Το αρχείο αποτελείται, κυρίως, από επιστολές, οι περισσότερες εκ των οποίων απευθύνονται στον Γεώργιο Κουντουριώτη όσο ήταν Πρόεδρος του Εκτελεστικού (1824 - 1825), ενώ υπάρχουν επιστολές που απευθύνονται στον Λάζαρο Κουντουριώτη ή και στους δύο αδελφούς. Μεταξύ των αποστολέων συγκαταλέγονται οι: Ιωσήφ Κιάππε, Ιω. Κλάδος, Κ. Μεταξάς, Αναγν. Οικονόμος, Ν. Ιγγλέσης, Πανούτζος Νοταράς, Αναστ. Λόντος, Γ. Γιατράκος, Λυκ. Λογοθέτης, Ιω. Ορλάνδος, Ανδρ. Μιαούλης, Αλ. Μαυροκορδάτος, Κανέλλος Δεληγιάννης, Ν. Πονηρόπουλος, Θ. Γρίβας, Θ. Κολοκοτρώνης, κ.ά.

Το αρχείο περιλαμβάνει στοιχεία που αφορούν στην αποπληρωμή του εξωτερικού χρέους, λόγω δανείων από τη Βαυαρική Αυλή στους κληρονόμους του Όθωνα, στα δάνεια που συνήψε το Ελληνικό κράτος στο εξωτερικό από το 1881-1918, στα δάνεια της αναγκαστικής κυκλοφορίας, στην επιβολή του ΔΟΕ (Διεθνούς Οικονομικού ελέγχου) και στην επιτήρηση του ΔΟΕ στα προϊόντα του μονοπωλίου (αλάτι, παιγνιόχαρτα, σιγαρόχαρτα κ.α).

Επιπλέον, περιλαμβάνονται πρωτόκολλα εξόφλησης των τοκομεριδίων των διαφόρων δανείων, οι πίνακες ομολογιών, η αλληλογραφία των ταμιών με το Γενικό Λογιστήριο και της Υπηρεσίας Δημοσίου Χρέους με τη Διεθνή Επιτροπή, καθώς και η πληρωμή του αναδόχου για την κατασκευή της σιδηροδρομικής γραμμής Πειραιώς-Λαρίσης, στατιστικοί πίνακες του Εμπορικού Συλλόγου Βόλου και της Θεσσαλίας μετά την ενσωμάτωση (δημητριακοί καρποί, αροτριώντα κτήνη, πίνακες σποράς πρώιμων και όψιμων προϊόντων), καθώς και στοιχεία δανείων που χορηγούνται μετά τον Α΄ Παγκόσμιο πόλεμο (1919) σε πρόσφυγες (Ρώσους, Πόντιους, πρόσφυγες της Θράκης και της Μ. Ασίας). Όσον αφορά στο εσωτερικό χρέος, στο αρχείο περιλαμβάνονται στοιχεία των αποζημιώσεων του Ελληνικού κράτους στα τρία ναυτικά νησιά Ύδρα, Σπέτσες και Ψαρά.

Οι φάκελοι σε μεγάλο μέρος ήταν συγκροτημένοι από το Ειδικό Λογιστήριο. Σε κάθε φάκελο αναγράφεται ο αριθμός ελέγχου που αντιστοιχεί στον αύξοντα αριθμό του πλοίου, όπως καταχωρίζεται στο ΦΕΚ του 1856, και το όνομα του χορηγιούχου.

Μία ειδική κατηγορία αποτελούν οι φάκελοι στους οποίους καταγράφονται αναλυτικά από τους ιδιοκτήτες ή τους διοικητές των πλοίων, οι προμήθειες και οι επισκευές των πλοίων κατά τη διάρκεια των πολεμικών επιχειρήσεων 1821-1829. Οι φάκελοι αυτοί ταξινομήθηκαν αλφαβητικά.

Τέλος, στη σειρά του Εσωτερικού χρέους έχουν συμπεριληφθεί οι εκκαθαρίσεις των συντάξεων της Επτανήσου και η πληρωμή των εδαφονομίων της Επτανήσου, τιμαριωτικά δηλαδή δικαιώματα τα οποία με την ένταξη της Επτανήσου στην Ελλάδα οφείλει το Ελληνικό κράτος ως αποζημίωση στους ιδιοκτήτες που διέθεταν ακίνητα στα φρούρια Κερκύρας, Ζακύνθου, Κεφαλονιάς και Κυθήρων.

