Φάκελοι:
(α) Γραφείου Επιστασίας (διαγωνισμοί, εορτές, τελετές), Πλωτών και Χερσαίων μέσων (δελτία κινήσεως, διαταγές πορείας, επιθεωρήσεις, εφοδιασμός),
(β) Γραφείου Ναυτολογίας (συλλογικές συμβάσεις, άνεργοι-επιδοτούμενοι ναυτικοί, λιμενικά τέλη, προαναγγελίες βολών, καταστάσεις πληρωμάτων κ.λπ.),
(γ) Γραφείου Διαχείρισης (μισθοδοσία, οδοιπορικά, δαπάνες), Πλοηγικού σταθμού Βόλου (αναγγελίες κατάπλων, πλοηγικά δικαιώματα κ.λπ.), Λιμενικής Αστυνομίας (κλήσεις, επαγγελματικές-ερασιτεχνικές άδειες αλιείας, σήματα καταπλεόντων πλοίων), Νηολογίων (φύλλα μεταβολών), Ναυτολογίας (άνεργοι-επιδοτούμενοι ναυτικοί, ενιαύσια δρομολόγια, βεβαιώσεις ναυτικής υπηρεσίας κ.λπ.)

Αρχειακό υλικό του Κεντρικού Λιμεναρχείου Θεσσαλονίκης και των γραφείων που υπάγονται σε αυτό, του Π.Ο.Ν.Θ., των Λιμενικών Τμημάτων Ν. Μουδανιών και Κατερίνης: Βιβλία καυσίμων. Πρωτόκολλο παράδοσης-παραλαβής πλωτού σκάφους και περιπολικών, πιστοποιητικά επιθεώρησης πνευστής σωστικής σχεδίας, πρωτόκολλα παράδοσης-παραλαβής τηλεπ/κού υλικού 1974-1982. Φάκελοι αλληλογραφίας και αποστολής Επιδοτηρίων Λιμενικών Αρχών 1990-1991. Φάκελοι άδειας Οστρακαλιείας. Μέτρα τάξης κατά την απο-επιβίβαση επιβατών και οχημάτων στα Ε/Γ-Ο/Γ πλοία 1990-1992. Φάκελος εσωτερικής αλληλογραφίας Τμήματος Γραμματείας με ΛΑ/Δικαστικό 1990-1995. Φάκελος ΛΑ/Δικαστικού: διαβιβαστικά αποφάσεων και κλήσεων σε λιμενικές και αστυνομικές Αρχές 1992-1993. Διοικητικά θέματα, 1986-1992, ρύπανση θάλασσας 1980-1996, φάκελος Νηολογίων 1996. Πίνακες διαφόρων δαπανών Υγειονομικής Περίθαλψης 1994. Από το Α΄ Λ/Τ Ν.Μηχανιώνας: 1 φάκελος Γαλάζιες σημαίες της Ευρώπης 1997. Από Β΄ Λ/Τ Ν.Μουδανιών: 1 φάκελος Παράνομη αλιεία-άδειες αμμοληψίας- αλληλογραφία με Εφορεία Εναλίων Αρχαιοτήτων 1995-1997. 3 φάκελοι αδειών πετρέλευσης πλοίων 1996-1997. 11 φάκελοι αδειών σκαφών, γρι-γρι, κ.λπ. Από το Γ΄ Λ/Τ Κατερίνης: 1 Βιβλίο καταγγελιών για παράνομη αλιεία 1992-94. 8 φάκελοι ποικίλων θεμάτων. Από το Δ΄ Λ/Τ Ν. Μαρμαρά: 1 φάκελος κίνησης Θ/Γ σκαφών 1991-1994. Ατυχήματα πλοίων 1986. Από το Λ/Σ Πλαταμώνα: 1 φάκελος ποικίλων θεμάτων 1986-1994. Από Οίκο Ναύτου 1 φάκελος Υγειονομικών. Γραφείο Γενικής Αστυνομίας: α) Αιτήσεις-εγκρίσεις φορτοεκφόρτωσης επικίνδυνων φορτίων 1988. β) Βιβλίο καταγγελιών παράνομης αλιείας 1985-1989. γ) Άδειες ανέλκυσης-καθέλκυσης 1995-1999. δ) Άδειες πετρέλευσης 1996, 1999. Γραφείο Μικρών Σκαφών: Αιτήσεις έκδοσης-ανανέωσης ατομικών αδειών αλιείας (ερασιτεχνικές/επαγγελματικές) 2000. Τμήμα Ναυτολογίας: Ναυτικοί που έτυχαν προστασίας λόγω ασθενείας ή ατυχήματος. Σημειώματα ΓΕΝΕ των προς ναυτολόγηση ναυτικών έως και 1999. Τμήμα ΛΑ/ΓΓΑ: σχετικά με άδειες καταδυτικών εργασιών, εκδηλώσεις στους χώρους λιμανιού, λειτουργία πλωτών αναψυκτηρίων, άδειες ναυτικών πρακτόρων κ.λπ. Έγραφα του ΠΟΝ Θεσσαλονίκης. Εγκρίσεις φορτοεκφόρτωσης επικίνδυνων ειδών 2000-2001. Φάκελος φορτοεκφόρτωσης φορτίου χύμα πετρελαίου-αερίων σε δεξαμενόπλοια 2001. Φάκελοι του Γραφείου Ασφάλειας με Βεβαιώσεις Ναυτολόγησης-Απόλυσης αλλοδαπών ναυτικών 2001-2003. Φάκελος του Γραφείου Επιστασίας. Φάκελοι του Γρ. Ναυτολογίας (κύρωση συλλογικής σύμβασης εργασίας για πλόες στον Περσο-αραβικό Κόλπο, 1990. Φάκελος Υγειονομικού Ελέγχου αλιευμάτων 2001. Αγγελίες – Κ/Π – Α/Π πλοίων σημαίας εξωτερικού και εσωτερικού 2015. Βεβαιώσεις ναυτολόγησης και απόλυσης αλλοδαπών ναυτικών 2015. Αγγελίες – Κ/Π – Α/Π Κ/Ζ 2012. Καταχωρήσεις σημάτων SCHENGEN-SIRENE 2012. Έντυπα πληροφοριακών στοιχείων για είδος φορτοεκφορτωθέντων πετρελαιοειδών φορτίων έτους 2013.Υπηρεσιακά σημειώματα ελεγχθέντων πλοίων ετών 2013-2014. Φύλλα εκθέσεων επιθεωρήσεων MARPOL ετών 2013-2014. Έγγραφα του ΚΛΘ/Β’ Λ/Τ Ν. Μουδανιών και του Κ.Λ.Θ./Δ’ Λ/Τα Πλαταμώνα.

