστηριότητα του Γεωργίου Χριστοδούλου στο Υπουργείο Εξωτερικών ως διπλωμάτη: εκθέσεις περί αρχείων, περί του τουρισμού, περί αποστολής δεμάτων, περί νήσων Ίμβρου και Τενέδου, περί οικονομικής κατάστασης Αγ. Σαράντα, σημειώματα, προγράμματα τελετών, διαταγές, επιστολές, οδηγίες προς υπαλλήλους Δωδεκανήσων κ.ά.

Τροποποίηση κανονισμών Ι.Μ. Σταυρονικήτα, ζητήματα με αλλοδαπούς μοναχούς - σλαβόφωνες μονές, διαρροή Αγιορειτών μοναχών, εκχερσώσεις - απαλλοτριώσεις - κατασκευαστικά ζητήματα - καταστροφές από πυρκαγιές, μετόχια Ίμβρου - Τενέδου, μνημεία - κειμήλια, ανανέωση στελεχών - επάνδρωση - πνευματική εξυγίανση, ξένοι επισκέπτες, ξενόφωνες μονές, ανέγερση βιβλιοθήκης Ι.Μ. Χελανδαρίου, διαφορές μεταξύ μονών - δικαστικές διαφορές - νομικά ζητήματα, μισθώματα - μετόχια - αποζημιώσεις, τελωνεία - τελωνειακές υποθέσεις - τελωνοφύλακες, εκκλησιαστική σχολή Αθωνιάδος, δελτία συμβάντων, τηλεγραφήματα, μοναχολόγια.

Ατομικά δελτία συσσιτίου και δελτία οικογενειακής κατάστασης (1941-1950)· δήλωση ιταλού αξιωματικού για την κατάληψη ενός δωματίου στην οικία Στεφανίδη (1943).
Επιστολές και κοινοποιήσεις (1942-1944): του Πρύτανη του Πανεπιστημίου Αθηνών προς τον Πρωθυπουργό για την επίταξη της αίθουσας τελετών του Πανεπιστημίου Αθηνών από τις αρχές κατοχής (1942)· του Διοικητή της Τράπεζας της Ελλάδος προς το Υπουργείο Δικαιοσύνης σχετικά με ρυθμίσεις οικονομικής φύσεως (1941-1942)· διαμαρτυρία των Πρυτάνεων, του Πανεπιστημίου Αθηνών, του Πολυτεχνείου και της Ανωτάτης Εμπορικής, των Προέδρων της Συνομοσπονδίας Εργατών, του Εμπορικού και Τεχνικού Επιμελητηρίου, του Αρείου Πάγου κ.ά. προς τον πρωθυπουργό Κ. Λογοθετόπουλο (1943).
Διαγγέλματα και λόγοι (1944-1945)· προκηρύξεις τυπωμένες κατά το μεγαλύτερο μέρος τους στη Χαλκίδα και απευθυνόμενες κυρίως στο λαό της Χαλκίδας (1943-1945)· εφημερίδες και αποκόμματα τύπου (1941-1949)· ο θυρεός του Γ΄ Ράιχ, σε δερμάτινη θήκη.
Αναμνηστικές κάρτες για τη σωτηρία της Ίμβρου (1973) και της Κύπρου (1974)· άρθρα και αφηγήσεις του Μάνου Στεφανίδη σε τοπικές εφημερίδες (1975-1984).

Νεότερη προσθήκη στις αρχειακές συλλογές του Κέντρου Μικρασιατικών Σπουδών αποτελεί σειρά μαγνητοταινιών με συνεντεύξεις από τους εναπομείναντες Έλληνες κατοίκους της Ίμβρου (1992-1996), την οποία επιμελήθηκε η δρ. Ευγενία Χαλκιά.
Όψιμα, στο Κέντρο Μικρασιατικών Σπουδών συγκεντρώθηκε αριθμός βιντεοκασετών και ψηφιακών οπτικών δίσκων με μικρασιολογικά θέματα.