Κατάστιχο με τίτλο "1828 Δεκεμβρίου 18 - Περιέχον έσωθεν το παρόν Καταστρομένους τους του Κοινού Νήσου Ύδρας λογαριασμούς αθεωρήτους και θεωρημένους μετά της Σεβαστής Διοικήσεως, απ' αρχής της Επαναστάσεως 1821 μέχρι του 1827, και τας όσας καταβολάς των πολιτών μας από καιρόν εις καιρόν και τας μερικάς εκστρατείας των οικοκυραίων έκαμον και τας γενικάς επισκευάς των πλοίων των αγωνισθέντων υπέρ του ελληνικού έθνους". Περιέχει λογαριασμούς του Κοινού της Ύδρας με την Προσωρινή Διοίκηση.

Δύο (2) ναυτικά βιβλία λογαριασμών:

1. "Βιβλίον εν ω καταχωρώνται αι κατά του εχθρού εκπλεύσεις από καιρόν εις καιρόν του πολεμικού πλοίου Ηρακλής του Κυρίου Χριστοδούλου Κούτζη, τη 15 Μαρτίου 1821 εν Σπέτζαις" (από 15 Μαρτίου 1821-1 Ιανουαρίου 1829).
2. "Βιβλίον εν ω καταχωρώνται αι από καιρόν εις καιρόν εκπλεύσεις κατά του εχθρικού στόλου του πολεμικού πλοίου Παγκρατείωνος του Ναυάρχου Σπετζών Κ. Γ. Ανδρούτζου, τω έτει 1821, Μαρτίω α', Σπέτζαις" (από 5 Μαρτίου 1821-1 Μαΐου 1829).

Αναφορές εφόρων Καρλοβασίων προς τον αρχηγό Λογοθέτη Λυκούργο, αλληλογραφία του Λυκούργου, του χιλιάρχου του καπετάν Σταμάτη Γεωργιάδη και των εφόρων Βαθέος με τους ναυάρχους του ελληνικού στόλου. Καταγραφή εφοδίων που έδωσαν οι Σαμιώτες στον ελληνικό στόλο από 31 Ιουλίου έως 15 Αυγούστου 1824.

Φωτογραφίες επιστολών του Thomas Fellows, κυβερνήτη του αγγλικού πολεμικού πλοίου "The Dartmouth", προς τη σύζυγό του Mary Anne, πριν και μετά τη ναυμαχία στο Ναβαρίνο, (25 Σεπτεμβρίου - 25 Οκτωβρρίου 1827), όπου δίνει εκτενείς περιγραφές της κατάστασης. Δύο επιστολές του Julian Fellows (απογόνου), συνοδευτικές των εγγράφων (1985).

Η συλλογή περιλαμβάνει αποσπάσματα από τα παρακάτω αρχεία και λυτά έγγραφα:
α) Ιωάννη Βίκου και Ιωάννη Μπατσακτσή · επιστολές προς τον Ιωάννη Βίκο με πληροφορίες για την εξέλιξη του Ναυτικού Αγώνα· προβιβασμοί του Ιωάννη Μπατσακτσή, αναφορές, διπλώματα απονομής παρασήμων του ίδιου, κ.ά. (1822-1846)· επιστολή της Λασκαρίνας Μπούμπουλη (1824).
β) Ημερολόγιο πλοίου του Ανάργυρου Λεμπέση με τίτλο «Γκιορνάλε της Παλαιάς Ναβέτας» (1822-1828) και δίπλωμα προαγωγής του σε πλοίαρχο πρώτης τάξης (1831).
γ) Ιωάννη Κούτζη· περιέχει αναφορές, οδηγίες και διαταγές του Υπουργείου Ναυτικών προς τον ίδιο για τις πολεμικές επιχειρήσεις και τον αποκλεισμό των φρουρίων Πάτρας και Ναυπάκτου, καθώς και του Κορινθιακού Κόλπου (1824-1830)· τετράδιο αντιγραφών επιστολών (1829).
δ) Προσωπικά έγγραφα του Ανδρέα Πιππίνου· πιστοποιητικό συμμετοχής του στη ναυμαχία της Μεθώνης, πολεμικό δίπλωμα του ίδιου και δίπλωμα προβιβασμού του σε πλοίαρχο δεύτερης τάξης (1825-1831).
ε) Έγγραφα ποικίλου περιεχομένου· ναυτικά διπλώματα διαφόρων, πιστοποιητικά ναυσιπλοΐας-πατέντες (1821-1888)· σηματολόγιο πλοίου (χ.χ.).