Βιβλία: Γραφείο Προσωπικού (Ημερήσια αναφορά πληρώματος), Τετράδια: Γραφείο Προσωπικού (Άδειες προσωπικού), Φάκελοι: Γραφείο προσωπικού (Ατομικοί φάκελοι, Πρωτόκολλα παράδοσης-παραλαβής καθηκόντων, Γενική Επιθεώρηση – Φάκελος Επιθεωρήσεων Λιμενικών Σταθμών, Φάκελος Μονίμων Διαταγών – Επιθεώρηση Λ/Σ – Υ/Λ [4580.5]), Γραφείο Νηολογίων (Τμήμα Ναυτιλιακής Πολιτικής, Επιθεώρηση Νηολογίου από Εισαγγελική Αρχή, Χορήγηση Διεθνών Διακρατικών Σημάτων, Μεταβολές – Υποθηκολόγια, Εποπτεία Ναυτικού Επιμελητηρίου), Γραφείο Ασφάλειας Ναυσιπλοΐας – Επιθεώρησης Εμπορικών Πλοίων (ΒΝΓ κοινή αλληλογραφία ναυπηγικών θεμάτων πλοίων, Μηνιαία στατιστικά δελτία ναυτιλιακής κίνησης).

Πειθαρχικές-ποινικές υποθέσεις προσωπικού, μεταθέσεις, τοποθετήσεις, αποσπάσεις, θαλάσσιες έρευνες-υποβρύχια δραστηριότητα, έλεγχος αλιείας, αλιευτική εργασία-εκμετάλλευση αλιευτικών σκαφών, μέτρα προστασίας αιγιαλού, ευρετήρια πλοίων, πλοιαρίων και πλωτών ναυπηγημάτων που εγγράφονται στα ελληνικά νηολόγια, μελέτες και εισηγήσεις επί θεμάτων ναυλολογίου κ.λπ.

Το αρχειακό υλικό τεκμηριώνει τις αρμοδιότητες του Τμήματος Νηολογίων, Υποθηκών και Κωδικοποίησης της Διεύθυνσης Νομικών Υποθέσεων της ΥΠΑ : Τήρηση μητρώων και βιβλίων ελληνικών πολιτικών αεροσκαφών (Εθνικό Νηολόγιο, Βιβλίο Υποθηκών Αεροσκαφών κλπ) και χορήγησης στοιχείων ελληνικού νηολογίου σε πολιτικά αεροσκάφη. Περιλαμβάνει: συμφωνίες, πιστοποιητικά νηολογίων, αεροπορικά τέλη, εγγραφές και κυριότητα κινητήρων, ελληνικών αεροσκαφών, ιδιωτική αεροπορία και πινακίδες ταυτότητας αεροσκαφών σύμφωνα με τα προβλεπόμενα από τον ICAO.