1. Έγγραφα (1792 - 1821) από την Ύδρα, τα περισσότερα των οποίων είναι διαταγές του "Διβανίου του Βασιλικού Τερσανά" προς το Κοινόν της Ύδρας (Κ4α_1).
2. Προκηρύξεις και εγκύκλιοι (1821 - 1831) από την Ύδρα (Κ4α_2).
3. Έντυπο "Ερμηνεία των Σενιάλων" (σενιάλα των Καπιτάνων των μερικών πλοίων προς το Ναύαρχο, σενιάλα της Πούσουλας, σενιάλα της νυκτός και σενιάλα με 2, 3, 4, 5 και 6 φανάρια) (Κ4α_2).
4. Εγκύκλιοι, προκηρύξεις και συμπληρωματικός πίνακας των δικαιούχων της Ύδρας (1822-1828, 1855) (Κ4α_2).
5. Κατάστιχο με τίτλο "Καταγραφή της Λαβής και Δόσεως" που περιέχει τους εράνους, εισπράξεις, δαπάνες κατά τις διάφορες εκστρατείες του Υδραϊκού στόλου κατά τη διάρκεια της Επανάστασης (1823 - 1826) (Κ4α_3).
6. Χειρόγραφο που περιλαμβάνει κανονισμό, πολιτικό και εμπορικό του Κοινού της νήσου της Ύδρας πριν από την Επανάσταση του 1821, πίνακα των σωζόμενων πλοίων της Ύδρας κατά το έτος 1830, των κατεστραμμένων πυρπολικών και άλλων λογαριασμών που συντάχθηκε το 1858 (Κ4α_3).
7. Διαταγές προς το Κοινό της Ύδρας του "Διβανίου του Βασιλικού Τερσανά", ναυτικά διπλώματα και διαβατήρια (1808-1836) (Κ4β).

Έγγραφα από την Ύδρα της περιόδου της Επανάστασης του 1821:

1. Προκήρυξη των κατοίκων της Ύδρας στις 16 Μαΐου 1821 περί σύνταξης των χηρών, μητέρων και ανήλικων τέκνων των πιπτόντων Υδραίων, περί τιμών απονεμομένων στους νεκρούς του πολέμου, περί τιμωρίας των προδοτών, κ.λπ.
2. Έγγραφο των κατοίκων Ύδρας προς τους κατοίκους της Σκιάθου στις 18 Απριλίου 1821 περί του είδους και των κανόνων του ναυτικού πολέμου κατά των Τούρκων.

Έγγραφο 1
1823, Απριλίου 25
Ομολογία της Προσωρινής Διοίκησης της Ελλάδος των διακοσίων πενήντα γροσίων, έκδοσης 1823 (Κόρινθος).
Έγγραφο 2
1827, Δεκεμβρίου 22
Δημογεροντία Χίου (Χίος) προς τον Γεώργιο Ανδρούτσο, ναύαρχο Σπετσών και μοίραρχο των ελληνικών πλοίων κατά τον αποκλεισμό της Χίου.
Έγγραφο 3
1828, Αυγούστου 30
Διαταγή του Κυβερνήτη Ιωάννη Καποδίστρια (Αίγινα) προς τον επίτροπο Βορείων Κυκλάδων.

Αποδείξεις παραλαβής χρημάτων Κανελάκη Παπά Ιωάννου, σημειώματα απόδοσης λογαριασμού καπετάν Αναστασίου και Ιωάννη Ρυπότζη, κατάλογος μισθών και εξόδων πολεμικού πλοίου "Ηρακλής", καταστάσεις ονομάτων Χιωτών αιχμαλώτων των Τούρκων, αιτήσεις προς τον Καποδίστρια για καταβολή μισθών, κ.ά.